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Gentoo's Bugzilla – Attachment 364990 Details for
Bug 493724
sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1 - .../work/EMBOSS-6.3.1/ajax/graphics/.libs/libajaxg.so: undefined reference to `c_plwid'
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build.log
build.log (text/plain), 539.07 KB, created by
Juergen Rose
on 2013-12-09 07:12:57 UTC
(
hide
)
Description:
build.log
Filename:
MIME Type:
Creator:
Juergen Rose
Created:
2013-12-09 07:12:57 UTC
Size:
539.07 KB
patch
obsolete
>[32;01m * [39;49;00mPackage: sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1 >[32;01m * [39;49;00mRepository: gentoo >[32;01m * [39;49;00mMaintainer: sci-biology@gentoo.org >[32;01m * [39;49;00mUSE: X abi_x86_64 amd64 doc elibc_glibc kernel_linux multilib mysql pdf png postgres userland_GNU >[32;01m * [39;49;00mFEATURES: preserve-libs sandbox userpriv usersandbox >>>> Unpacking source... >>>> Unpacking EMBOSS-6.3.1.tar.gz to /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work >>>> Unpacking emboss-6.3.1_p4.patch.gz to /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work >>>> Source unpacked in /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work >>>> Preparing source in /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1 ... > [32;01m*[0m Applying emboss-6.3.1_p4.patch ... >[A[198C [34;01m[ [32;01mok[34;01m ][0m > [32;01m*[0m Applying 6.3.1_p4-unbundle-libs.patch ... >[A[198C [34;01m[ [32;01mok[34;01m ][0m > [32;01m*[0m Applying emboss-6.3.1_p4-r1_plcol.patch ... >[A[198C [34;01m[ [32;01mok[34;01m ][0m > [32;01m*[0m Running eautoreconf in '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1' ... > [32;01m*[0m Running libtoolize --install --copy --force --automake ... >[A[198C [34;01m[ [32;01mok[34;01m ][0m > [32;01m*[0m Running aclocal -I m4 ... >[A[198C [34;01m[ [32;01mok[34;01m ][0m > [32;01m*[0m Running autoconf ... >[A[198C [34;01m[ [32;01mok[34;01m ][0m > [32;01m*[0m Running automake --add-missing --copy ... >[A[198C [34;01m[ [32;01mok[34;01m ][0m > [32;01m*[0m Running elibtoolize in: EMBOSS-6.3.1/ > [32;01m*[0m Applying portage/1.2.0 patch ... > [32;01m*[0m Applying sed/1.5.6 patch ... > [32;01m*[0m Applying as-needed/2.4.2 patch ... > [32;01m*[0m Applying target-nm/2.4.2 patch ... >>>> Source prepared. >>>> Configuring source in /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1 ... > * econf: updating EMBOSS-6.3.1/config.guess with /usr/share/gnuconfig/config.guess > * econf: updating EMBOSS-6.3.1/config.sub with /usr/share/gnuconfig/config.sub >./configure --prefix=/usr --build=x86_64-pc-linux-gnu --host=x86_64-pc-linux-gnu --mandir=/usr/share/man --infodir=/usr/share/info --datadir=/usr/share --sysconfdir=/etc --localstatedir=/var/lib --libdir=/usr/lib64 --disable-dependency-tracking --with-x --with-pngdriver=/usr --with-docroot=/usr --with-hpdf=/usr --with-mysql=/usr/bin/mysql_config --with-postgresql=/usr/bin/pg_config --enable-64 --disable-static --without-java --enable-large --enable-systemlibs --includedir=/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/image//usr/include/emboss >configure: loading site script /usr/share/config.site >checking for a BSD-compatible install... /usr/lib64/portage/bin/ebuild-helpers/xattr/install -c >checking whether build environment is sane... yes >/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/missing: Unknown `--is-lightweight' option >Try `/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/missing --help' for more information >configure: WARNING: 'missing' script is too old or missing >checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p >checking for gawk... gawk >checking whether make sets $(MAKE)... yes >checking whether make supports nested variables... yes >checking build system type... x86_64-pc-linux-gnu >checking host system type... x86_64-pc-linux-gnu >checking how to print strings... printf >checking for style of include used by make... GNU >checking for x86_64-pc-linux-gnu-gcc... x86_64-pc-linux-gnu-gcc >checking whether the C compiler works... yes >checking for C compiler default output file name... a.out >checking for suffix of executables... >checking whether we are cross compiling... no >checking for suffix of object files... o >checking whether we are using the GNU C compiler... yes >checking whether x86_64-pc-linux-gnu-gcc accepts -g... yes >checking for x86_64-pc-linux-gnu-gcc option to accept ISO C89... none needed >checking whether x86_64-pc-linux-gnu-gcc understands -c and -o together... yes >checking dependency style of x86_64-pc-linux-gnu-gcc... none >checking for a sed that does not truncate output... /bin/sed >checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep >checking for egrep... /bin/grep -E >checking for fgrep... /bin/grep -F >checking for ld used by x86_64-pc-linux-gnu-gcc... /usr/x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld >checking if the linker (/usr/x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld) is GNU ld... yes >checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/x86_64-pc-linux-gnu-nm -B >checking the name lister (/usr/bin/x86_64-pc-linux-gnu-nm -B) interface... BSD nm >checking whether ln -s works... yes >checking the maximum length of command line arguments... 