I try to emerge staden and get this error : [...] i686-pc-linux-gnu-gcc -O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g -fPIC -Wuninitialized -L/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries -o linux-binaries/stash linux-binaries/stash.o linux-binaries/tclAppInit.o -ltk_utils -L/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries -ltk8.4 -L/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries -ltcl8.4 -lm -L/usr/X11R6/lib -lX11 -ldl /usr/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.3/../../../../i686-pc-linux-gnu/bin/ld: warning: libmisc.so, needed by /var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `vflen' /var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `myusleep' /var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `Fstr2Cstr' /var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `expandpath' collect2: ld a retourn
I try to emerge staden and get this error : [...] i686-pc-linux-gnu-gcc -O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g -fPIC -Wuninitialized -L/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries -o linux-binaries/stash linux-binaries/stash.o linux-binaries/tclAppInit.o -ltk_utils -L/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries -ltk8.4 -L/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries -ltcl8.4 -lm -L/usr/X11R6/lib -lX11 -ldl /usr/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.3/../../../../i686-pc-linux-gnu/bin/ld: warning: libmisc.so, needed by /var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `vflen' /var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `myusleep' /var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `Fstr2Cstr' /var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `expandpath' collect2: ld a retourné 1 code d'état d'exécution make[3]: *** [linux-binaries/stash] Erreur 1 make[3]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/tk_utils' make[2]: *** [.links] Erreur 2 make[2]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/tk_utils' make[1]: *** [tk_utils] Erreur 2 make[1]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src' make: *** [all] Erreur 2 !!! ERROR: sci-biology/staden-1.5.3 failed. !!! Function src_compile, Line 143, Exitcode 2 !!! Package compilation failed. !!! If you need support, post the topmost build error, NOT this status message. Reproducible: Always Steps to Reproduce: Portage 2.0.51-r13 (default-linux/x86/2004.3, gcc-3.4.3, glibc-2.3.4.20041102-r0, 2.6.9-gentoo-r12 i686) ================================================================= System uname: 2.6.9-gentoo-r12 i686 AMD Athlon(tm) XP 2800+ Gentoo Base System version 1.6.7 Python: dev-lang/python-2.3.4 [2.3.4 (#1, Dec 29 2004, 16:34:10)] dev-lang/python: 2.3.4 sys-devel/autoconf: 2.59-r6, 2.13 sys-devel/automake: 1.8.5-r2, 1.5, 1.4_p6, 1.6.3, 1.7.9, 1.9.4 sys-devel/binutils: 2.15.92.0.2-r2 sys-devel/libtool: 1.5.10-r2 virtual/os-headers: 2.6.8.1-r2 ACCEPT_KEYWORDS="x86 ~x86" AUTOCLEAN="yes" CFLAGS="-O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g " CHOST="i686-pc-linux-gnu" CONFIG_PROTECT="/etc /usr/kde/2/share/config /usr/kde/3.3/env /usr/kde/3.3/share/config /usr/kde/3.3/shutdown /usr/kde/3/share/config /usr/lib/X11/xkb /usr/lib/mozilla/defaults/pref /usr/share/config /usr/share/texmf/dvipdfm/config/ /usr/share/texmf/dvips/config/ /usr/share/texmf/tex/generic/config/ /usr/share/texmf/tex/platex/config/ /usr/share/texmf/xdvi/ /var/qmail/alias /var/qmail/control" CONFIG_PROTECT_MASK="/etc/gconf /etc/terminfo /etc/env.d" CXXFLAGS="-O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g " DISTDIR="/usr/portage/distfiles" FEATURES="autoaddcvs autoconfig ccache distlocks nostrip sandbox sfperms" GENTOO_MIRRORS="http://gentoo.inode.at/ http://212.219.56.152/sites/www.ibiblio.org/gentoo/ ftp://ftp.du.se/pub/os/gentoo http://mirror.gentoo.ru/pub/mirror/gentoo/ ftp://ftp.ntua.gr/pub/linux/gentoo/" MAKEOPTS="-j2" PKGDIR="/usr/portage/packages" PORTAGE_TMPDIR="/var/tmp" PORTDIR="/usr/portage" PORTDIR_OVERLAY="/usr/local/portage" SYNC="rsync://rsync.fr.gentoo.org/gentoo-portage" USE="3dnow S3TC X X509 Xaw3d aalib acl acpi adns alsa apache2 audiofile avi berkdb bidi bitmap-fonts bluetooth bonobo c++ cairo caps cddb cdparanoia cdr chroot clamav codecs crypt cups curl dba dbm dga dlloader dmx dnd dts dv dvb dvd dvdread encode esd ethereal evo exif expat ext-png ext-zlib f77 faac faad fam fbcon fbdev ffmpeg flac font-server foomaticdb fortran freetype ftp gcj gcl gd gd-external gdbm gif gimp gimpprint glade gnome gnutls gphoto2 gpm gs gstreamer gtk gtk2 gtkhtml hal howl ieee1394 imagemagick imap imlib imlib2 innodb intl ipv6 j2ee jabber java javadoc javamail javascript jce jikes jpeg junit latex lcms ldap libg++ libwww lufsusermount mad maildir matroska mikmod mime mmx mmx2 mng motif mozdevelop mozilla mozsvg mp3 mpeg mpeg4 mysql native ncurses nls no-old-linux nptl nptlonly objc ofx oggvorbis openal opengl openssh oss pam pcre pdflib perl php plotutils png posix postgres ppds print pthreads python quicktime readline rtc scanner sdl slang smime speex spell sse ssl struts svg svga tcltk tcpd tetex theora threads tidy tiff truetype truetype-fonts type1-fonts ucs4 unicode usb userlocales virus-scan wxwindows x86 xine xinerama xinetd xml2 xosd xpm xrandr xv xvid xvmc zlib" Unset: LDFLAGS
