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Gentoo's Bugzilla – Attachment 182848 Details for
Bug 251617
sci-biology/staden-bin contains an internal copy of Tcl/Tk 8.4 and one of zlib
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[patch]
staden-src-1-7-0.patch
staden-src-1-7-0.patch (text/plain), 351.15 KB, created by
Martin Mokrejš
on 2009-02-23 03:36:46 UTC
(
hide
)
Description:
staden-src-1-7-0.patch
Filename:
MIME Type:
Creator:
Martin Mokrejš
Created:
2009-02-23 03:36:46 UTC
Size:
351.15 KB
patch
obsolete
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staden-src-1-7-0/mklinks >--- staden-src-1-7-0.ori/mklinks 2006-06-28 17:51:59.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/mklinks 2009-02-23 02:13:44.000000000 +0100 >@@ -47,14 +47,6 @@ > ln -s ../src/mutscan/$i-binaries/mutscan . > ln -s ../src/polyA_clip/$i-binaries/polyA_clip . > ln -s ../src/qclip/$i-binaries/qclip . >- ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/convert_trace . >- ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/extract_seq . >- ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/index_tar . >- ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/makeSCF . >- ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/scf_dump . >- ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/scf_info . >- ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/scf_update . >- ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/trace_dump . > ln -s ../src/screen_seq/$i-binaries/screen_seq . > ln -s ../src/tk_utils/$i-binaries/stash . > ln -s ../src/tracediff/$i-binaries/tracediff . >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/Makefile staden-src-1-7-0/src/Makefile >--- staden-src-1-7-0.ori/src/Makefile 2005-09-29 15:36:41.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/Makefile 2009-02-23 01:16:27.000000000 +0100 >@@ -12,7 +12,6 @@ > include mk/global.mk > > DIRS = Misc\ >- io_lib\ > tk_utils\ > text_utils\ > seq_utils\ >@@ -108,11 +107,6 @@ > # have been manually hacked/bug fixed. > distunix: > -mkdir $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries >- -cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libpng* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries >- -cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libtcl* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries >- -cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libtk* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries >- -cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libitcl* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries >- -cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libitk* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries > > > distwindows: >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/Misc/dependencies staden-src-1-7-0/src/Misc/dependencies >--- staden-src-1-7-0.ori/src/Misc/dependencies 2005-08-26 10:24:32.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/Misc/dependencies 2009-02-23 02:27:36.000000000 +0100 >@@ -1,43 +1,42 @@ > >-$O/array_arith.o: misc.h >-$O/array_arith.o: xalloc.h >+# DO NOT DELETE >+$O/FtoC.o: os.h >+$O/array.o: array.h xerror.h xalloc.h > $O/array_arith.o: os.h >-$O/array.o: array.h xerror.h >-$O/array.o: xalloc.h >-$O/bitmap.o: bitmap.h os.h >+$O/array_arith.o: xalloc.h >+$O/array_arith.o: misc.h > $O/bitmap.o: xerror.h xalloc.h >-$O/crash.o: misc.h >+$O/bitmap.o: bitmap.h os.h > $O/crash.o: xalloc.h > $O/crash.o: os.h >-$O/date.o: misc.h >+$O/crash.o: misc.h > $O/date.o: xalloc.h > $O/date.o: os.h >-# DO NOT DELETE >+$O/date.o: misc.h > $O/dstring.o: vlen.h > $O/dstring.o: ./dstring.h >-$O/filenames.o: misc.h > $O/filenames.o: xalloc.h >+$O/filenames.o: misc.h > $O/filenames.o: os.h >-$O/files.o: misc.h > $O/files.o: xalloc.h > $O/files.o: os.h >-$O/find.o: misc.h >+$O/files.o: misc.h > $O/find.o: xalloc.h > $O/find.o: os.h >-$O/FtoC.o: os.h >+$O/find.o: misc.h > $O/getfile.o: misc.h os.h > $O/getfile.o: xalloc.h getfile.h > $O/locks.o: locks.h >-$O/parse_db.o: os.h >-$O/parse_db.o: parse_db.h misc.h >-$O/parse_db.o: xalloc.h >-$O/shell.o: misc.h >+$O/parse_db.o: xalloc.h parse_db.h >+$O/parse_db.o: misc.h os.h > $O/shell.o: xalloc.h > $O/shell.o: os.h >-$O/strings.o: misc.h >+$O/shell.o: misc.h > $O/strings.o: xalloc.h > $O/strings.o: os.h >+$O/strings.o: misc.h > $O/vlen.o: vlen.h > $O/xalloc.o: error.h >+$O/xerror.o: os.h > $O/xerror.o: xalloc.h >-$O/xerror.o: xerror.h misc.h os.h >+$O/xerror.o: xerror.h misc.h >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/abi/dependencies staden-src-1-7-0/src/abi/dependencies >--- staden-src-1-7-0.ori/src/abi/dependencies 2005-08-26 10:24:30.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/abi/dependencies 2009-02-23 02:27:37.000000000 +0100 >@@ -1,12 +1,7 @@ > >-$O/abiIO.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h >-$O/abiIO.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/abiIO.o: abiIO.h > # DO NOT DELETE >-$O/getABIcomment.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h >-$O/getABIcomment.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/getABIdate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h >-$O/getABIdate.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/getABISampleName.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h >+$O/abiIO.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h > $O/getABISampleName.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h > $O/getABISampleName.o: abiIO.h >+$O/getABIcomment.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/getABIdate.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/alf/dependencies staden-src-1-7-0/src/alf/dependencies >--- staden-src-1-7-0.ori/src/alf/dependencies 2005-08-26 10:24:31.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/alf/dependencies 2009-02-23 02:27:37.000000000 +0100 >@@ -1,3 +1,3 @@ > >-$O/alfsplit.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h > # DO NOT DELETE >+$O/alfsplit.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/convert/dependencies staden-src-1-7-0/src/convert/dependencies >--- staden-src-1-7-0.ori/src/convert/dependencies 2005-09-28 12:20:37.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/convert/dependencies 2009-02-23 02:27:44.000000000 +0100 >@@ -1,167 +1,160 @@ > >-$O/bapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/bapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/bapDB.o: process.h list.h bapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/bapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/bapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/bapIO.o: bapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/dapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/dapDB.o: dapDB.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/dapDB.o: process.h list.h dapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/dapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/dapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/dapIO.o: dapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h > # DO NOT DELETE >-$O/flat_sd.o: process.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/flat_sd.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/flat_sd.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/flat_sd.o: list.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/actf.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-create.h $(SRCROOT)/gap4/gap-io.h $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/notes.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/gap4/template.h list.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h 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$(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/gap4/actf.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h > $O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-create.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-defaults.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h $(SRCROOT)/gap4/gap-io.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-io.h > $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h > $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-misc.h $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h > $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/Misc/array.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-io.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-create.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-defaults.