1572864 >checking whether the shell understands some XSI constructs... yes >checking whether the shell understands "+="... yes >checking how to convert x86_64-pc-linux-gnu file names to x86_64-pc-linux-gnu format... func_convert_file_noop >checking how to convert x86_64-pc-linux-gnu file names to toolchain format... func_convert_file_noop >checking for /usr/x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld option to reload object files... -r >checking for x86_64-pc-linux-gnu-objdump... x86_64-pc-linux-gnu-objdump >checking how to recognize dependent libraries... pass_all >checking for x86_64-pc-linux-gnu-dlltool... no >checking for dlltool... no >checking how to associate runtime and link libraries... printf %s\n >checking for x86_64-pc-linux-gnu-ar... x86_64-pc-linux-gnu-ar >checking for archiver @FILE support... @ >checking for x86_64-pc-linux-gnu-strip... x86_64-pc-linux-gnu-strip >checking for x86_64-pc-linux-gnu-ranlib... x86_64-pc-linux-gnu-ranlib >checking command to parse /usr/bin/x86_64-pc-linux-gnu-nm -B output from x86_64-pc-linux-gnu-gcc object... ok >checking for sysroot... no >checking for x86_64-pc-linux-gnu-mt... no >checking for mt... mt >checking if mt is a manifest tool... no >checking how to run the C preprocessor... x86_64-pc-linux-gnu-gcc -E >checking for ANSI C header files... yes >checking for sys/types.h... yes >checking for sys/stat.h... yes >checking for stdlib.h... yes >checking for string.h... yes >checking for memory.h... yes >checking for strings.h... yes >checking for inttypes.h... yes >checking for stdint.h... yes >checking for unistd.h... yes >checking for dlfcn.h... yes >checking for objdir... .libs >checking if x86_64-pc-linux-gnu-gcc supports -fno-rtti -fno-exceptions... no >checking for x86_64-pc-linux-gnu-gcc option to produce PIC... -fPIC -DPIC >checking if x86_64-pc-linux-gnu-gcc PIC flag -fPIC -DPIC works... yes >checking if x86_64-pc-linux-gnu-gcc static flag -static works... yes >checking if x86_64-pc-linux-gnu-gcc supports -c -o file.o... yes >checking if x86_64-pc-linux-gnu-gcc supports -c -o file.o... (cached) yes >checking whether the x86_64-pc-linux-gnu-gcc linker (/usr/x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes >checking whether -lc should be explicitly linked in... no >checking dynamic linker characteristics... GNU/Linux ld.so >checking how to hardcode library paths into programs... immediate >checking whether stripping libraries is possible... yes >checking if libtool supports shared libraries... yes >checking whether to build shared libraries... yes >checking whether to build static libraries... no >checking for gawk... (cached) gawk >checking for x86_64-pc-linux-gnu-gcc... (cached) x86_64-pc-linux-gnu-gcc >checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes >checking whether x86_64-pc-linux-gnu-gcc accepts -g... (cached) yes >checking for x86_64-pc-linux-gnu-gcc option to accept ISO C89... (cached) none needed >checking whether x86_64-pc-linux-gnu-gcc understands -c and -o together... (cached) yes >checking dependency style of x86_64-pc-linux-gnu-gcc... (cached) none >checking how to run the C preprocessor... x86_64-pc-linux-gnu-gcc -E >checking for inline... inline >checking for 64bit compilation support... done >checking whether byte ordering is bigendian... no >checking whether ln -s works... yes >checking whether make sets $(MAKE)... (cached) yes >checking for X... libraries , headers >checking for gethostbyname... yes >checking for connect... yes >checking for remove... yes >checking for shmat... yes >checking for IceConnectionNumber in -lICE... yes >checking for dirent.h that defines DIR... yes >checking for library containing opendir... none required >checking for ANSI C header files... (cached) yes >checking for unistd.h... (cached) yes >checking TargetConfig.h usability... no >checking TargetConfig.h presence... no >checking for TargetConfig.h... no >checking for an ANSI C-conforming const... yes >checking for pid_t... yes >checking for size_t... yes >checking whether struct tm is in sys/time.h or time.h... time.h >checking whether getpgrp requires zero arguments... yes >checking for strftime... yes >checking vfork.h usability... no >checking vfork.h presence... no >checking for vfork.h... no >checking for fork... yes >checking for vfork... yes >checking for working fork... yes >checking for working vfork... (cached) yes >checking for vprintf... yes >checking for _doprnt... no >checking for memmove... yes >checking for socket in -lc... yes >checking for main in -lm... yes >checking if docroot is given... yes >checking if gcc profiling is selected... no >checking if java include directory given... no >checking if java OS include directory given... no >checking whether to look for pdf support... yes >checking for HPDF_New in -lhpdf... yes >PDF support found >checking if png driver is wanted... yes >checking for inflateEnd in -lz... yes >checking for png_destroy_read_struct in -lpng... yes >checking for gdImageCreateFromPng in -lgd... yes >PNG libraries found >checking if any authorisation type is given... no >checking if Linux x86_64... yes >checking for MySQL libraries... yes >checking for pg_config... /usr/bin/pg_config >checking for PostgreSQL libraries... yes >checking for javac... true >checking for ant... true >checking for large file support... done >checking for systemlib usage... checking for