Thanks for reporting. I think I was able to fix this. The changes should hit your Portage mirror in an hour. Please tell me if they solve your problem.
I have been able to compile on a variety of setups, so I think this is really fixed. Feel free to reopen if you still have problems.
Hello, thanks for the patch but another error follow : i686-pc-linux-gnu-g++ -O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g -fPIC -Wuninitialized -DUSE_NON_CONST -DMUTLIB_EXPORTS -DDYNMAT -I. -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/Misc -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/mutlib -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/seq_utils -o linux-binaries/mutationtag_utils.o -c mutationtag_utils.cpp In file included from ./mutationtag_utils.hpp:22, from mutationtag_utils.cpp:19: ./array.hpp: In member function `double NumericArray<T>::Mean() const': ./array.hpp:319: erreur:
Hello, thanks for the patch but another error follow : i686-pc-linux-gnu-g++ -O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g -fPIC -Wuninitialized -DUSE_NON_CONST -DMUTLIB_EXPORTS -DDYNMAT -I. -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/Misc -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/mutlib -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/seq_utils -o linux-binaries/mutationtag_utils.o -c mutationtag_utils.cpp In file included from ./mutationtag_utils.hpp:22, from mutationtag_utils.cpp:19: ./array.hpp: In member function `double NumericArray<T>::Mean() const': ./array.hpp:319: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:319: erreur: (Chaque identificateur non déclaré est rapporté seulement une seule fois pour la fonction dans laquelle il apparaît.) ./array.hpp:321: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:321: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `double NumericArray<T>::Variance(double*) const': ./array.hpp:337: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:341: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:341: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `T NumericArray<T>::Min() const': ./array.hpp:361: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:361: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:363: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `T NumericArray<T>::Max() const': ./array.hpp:379: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:379: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:381: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `void NumericArray<T>::Interpolate(int, int)': ./array.hpp:395: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:399: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `bool DNAArray<CharT>::IsACGT(int) const': ./array.hpp:439: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:440: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::GotoBase(int, char) const': ./array.hpp:470: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:474: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::CountPads(char) const': ./array.hpp:496: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:496: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:498: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::GetAlignedPosition(int, bool, char) const': ./array.hpp:522: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:524: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::GetOriginalPosition(int, bool, char) const': ./array.hpp:549: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:564: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) make[2]: *** [linux-binaries/mutationtag_utils.o] Erreur 1 make[2]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/mutlib' make[1]: *** [mutlib] Erreur 2 make[1]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src' make: *** [all] Erreur 2 !!! ERROR: sci-biology/staden-1.5.3 failed. !!! Function src_compile, Line 146, Exitcode 2 !!! Package compilation failed. !!! If you need support, post the topmost build error, NOT this status message. You haven't release a staden-1.5.3-r1 for the first fixes ? Strange no ? Maybe another dependencies that is not updated by emerge ? thanks ! Didier LINK
Are you able to compile "staden-1.4.1-r7"? I would like to know if this is specific to "1.5.3". (I did not release the new patch as a revision because it does not change anything for those who compiled the package successfully. Such changes do not warrant a revision according to our policies.)