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h $(SRCROOT)/gap4/gap-io.h > $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h > $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h > $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h >-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/gap4/stack_dump.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h > $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h > $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h $(SRCROOT)/g/g-error.h > $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/gap4/stack_dump.h > $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/gap4/gap-local.h > $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h 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$(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h >-$O/clones.o: undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >-$O/clones.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h >-$O/clones.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h tagUtils.h >-$O/clones.o: gap-defaults.h >-$O/complement.o: complement.h gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h io-reg.h >-$O/complement.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >-$O/complement.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >-$O/complement.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/complement.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/complement.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h >-$O/complement.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h >-$O/complement.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h >+$O/clones.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h >+$O/clones.o: 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$(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h > $O/complement.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >-$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h IO.h >-$O/confidence_graph.o: confidence_graph.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h >-$O/confidence_graph.o: consistency_display.h ruler_display.h >+$O/complement.o: complement.h gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h io-reg.h >+$O/complement.o: edStructs.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h >+$O/complement.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/complement.o: io_utils.h >+$O/complement.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h >+$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h > $O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h > 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>+$O/consen.o: list_proc.h extract.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h >+$O/consen.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/consen.o: tkEditor.h > $O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io-reg.h >+$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h > $O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h > $O/consistency_canvas_box.o: consistency_display.h >+$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h > $O/consistency_canvas_box.o: gap-dbstruct.h > $O/consistency_canvas_box.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h >+$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h > $O/consistency_canvas_box.o: gap_canvas_box.h 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$(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h >-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/contigEditor.o: io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/contigEditor.o: list_proc.h >+$O/consistency_display.o: consistency_canvas_box.h consistency_display.h >+$O/consistency_display.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/consistency_display.o: io_handle.h io_utils.h >+$O/consistency_display.o: ruler_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h >+$O/consistency_display.o: template_display.h hash.h list.h template.h > $O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/locks.h gap_cli_arg.h gap_globals.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >+$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h > $O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h >-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/contigEditor.o: qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h >-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h >-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h $(SRCROOT)/Misc/locks.h > $O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h select.h tman_interface.h >-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h >-$O/contigEditor.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >+$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/contigEditor.o: 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>-$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h >-$O/contig_selector.o: active_tags.h template_display.h hash.h ruler_display.h >-$O/contig_selector.o: contigEditor.h fort.h edStructs.h tkEditor.h >-$O/contig_selector.o: cs-object.h newgap_cmds.h list.h gap_globals.h >-$O/contig_selector.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >-$O/contig_selector.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >+$O/contig_order.o: QueueInterface.h SeqQueueTypes.h >+$O/contig_order.o: template.h list.h io-reg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h > $O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h >-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/contig_selector.o: 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$(SRCROOT)/g/g-error.h > $O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/dis_readings.o: qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h >-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h >-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h >+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h > $O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h > $O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h >-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h > $O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h >+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h >+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/dis_readings.o: IO.h >+$O/dis_readings.o: io_handle.h io_utils.h >+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h >+$O/dis_readings.o: IO2.h fort.h list_proc.h dis_readings.h tagUtils.h >+$O/dis_readings.o: edStructs.h tkEditor.h >+$O/dis_readings.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h >+$O/dis_readings.o: notes.h dbcheck.h >+$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h >+$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h > $O/do_fij.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >-$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h > $O/do_fij.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h > $O/do_fij.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h >-$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h 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tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h >-$O/dstrand.o: undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >+$O/dstrand.o: io_utils.h > $O/dstrand.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h >-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h > $O/dstrand.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h >-$O/dstrand.o: io_utils.h >-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h >-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h >-$O/edCommands.o: gap-dbstruct.h >-$O/edCommands.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >-$O/edCommands.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h >-$O/edCommands.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >+$O/dstrand.o: io_handle.h qual.h edUtils.h >+$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/dstrand.o: complement.h >+$O/dstrand.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h >+$O/dstrand.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >+$O/dstrand.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >+$O/dstrand.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h > $O/edCommands.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h > $O/edCommands.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h select.h tman_interface.h >-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/edCommands.o: 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>-$O/edCommands.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/edCommands.o: fort.h io_utils.h >-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h >-$O/edExtend.o: gap-dbstruct.h >+$O/edCommands.o: edStructs.h >+$O/edCommands.o: io_handle.h tkEditor.h >+$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h >+$O/edCommands.