x86_64-pc-linux-gnu-pkg-config... /usr/bin/x86_64-pc-linux-gnu-pkg-config >checking pkg-config is at least version 0.9.0... yes >checking for PLPLOT... yes >checking for ZLIB... yes >checking for purify... no >checking for cygwin... no >checking for mprobe... no >checking for savestats... no >checking if any threading type is given... no >checking that generated files are newer than configure... done >configure: creating ./config.status >config.status: creating plplot/Makefile >config.status: creating plplot/lib/Makefile >config.status: creating nucleus/Makefile >config.status: creating ajax/Makefile >config.status: creating ajax/core/ajax-pcre-config.h >config.status: creating ajax/pcre/Makefile >config.status: creating ajax/expat/Makefile >config.status: creating ajax/zlib/Makefile >config.status: creating ajax/core/Makefile >config.status: creating ajax/graphics/Makefile >config.status: creating ajax/ensembl/Makefile >config.status: creating ajax/ajaxdb/Makefile >config.status: creating ajax/acd/Makefile >config.status: creating emboss/Makefile >config.status: creating emboss/acd/Makefile >config.status: creating test/Makefile >config.status: creating test/data/Makefile >config.status: creating test/embl/Makefile >config.status: creating test/genbank/Makefile >config.status: creating test/pir/Makefile >config.status: creating test/swiss/Makefile >config.status: creating test/swnew/Makefile >config.status: creating test/testdb/Makefile >config.status: creating emboss/data/Makefile >config.status: creating emboss/data/AAINDEX/Makefile >config.status: creating emboss/data/CODONS/Makefile >config.status: creating emboss/data/REBASE/Makefile >config.status: creating emboss/data/JASPAR_CORE/Makefile >config.status: creating emboss/data/JASPAR_FAM/Makefile >config.status: creating emboss/data/JASPAR_PHYLOFACTS/Makefile >config.status: creating emboss/data/JASPAR_CNE/Makefile >config.status: creating emboss/data/JASPAR_POLII/Makefile >config.status: creating emboss/data/JASPAR_SPLICE/Makefile >config.status: creating emboss/data/JASPAR_PBM/Makefile >config.status: creating emboss/data/JASPAR_PBM_HLH/Makefile >config.status: creating emboss/data/JASPAR_PBM_HOMEO/Makefile >config.status: creating emboss/data/PRINTS/Makefile >config.status: creating emboss/data/PROSITE/Makefile >config.status: creating doc/Makefile >config.status: creating doc/manuals/Makefile >config.status: creating doc/tutorials/Makefile >config.status: creating doc/programs/Makefile >config.status: creating doc/programs/html/Makefile >config.status: creating doc/programs/text/Makefile >config.status: creating jemboss/Makefile >config.status: creating jemboss/images/Makefile >config.status: creating jemboss/lib/Makefile >config.status: creating jemboss/lib/axis/Makefile >config.status: creating jemboss/resources/Makefile >config.status: creating jemboss/utils/Makefile >config.status: creating Makefile >config.status: executing depfiles commands >config.status: executing libtool commands >>>> Source configured. >>>> Compiling source in /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1 ... >make -j3 >Making all in ajax >make[1]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax' >Making all in core >make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core' >/bin/sh ../../libtool --tag=CC --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -DHAVE_MYSQL=1 -DHAVE_POSTGRESQL=1 -I. -DAJAX_FIXED_ROOT=\"/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss\" -DAJAX_SYSTEM="\"Linux\"" -DPREFIX=\"/usr\" -I/usr/include/postgresql-9.0 -I/usr/include/mysql -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -I/usr/include/postgresql-9.0 -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -I/usr/include/mysql -c -o ajalign.lo ajalign.c >/bin/sh ../../libtool --tag=CC --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -DHAVE_MYSQL=1 -DHAVE_POSTGRESQL=1 -I. -DAJAX_FIXED_ROOT=\"/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss\" -DAJAX_SYSTEM="\"Linux\"" -DPREFIX=\"/usr\" -I/usr/include/postgresql-9.0 -I/usr/include/mysql -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -I/usr/include/postgresql-9.0 -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -I/usr/include/mysql -c -o ajarr.lo ajarr.c >/bin/sh ../../libtool --tag=CC --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -DHAVE_MYSQL=1 -DHAVE_POSTGRESQL=1 -I. -DAJAX_FIXED_ROOT=\"/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss\" -DAJAX_SYSTEM="\"Linux\"" -DPREFIX=\"/usr\" -I/usr/include/postgresql-9.0 -I/usr/include/mysql -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -I/usr/include/postgresql-9.0 -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -I/usr/include/mysql -c -o ajassert.lo ajassert.c >libtool: compile: x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -DHAVE_MYSQL=1 -DHAVE_POSTGRESQL=1 -I. -DAJAX_FIXED_ROOT=\"/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss\" -DAJAX_SYSTEM=\"Linux\" -DPREFIX=\"/usr\" -I/usr/include/postgresql-9.0 -I/usr/include/mysql -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN 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function 'ajSysExecOutnameErrAppendC': >ajsys.c:2332:12: warning: ignoring return value of 'dup', declared with attribute warn_unused_result [-Wunused-result] > dup(fileno(stdout)); > ^ >/bin/sh ../../libtool --tag=CC --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -DHAVE_MYSQL=1 -DHAVE_POSTGRESQL=1 -I. 