The same with staden-1.4.1-r7, ... i686-pc-linux-gnu-g++ -O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g -fPIC -Wuninitialized -DUSE_NON_CONST -DMUTLIB_EXPORTS -DDYNMAT -I. -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/Misc -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/mutlib -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/seq_utils -o linux-binaries/mutationtag_utils.o -c mutationtag_utils.cpp In file included from ./mutationtag_utils.hpp:22, from mutationtag_utils.cpp:19: ./array.hpp: In member function `double NumericArray<T>::Mean() const': ./array.hpp:319: erreur:
The same with staden-1.4.1-r7, ... i686-pc-linux-gnu-g++ -O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g -fPIC -Wuninitialized -DUSE_NON_CONST -DMUTLIB_EXPORTS -DDYNMAT -I. -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/Misc -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/mutlib -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/seq_utils -o linux-binaries/mutationtag_utils.o -c mutationtag_utils.cpp In file included from ./mutationtag_utils.hpp:22, from mutationtag_utils.cpp:19: ./array.hpp: In member function `double NumericArray<T>::Mean() const': ./array.hpp:319: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:319: erreur: (Chaque identificateur non déclaré est rapporté seulement une seule fois pour la fonction dans laquelle il apparaît.) ./array.hpp:321: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:321: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `double NumericArray<T>::Variance(double*) const': ./array.hpp:337: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:341: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:341: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `T NumericArray<T>::Min() const': ./array.hpp:361: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:361: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:363: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `T NumericArray<T>::Max() const': ./array.hpp:379: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:379: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:381: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `void NumericArray<T>::Interpolate(int, int)': ./array.hpp:395: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:399: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `bool DNAArray<CharT>::IsACGT(int) const': ./array.hpp:439: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:440: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::GotoBase(int, char) const': ./array.hpp:470: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:474: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::CountPads(char) const': ./array.hpp:496: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:496: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:498: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::GetAlignedPosition(int, bool, char) const': ./array.hpp:522: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:524: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::GetOriginalPosition(int, bool, char) const': ./array.hpp:549: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) ./array.hpp:564: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction) make[2]: *** [linux-binaries/mutationtag_utils.o] Erreur 1 make[2]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/mutlib' make[1]: *** [mutlib] Erreur 2 make[1]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src' make: *** [all] Erreur 2 !!! ERROR: sci-biology/staden-1.4.1-r7 failed. !!! Function src_compile, Line 143, Exitcode 2 !!! Package compilation failed. !!! If you need support, post the topmost build error, NOT this status message. Good luck and thanks for support ! Didier LINK
This looks like a GCC 3.4 oddity. I just commited a new patch which might fix it. Could you sync your tree in an hour and give it a try? If that still does not work, try updating "sys-devel/gcc" from "3.4.3" to "3.4.3-r1". (That is the version from the 3.4 branch that I use.)
Yes, you have done the right thing !!!! Thanks a lot, I can test the programs now ;) Didier LINK