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >+$O/edCommands.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/edCommands.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >+$O/edCommands.o: io_utils.h >+$O/edCommands.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >+$O/edCommands.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h >+$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h > $O/edExtend.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >-$O/edExtend.o: io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h >-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h >-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h > $O/edExtend.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h >-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/edExtend.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h >-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h > $O/edExtend.o: 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$(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h >-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h >-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/edInterface.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >+$O/edExtend.o: edUtils.h >+$O/edExtend.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h >+$O/edExtend.o: io_handle.h tkEditor.h >+$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/edExtend.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/edExtend.o: io_utils.h >+$O/edExtend.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/edExtend.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >+$O/edExtend.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h > $O/edInterface.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/edInterface.o: qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/edInterface.o: 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active_tags.h >+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h >+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h > $O/edInterface.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h >+$O/edInterface.o: hash.h ruler_display.h > $O/edInterface.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h >-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h > $O/edInterface.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h >-$O/edInterface.o: edUtils.h >-$O/edMutations.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h >-$O/edMutations.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h >-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h >-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/edMutations.o: io_utils.h >-$O/edMutations.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >+$O/edInterface.o: fort.h io_utils.h >+$O/edInterface.o: io_handle.h tkEditor.h >+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h >+$O/edInterface.o: edUtils.h qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/edInterface.o: gap-dbstruct.h >+$O/edInterface.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >+$O/edInterface.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h qualIO.h notes.h >+$O/edInterface.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >+$O/edInterface.o: tagdb.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h template_display.h >+$O/edInterface.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h >+$O/edInterface.o: tman_interface.h > $O/edMutations.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/edMutations.o: 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$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h >-$O/edMutations.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >-$O/edMutations.o: tman_interface.h >+$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h > $O/edMutations.o: parse_ft.h >-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h >-$O/edMutations.o: gap-dbstruct.h > $O/edMutations.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h >-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h >-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h >-$O/edUtils2.o: active_tags.h tagdb.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >-$O/edUtils2.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/edUtils2.o: io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h >+$O/edMutations.o: edUtils.h >+$O/edMutations.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >+$O/edMutations.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/edMutations.o: io_utils.h >+$O/edMutations.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/edMutations.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >+$O/edMutations.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/edMutations.o: tkEditor.h > $O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h tman_interface.h $(SRCROOT)/Misc/locks.h IO2.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h >-$O/edUtils2.o: notes.h >+$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h edUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h > $O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/edUtils2.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h > $O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h select.h extend.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h >+$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h > $O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h > $O/edUtils2.o: IO.h >+$O/edUtils2.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h > $O/edUtils2.o: gap-dbstruct.h >-$O/edUtils2.o: qual.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h edUtils.h edStructs.h >-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h >-$O/extract.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/extract.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >-$O/extract.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/extract.o: io_handle.h io_utils.h fort.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h edUtils.h qual.h >-$O/extract.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/extract.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h >-$O/extract.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h >+$O/edUtils2.o: fort.h io_utils.h >+$O/edUtils2.o: io_handle.h tkEditor.h >+$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/edUtils2.o: active_tags.h tagdb.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >+$O/edUtils2.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >+$O/edUtils2.o: notes.h >+$O/edUtils2.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >+$O/edUtils2.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/extract.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h edUtils.h qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h > $O/extract.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h >+$O/extract.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h > $O/extract.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h >-$O/extract.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/extract.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >-$O/extract.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h >-$O/extract.o: 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complement.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h >+$O/fij.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/fij.o: edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >+$O/fij.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >+$O/fij.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h >+$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h > $O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h find_fragments.h qual.h >-$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h >-$O/find_fragments.o: gap-dbstruct.h >-$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h >-$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h >-$O/find_fragments.o: IO.h >-$O/find_oligo.o: contig_selector.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h contigEditor.h 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>-$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >-$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-local.h gap-remote.h gap-init.h >-$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h gap-error.h >+$O/gap-error.o: stack_dump.h >+$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-local.h gap-remote.h >+$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h > $O/gap-if.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/gap-if.