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-Wl,libajax.so.6 -o .libs/libajax.so.6.0.3 >libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libajax.so.6" && ln -s "libajax.so.6.0.3" "libajax.so.6") >libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libajax.so" && ln -s "libajax.so.6.0.3" "libajax.so") >libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libajax.la" && ln -s "../libajax.la" "libajax.la" ) >make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core' >Making all in graphics >make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/graphics' >/bin/sh ../../libtool --tag=CC --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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incompatible pointer type [enabled by default] > data = thys->hists[j]->data; > ^ >ajhist.c:476:8: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > data = thys->hists[j]->data; > ^ >ajhist.c:493:7: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > data = thys->hists[0]->data; > ^ >ajhist.c:558:11: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > data = thys->hists[i]->data; > ^ >ajhist.c:611:11: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > data = thys->hists[i]->data; > ^ >ajhist.c:655:11: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > data = thys->hists[i]->data; > ^ >ajhist.c: In function 'ajHistDataAdd': >ajhist.c:1262:33: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > thys->hists[indexnum]->data = data; > ^ >ajgraph.c: In function 'GraphSetName': >ajgraph.c:1063:18: warning: assignment makes pointer from integer without a cast [enabled by default] > fullname = asprintf(fullname,"%s%s", ajStrGetPtr(txt), ext); > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsGetCharsize': >ajgraph.c:2013:2: warning: passing argument 1 of 'c_plgchr' from incompatible pointer type [enabled by default] > plgchr(defheight,currentscale); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:1001:1: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *' > c_plgchr( PLFLT *p_def, PLFLT *p_ht ); > ^ >ajgraph.c:2013:2: warning: passing argument 2 of 'c_plgchr' from incompatible pointer type [enabled by default] > plgchr(defheight,currentscale); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:1001:1: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *' > c_plgchr( PLFLT *p_def, PLFLT *p_ht ); > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsGetParamsPage': >ajgraph.c:2086:2: warning: passing argument 1 of 'c_plgpage' from incompatible pointer type [enabled by default] > plgpage(xp,yp,xleng,yleng,xoff,yoff); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:1081:1: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *' > c_plgpage( PLFLT *p_xp, PLFLT *p_yp, > ^ >ajgraph.c:2086:2: warning: passing argument 2 of 'c_plgpage' from incompatible pointer type [enabled by default] > plgpage(xp,yp,xleng,yleng,xoff,yoff); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:1081:1: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *' > c_plgpage( PLFLT *p_xp, PLFLT *p_yp, > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposBox': >ajgraph.c:2618:2: warning: passing argument 2 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphArray(5, xa, ya); > ^ >ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphArray(ajuint numofpoints, > ^ >ajgraph.c:2618:2: warning: passing argument 3 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphArray(5, xa, ya); > ^ >ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphArray(ajuint numofpoints, > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposBoxFill': >ajgraph.c:2674:2: warning: passing argument 2 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphFill(4, xa, ya); > ^ >ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y); > ^ >ajgraph.c:2674:2: warning: passing argument 3 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphFill(4, xa, ya); > ^ >ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y); > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposCircle': >ajgraph.c:2729:5: warning: passing argument 2 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphArray(361, xa,ya); > ^ >ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphArray(ajuint numofpoints, > ^ >ajgraph.c:2729:5: warning: passing argument 3 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphArray(361, xa,ya); > ^ >ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphArray(ajuint numofpoints, > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposDia': >ajgraph.c:2781:5: warning: passing argument 2 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphArray(5, xa, ya); > ^ >ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphArray(ajuint numofpoints, > ^ >ajgraph.c:2781:5: warning: passing argument 3 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphArray(5, xa, ya); > ^ >ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphArray(ajuint numofpoints, > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposDiaFill': >ajgraph.c:2831:5: warning: passing argument 2 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphFill(4, xa, ya); > ^ >ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y); > ^ >ajgraph.c:2831:5: warning: passing argument 3 