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h >+$O/gap-if.o: gap-init.h > $O/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-io.h >-$O/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h > $O/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h 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>+$O/list_proc.o: list.h gap_globals.h >+$O/list_proc.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/mess.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h >+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h newgap_cmds.h >+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h >+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h >+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/locks.h >+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/read_matrix.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h >+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h >+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h quality_plot.h restriction_enzymes.h >+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/newgap_cmds.o: 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>-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h >-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h >-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h >-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h >-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/notedb.o: notedb.h >+$O/newgap_cmds.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h >+$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h > $O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/parse_db.h >-$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/notes.o: gap_cli_arg.h notes.h >-$O/notes.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >-$O/notes.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h >-$O/notes.o: 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$(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h >-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h >+$O/notes.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h >+$O/notes.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >+$O/notes.o: notes.h >+$O/notes.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h >+$O/notes.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/notes.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h > $O/oligo.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h > $O/oligo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/oligo.o: oligo.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/reg_exp.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h >+$O/oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h > $O/oligo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h >-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/oligo.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEditor.h >-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h >-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h >+$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h > $O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h > $O/oligo.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h >-$O/oligo.o: edStructs.h > $O/oligo.o: fort.h io_utils.h >-$O/oligo.o: 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$(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/oligo_sel.o: list.h undo.h edUtils.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h >-$O/oligo_sel.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h qual.h tagUtils.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/oligo_sel.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h oligo_sel.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h >+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h >+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h oligo_sel.h dstrand.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h > $O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h > $O/oligo_sel.o: IO.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h >+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >+$O/oligo_sel.o: io_handle.h qual.h tagUtils.h >+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/oligo_sel.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h > $O/oligo_sel.o: list_proc.h io_utils.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h >-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h >-$O/parse_ft.o: parse_ft.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/parse_ft.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h >+$O/oligo_sel.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/oligo_sel.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h > $O/parse_ft.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/preass.o: clones.h dbcheck.h >-$O/preass.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/preass.o: io_handle.h io_utils.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf_extras.h preass.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >+$O/parse_ft.o: parse_ft.h >+$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h >+$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/preass.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/preass.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h > $O/preass.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/preass.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h >-$O/preass.o: tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h > $O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h >-$O/preass.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h IO.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h >-$O/primlib.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/primlib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h >+$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h >+$O/preass.o: io_handle.h io_utils.h >+$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/preass.o: preass.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h clones.h dbcheck.h >+$O/preass.o: seqInfo.h tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h >+$O/preass.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/preass.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h > $O/primlib.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h >-$O/primlib.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h >-$O/primlib.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/probe.o: gap-dbstruct.h >-$O/probe.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h >-$O/probe.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >-$O/probe.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/probe.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h >-$O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/primlib.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/primlib.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h primlib.h >+$O/primlib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/primlib.o: gap_globals.h > $O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/probe.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h >-$O/probe.o: primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/probe.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seqInfo.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/probe.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h >-$O/probe.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >+$O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/probe.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/probe.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/probe.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h >+$O/probe.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h fort.h primlib.h > $O/probe.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h assemble_direct.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h >-$O/probe.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h fort.h >+$O/probe.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seqInfo.h > $O/probe.o: gap_globals.h >-$O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >+$O/probe.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h >+$O/probe.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h > $O/probe.o: probe.h >-$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >-$O/qualIO.o: io_handle.h io_utils.h >+$O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h >+$O/probe.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/probe.o: gap-dbstruct.h >+$O/probe.o: io_handle.h io_utils.h >+$O/qual.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h gap_globals.h >+$O/qual.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >+$O/qual.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/qual.o: qualP.h > $O/qualIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h >-$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h >-$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h >+$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h >+$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h > $O/qualIO.o: IO2.h qual.h qualP.h >-$O/qualIO.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h >-$O/quality_plot.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/quality_plot.o: list.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h qual.h >-$O/quality_plot.o: quality_plot.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h fort.h >-$O/quality_plot.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h >-$O/quality_plot.o: template_display.h hash.h template.h ruler_display.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/quality_plot.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h IO.h >+$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/qualIO.o: gap-dbstruct.h >+$O/qualIO.o: gap_globals.h >+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h >+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h > $O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h edUtils.h edStructs.h tkEditor.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h >-$O/quality_plot.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h >+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h fort.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h >+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h >+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h >+$O/quality_plot.o: qual.h quality_plot.h > $O/quality_plot.o: io-reg.h > $O/quality_plot.o: gap_canvas_box.h newgap_cmds.h > $O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h > $O/quality_plot.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h >-$O/qual.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/qual.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h >-$O/qual.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >-$O/qual.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/qual.o: qualP.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/quality_plot.o: edUtils.h edStructs.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h >+$O/quality_plot.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/quality_plot.o: io_utils.h >+$O/quality_plot.o: list.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >+$O/quality_plot.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >+$O/quality_plot.o: template_display.h hash.h template.h ruler_display.h >+$O/quality_plot.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h >+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h > $O/reactions.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/reactions.o: list.h undo.h edUtils.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h >-$O/reactions.o: qualP.h tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h tkEditor.h >-$O/reactions.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h fort.h qual.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/reactions.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h >+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h > $O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h > $O/reactions.o: IO.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h > $O/reactions.o: io_utils.h >-$O/reading_coverage.o: consen.h qual.h consistency_display.h >-$O/reading_coverage.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >-$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >-$O/reading_coverage.o: io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h >+$O/reactions.o: io_handle.h fort.h qual.h qualP.h >+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/reactions.o: gap-if.h 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edStructs.h fort.h tkEditor.h >-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h edUtils.h tagUtils.h >+$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h > $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/restriction_enzymes.o: ruler_display.h restriction_enzymes.h > $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h >-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h >-$O/restriction_enzymes.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h >-$O/restriction_enzymes.o: template_display.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h hash.h list.h template.h > $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h > $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h > $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/restriction_enzyme_map.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h >-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h > $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h >-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h >+$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h > $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h > $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h > $O/restriction_enzymes.o: gap_canvas_box.h >-$O/restriction_enzymes.o: io-reg.h >-$O/ruler_display.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >-$O/ruler_display.o: gap_globals.h 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$(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h select.h >-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h >-$O/searchUtils.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h select.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h tman_interface.h >+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h >+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h > $O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h >-$O/searchUtils.o: qual.h >-$O/searchUtils.o: edUtils.h >-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h >-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h 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$(SRCROOT)/Misc/FtoC.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h >+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h >+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h >+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h >+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h >+$O/seqInfo.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/array.h > $O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h IO.h >+$O/seqInfo.o: io_handle.h >+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/seqInfo.o: io_utils.h > $O/seqInfo.o: parse_ft.h tagUtils.h 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template.h list.h tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h >+$O/template.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h > $O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h >+$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h > $O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h >-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h edUtils.h qual.h >+$O/template_display.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/template_display.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h >+$O/template_display.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h > $O/template_display.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/template_display.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h tagdb.h >-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h >-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h > $O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h > $O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h > $O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h > $O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h contig_selector.h cs-object.h > $O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h gap_globals.h > $O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h >-$O/template_display.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >+$O/template_display.o: tagUtils.h edStructs.h > $O/template_display.o: hash.h list.h template.h >+$O/template_display.o: io-reg.h 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$(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >-$O/template.o: tagDefs.h fortran.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >-$O/template.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h >-$O/template.o: template.h list.h tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h >-$O/template.