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphFill(4, xa, ya); > ^ >ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y); > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposRect': >ajgraph.c:2936:2: warning: passing argument 2 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphArray(5, xa, ya); > ^ >ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphArray(ajuint numofpoints, > ^ >ajgraph.c:2936:2: warning: passing argument 3 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphArray(5, xa, ya); > ^ >ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphArray(ajuint numofpoints, > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposRectFill': >ajgraph.c:2993:2: warning: passing argument 2 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphFill(4, xa, ya); > ^ >ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y); > ^ >ajgraph.c:2993:2: warning: passing argument 3 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphFill(4, xa, ya); > ^ >ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y); > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawsetDots': >ajgraph.c:3351:5: warning: passing argument 1 of 'GraphSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphSymbols(xx, yy, num, 17); > ^ >ajgraph.c:78:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphSymbols(float *xx1, float *yy1, ajuint numofdots, > ^ >ajgraph.c:3351:5: warning: passing argument 2 of 'GraphSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphSymbols(xx, yy, num, 17); > ^ >ajgraph.c:78:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphSymbols(float *xx1, float *yy1, ajuint numofdots, > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawsetPoly': >ajgraph.c:3474:5: warning: passing argument 2 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphArray(num, xx, yy); > ^ >ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphArray(ajuint numofpoints, > ^ >ajgraph.c:3474:5: warning: passing argument 3 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphArray(num, xx, yy); > ^ >ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphArray(ajuint numofpoints, > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawsetPolyFill': >ajgraph.c:3508:5: warning: passing argument 2 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphFill(num, xx, yy); > ^ >ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y); > ^ >ajgraph.c:3508:5: warning: passing argument 3 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphFill(num, xx, yy); > ^ >ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y); > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawsetSymbols': >ajgraph.c:3545:5: warning: passing argument 1 of 'GraphSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphSymbols(xx, yy, num, symbol); > ^ >ajgraph.c:78:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphSymbols(float *xx1, float *yy1, ajuint numofdots, > ^ >ajgraph.c:3545:5: warning: passing argument 2 of 'GraphSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphSymbols(xx, yy, num, symbol); > ^ >ajgraph.c:78:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > static void GraphSymbols(float *xx1, float *yy1, ajuint numofdots, > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsCalcCharsize': >ajgraph.c:3661:5: warning: passing argument 1 of 'ajGraphicsGetCharsize' from incompatible pointer type [enabled by default] > ajGraphicsGetCharsize(&origcharsize,&origcharht); > ^ >ajgraph.c:2002:6: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > void ajGraphicsGetCharsize(float *defheight, float *currentscale) > ^ >ajgraph.c:3661:5: warning: passing argument 2 of 'ajGraphicsGetCharsize' from incompatible pointer type [enabled by default] > ajGraphicsGetCharsize(&origcharsize,&origcharht); > ^ >ajgraph.c:2002:6: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *' > void ajGraphicsGetCharsize(float *defheight, float *currentscale) > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsCalcCoord': >ajgraph.c:3716:8: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy = (float *)AJALLOC( 2*sizeof(float) ); > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphicsUnused': >ajgraph.c:3937:5: warning: passing argument 2 of 'GraphCheckPoints' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphCheckPoints(0, &f, &f); > ^ >ajgraph.c:46:17: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *' > static void GraphCheckPoints(ajint n, const PLFLT *x, const PLFLT *y); > ^ >ajgraph.c:3937:5: warning: passing argument 3 of 'GraphCheckPoints' from incompatible pointer type [enabled by default] > GraphCheckPoints(0, &f, &f); > ^ >ajgraph.c:46:17: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *' > static void GraphCheckPoints(ajint n, const PLFLT *x, const PLFLT *y); > ^ >ajgraph.c: In function 'ajGraphGetParamsPage': >ajgraph.c:5309:2: warning: passing argument 1 of 'c_plgpage' from incompatible pointer type [enabled by default] > plgpage(xp,yp,xleng,yleng,xoff,yoff); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:1081:1: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *' > c_plgpage( PLFLT *p_xp, PLFLT *p_yp, > ^ >ajgraph.c:5309:2: warning: passing argument 2 of 'c_plgpage' from incompatible pointer type [enabled by default] > plgpage(xp,yp,xleng,yleng,xoff,yoff); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:1081:1: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *' > c_plgpage( PLFLT *p_xp, PLFLT *p_yp, > ^ >ajgraph.c: In function 'GraphArray': >ajgraph.c:8397:2: warning: passing argument 2 of 'c_plline' from incompatible pointer type [enabled by default] > plline(numofpoints, x,y); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:1271:1: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *' > c_plline( PLINT n, const PLFLT *x, const PLFLT *y ); > ^ >ajgraph.c:8397:2: warning: passing argument 3 of 'c_plline' from incompatible pointer type [enabled by default] > plline(numofpoints, x,y); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:1271:1: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *' > c_plline( PLINT n, const PLFLT *x, const PLFLT *y ); > ^ >ajgraph.c: In function 'GraphFill': >ajgraph.c:8516:5: warning: passing argument 2 of 'c_plfill' from incompatible pointer type [enabled by default] > plfill(numofpoints, x, y); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:976:1: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *' > c_plfill( PLINT n, const PLFLT *x, const PLFLT *y ); > ^ >ajgraph.c:8516:5: warning: passing argument 3 of 'c_plfill' from incompatible pointer type [enabled by default] > plfill(numofpoints, x, y); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:976:1: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *' > c_plfill( PLINT n, const PLFLT *x, const PLFLT *y ); > ^ >ajgraph.c: In function 'GraphOpenXwin': >ajgraph.c:9862:17: warning: passing argument 2 of 'c_plparseopts' from incompatible pointer type [enabled by default] > PL_PARSE_NODELETE | PL_PARSE_SKIP); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:2214:1: note: expected 'const char **' but argument is of type 'char **' > c_plparseopts( int *p_argc, const char **argv, PLINT mode ); > ^ >ajgraph.c: In function 'GraphxyGeneral': >ajgraph.c:10412:42: warning: passing argument 2 of 'ajGraphicsDrawsetSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default] > (graphdata->x), (graphdata->y), 9); > ^ >ajgraph.c:3542:6: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *' > void ajGraphicsDrawsetSymbols(ajuint num, PLFLT *xx, PLFLT *yy, > ^ >ajgraph.c:10412:42: warning: passing argument 3 of 'ajGraphicsDrawsetSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default] > (graphdata->x), (graphdata->y), 9); > ^ >ajgraph.c:3542:6: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *' > void ajGraphicsDrawsetSymbols(ajuint num, PLFLT *xx, PLFLT *yy, > ^ >ajgraph.c:10480:42: warning: passing argument 2 of 'ajGraphicsDrawsetSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default] > (graphdata->x), (graphdata->y), 9); > ^ >ajgraph.c:3542:6: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *' > void ajGraphicsDrawsetSymbols(ajuint num, PLFLT *xx, PLFLT *yy, > ^ >ajgraph.c:10480:42: warning: passing argument 3 of 'ajGraphicsDrawsetSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default] > (graphdata->x), (graphdata->y), 9); > ^ >ajgraph.c:3542:6: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *' > void ajGraphicsDrawsetSymbols(ajuint num, PLFLT *xx, PLFLT *yy, > ^ >ajgraph.c: In function 'GraphSymbols': >ajgraph.c:10726:5: warning: passing argument 2 of 'c_plpoin' from incompatible pointer type [enabled by default] > plpoin(numofdots,xx1,yy1, symbol); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:1419:1: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *' > c_plpoin( PLINT n, const PLFLT *x, const PLFLT *y, PLINT code ); > ^ >ajgraph.c:10726:5: warning: passing argument 3 of 'c_plpoin' from incompatible pointer type [enabled by default] > plpoin(numofdots,xx1,yy1, symbol); > ^ >In file included from ajgraph.h:32:0, > from ajgraph.c:30: >/usr/include/plplot/plplot.h:1419:1: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *' > c_plpoin( PLINT n, const PLFLT *x, const PLFLT *y, PLINT code ); > ^ >/bin/sh ../../libtool --tag=CC --mode=link x86_64-pc-linux-gnu-gcc -I/usr/include/postgresql-9.0 -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -I/usr/include/mysql -version-info 6:3:0 -L/usr/lib64/postgresql-9.0/lib64 -lpq -Wl,-O1 -Wl,--as-needed -L/usr/lib64/mysql -lmysqlclient -lpthread -lz -lm -lssl -lcrypto -ldl -o libajaxg.la -rpath /usr/lib64 ajgraph.lo ajhist.lo ../core/libajax.la -lplplotd -lltdl -lm -lcsirocsa -lcsironn -lqhull -lqsastime -lm -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm >libtool: link: x86_64-pc-linux-gnu-gcc -shared -fPIC -DPIC .libs/ajgraph.o .libs/ajhist.o -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs -L/usr/lib64/postgresql-9.0/lib64 -Wl,--as-needed -L/usr/lib64/mysql ../core/.libs/libajax.so -lexpat -lpcre -lpq -lmysqlclient -lpthread -lssl -lcrypto -lplplotd /usr/lib64/libltdl.so -ldl -lcsirocsa -lcsironn -lqhull -lqsastime -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm -march=native -O2 -O2 -Wl,-O1 -Wl,-soname -Wl,libajaxg.so.6 -o .libs/libajaxg.so.6.0.3 >libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libajaxg.so.6" && ln -s "libajaxg.so.6.0.3" "libajaxg.so.6") >libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libajaxg.so" && ln -s "libajaxg.so.6.0.3" "libajaxg.so") >libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libajaxg.la" && ln -s "../libajaxg.la" "libajaxg.la" ) >make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/graphics' >Making all in ensembl >make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ensembl' >/bin/sh ../../libtool --tag=CC --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs/libajax.so -lexpat -lpcre -lpq -lmysqlclient -lpthread -lssl -lcrypto -ldl -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm -march=native -O2 -O2 -Wl,-O1 -Wl,-soname -Wl,libajaxdb.so.6 -o .libs/libajaxdb.so.6.0.3 >libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libajaxdb.so.6" && ln -s "libajaxdb.so.6.0.3" "libajaxdb.so.6") >libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libajaxdb.so" && ln -s "libajaxdb.so.6.0.3" "libajaxdb.so") >libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libajaxdb.la" && ln -s "../libajaxdb.la" "libajaxdb.la" ) >make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ajaxdb' >Making all in acd >make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/acd' >/bin/sh ../../libtool --tag=CC --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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"libacd.la" && ln -s "../libacd.la" "libacd.la" ) >make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/acd' >make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax' >make[2]: Nothing to be done for 'all-am'. >make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax' >make[1]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax' >Making all in nucleus >make[1]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/nucleus' >/bin/sh ../libtool --tag=CC --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 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Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data' >Making all in AAINDEX >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/AAINDEX' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/AAINDEX' >Making all in CODONS >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/CODONS' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/CODONS' >Making all in REBASE >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/REBASE' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/REBASE' >Making all in PRINTS >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/PRINTS' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/PRINTS' >Making all in PROSITE >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/PROSITE' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/PROSITE' >Making all in JASPAR_CORE >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_CORE' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_CORE' >Making all in JASPAR_FAM >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_FAM' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_FAM' >Making all in JASPAR_PHYLOFACTS >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PHYLOFACTS' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PHYLOFACTS' >Making all in JASPAR_CNE >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_CNE' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_CNE' >Making all in JASPAR_POLII >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_POLII' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_POLII' >Making all in JASPAR_SPLICE >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_SPLICE' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_SPLICE' >Making all in JASPAR_PBM >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PBM' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PBM' >Making all in JASPAR_PBM_HLH >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PBM_HLH' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PBM_HLH' >Making all in JASPAR_PBM_HOMEO >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PBM_HOMEO' >make[3]: Nothing to be done for 'all'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PBM_HOMEO' >make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data' >make[3]: Nothing to be done for 'all-am'. >make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data' >make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data' >make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss' >x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -DHAVE_MYSQL=1 -DHAVE_POSTGRESQL=1 -I. -I../nucleus -I/usr/include/plplot -I../ajax/core -I../ajax/graphics -I../ajax/ensembl -I../ajax/ajaxdb -I../ajax/acd -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN 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> ^ >chaos.c:107:2: warning: passing argument 3 of ‘ajGraphicsDrawsetLines’ from incompatible pointer type [enabled by default] > ajGraphicsDrawsetLines(1,&x,&y,&x2,&y); > ^ >In file included from ../nucleus/emboss.h:5:0, > from chaos.c:21: >../ajax/graphics/ajgraph.h:156:15: note: expected ‘PLFLT *’ but argument is of type ‘float *’ > void ajGraphicsDrawsetLines(ajuint num, PLFLT *xx,PLFLT *yy, > ^ >chaos.c:107:2: warning: passing argument 4 of ‘ajGraphicsDrawsetLines’ from incompatible pointer type [enabled by default] > ajGraphicsDrawsetLines(1,&x,&y,&x2,&y); > ^ >In file included from ../nucleus/emboss.h:5:0, > from chaos.c:21: >../ajax/graphics/ajgraph.h:156:15: note: expected ‘PLFLT *’ but argument is of type ‘float *’ > void ajGraphicsDrawsetLines(ajuint num, PLFLT *xx,PLFLT *yy, > ^ >chaos.c:107:2: warning: passing argument 5 of ‘ajGraphicsDrawsetLines’ from incompatible pointer type [enabled by default] > ajGraphicsDrawsetLines(1,&x,&y,&x2,&y); > ^ >In file included from ../nucleus/emboss.h:5:0, > from chaos.c:21: >../ajax/graphics/ajgraph.h:156:15: note: expected ‘PLFLT *’ but argument is of type ‘float *’ > void ajGraphicsDrawsetLines(ajuint num, PLFLT *xx,PLFLT *yy, > ^ >x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -DHAVE_MYSQL=1 -DHAVE_POSTGRESQL=1 -I. -I../nucleus -I/usr/include/plplot -I../ajax/core -I../ajax/graphics -I../ajax/ensembl 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incompatible pointer type [enabled by default] > xy1 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, r1Ticks, Angle); > ^ >cirdna.c:954:9: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy2 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, r2Ticks, Angle); > ^ >cirdna.c:974:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy1 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, r2Ticks+postext, Angle); > ^ >cirdna.c:975:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy2 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, r2Ticks+postext+stringLength, > ^ >cirdna.c:977:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy3 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, r2Ticks+postext-stringLength, > ^ >cirdna.c: In function ‘cirdna_DrawArrowHeadsOncurve’: >cirdna.c:1314:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy1 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, Radius, Angle); > ^ >cirdna.c:1315:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy2 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, Radius+middle, Angle+pos); > ^ >cirdna.c:1318:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy2 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, Radius-middle, Angle+pos); > ^ >cirdna.c:1326:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy1 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, Radius+middle, Angle-pos); > ^ >cirdna.c:1327:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy2 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, Radius, Angle); > ^ >cirdna.c:1330:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy1 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, Radius-middle, Angle-pos); > ^ >cirdna.c: In function ‘cirdna_DrawBracketsOncurve’: >cirdna.c:1375:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy1 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, Radius+middle, Angle); > ^ >cirdna.c:1376:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy2 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, Radius-middle, Angle); > ^ >cirdna.c:1387:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy1 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, Radius+middle, Angle); > ^ >cirdna.c:1388:6: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy2 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, Radius-middle, Angle); > ^ >cirdna.c: In function ‘cirdna_DrawBarsOncurve’: >cirdna.c:1425:9: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy1 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, Radius+middle, Angle); > ^ >cirdna.c:1426:9: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default] > xy2 = ajGraphicsCalcCoord(xDraw, yDraw, Radius-middle, Angle); > ^ >x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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ajHistDataCopy(hist, hist_num, farray); > ^ >In file included from ../nucleus/emboss.h:7:0, > from pepinfo.c:22: >../ajax/graphics/ajhist.h:143:9: note: expected ‘const PLFLT *’ but argument is of type ‘float *’ > void ajHistDataCopy (AjPHist hist, ajuint indexnum, PLFLT const *data); > ^ >x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -DHAVE_MYSQL=1 -DHAVE_POSTGRESQL=1 -I. -I../nucleus 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returned 1 exit status >Makefile:2634: recipe for target 'aaindexextract' failed >make[2]: *** [aaindexextract] Error 1 >/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/graphics/.libs/libajaxg.so: undefined reference to `c_plwid' >collect2: error: ld returned 1 exit status >Makefile:2642: recipe for target 'acdc' failed >make[2]: *** [acdc] Error 1 >make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss' >Makefile:3865: recipe for target 'all-recursive' failed >make[1]: *** [all-recursive] Error 1 >make[1]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss' >Makefile:425: recipe for target 'all-recursive' failed >make: *** [all-recursive] Error 1 > [31;01m*[0m ERROR: sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1::gentoo failed (compile phase): > [31;01m*[0m emake failed > [31;01m*[0m > [31;01m*[0m If you need support, post the output of `emerge --info '=sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1::gentoo'`, > [31;01m*[0m the complete build log and the output of `emerge -pqv '=sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1::gentoo'`. > [31;01m*[0m The complete build log is located at '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/temp/build.log'. > [31;01m*[0m The ebuild environment file is located at '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/temp/environment'. > [31;01m*[0m Working directory: '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1' > [31;01m*[0m S: '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1'
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