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/template.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >-$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >-$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h >-$O/template.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h edUtils.h >-$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/template.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h IO.h >-$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/template.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h >-$O/text-io-reg.o: gap-dbstruct.h >-$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >-$O/text-io-reg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/template_display.o: active_tags.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/Misc/vlen.h >+$O/template_display.o: edUtils.h qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h >+$O/template_display.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h tagdb.h > $O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h >-$O/tkEditor.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h 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$(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h > $O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h > $O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_config.h > $O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h tkEdNames.h $(SRCROOT)/tk_utils/tk_defs.h > $O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h >-$O/tkEdNames.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h > $O/tkEdNames.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h >-$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h > $O/tkEdNames.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h > $O/tkEdNames.o: fort.h io_utils.h >-$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h >+$O/tkEdNames.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/tkEdNames.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/tkEdNames.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >+$O/tkEdNames.o: tkEditor.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h > $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h > $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h >-$O/tkEdUtils.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >-$O/tkEdUtils.o: qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h >+$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h > $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h notedb.h tman_interface.h >-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/tkEdUtils.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/tkEdUtils.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h > $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h > $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h > $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h > $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h >-$O/tkEdUtils.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h > $O/tkEdUtils.o: IO.h >-$O/tkEdUtils.o: gap_globals.h >-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h >-$O/tkEdUtils.o: gap-dbstruct.h > $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edUtils.h >-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h >-$O/tk-io-reg.o: consistency_display.h >-$O/tk-io-reg.o: cs-object.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h >-$O/tk-io-reg.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h newgap_cmds.h list.h >-$O/tk-io-reg.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h contig_selector.h >-$O/tk-io-reg.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h template_display.h hash.h >-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h >-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h >-$O/tk-io-reg.o: template.h ruler_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h >-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/tk-io-reg.o: tk-io-reg.h io-reg.h >-$O/tk-io-reg.o: newgap_structs.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h >-$O/tk-io-reg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h >-$O/tman_cons.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >+$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/tkEdUtils.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/tkEdUtils.o: gap_globals.h >+$O/tkEdUtils.o: qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h >+$O/tkEdUtils.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >+$O/tkEdUtils.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/tkEdUtils.o: tkEditor.h >+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h >+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h >+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h >+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tk_defs.h tman_interface.h >+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_config.h >+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h >+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h >+$O/tkEditor.o: tkEditor.h >+$O/tkEditor.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h >+$O/tkEditor.o: edStructs.h >+$O/tkEditor.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/tkEditor.o: oligo.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edCommands.h contigEditor.h >+$O/tkEditor.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >+$O/tkEditor.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h > $O/tman_cons.o: 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$(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h > $O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h >-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/traceType.h >-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTraceIO.h >-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h >+$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h >+$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h > $O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h >+$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTraceIO.h > $O/tman_cons.o: IO.h >-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/tman_cons.o: gap-dbstruct.h >+$O/tman_cons.o: fort.h > $O/tman_cons.o: edStructs.h >-$O/tman_cons.o: 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tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h > $O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/tman_diff.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h > $O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h tman_interface.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h >+$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h > $O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h > $O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTraceIO.h $(SRCROOT)/mutlib/mutlib.h $(SRCROOT)/mutlib/staden.h >+$O/tman_diff.o: fort.h io_utils.h > $O/tman_diff.o: IO.h >-$O/tman_diff.o: gap-dbstruct.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h >-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h >-$O/tman_diff.o: edStructs.h >-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >-$O/tman_display.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h >-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h >-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/tman_display.o: io_utils.h >-$O/tman_display.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h >+$O/tman_diff.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/tman_diff.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/tman_diff.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/tman_diff.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h >+$O/tman_diff.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >+$O/tman_diff.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/tman_diff.o: tkEditor.h > $O/tman_display.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h 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>-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/tman_interface.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h >+$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/tman_display.o: edStructs.h >+$O/tman_display.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >+$O/tman_display.o: fort.h io_utils.h >+$O/tman_display.o: qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >+$O/tman_display.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/tman_display.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h > $O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h >-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >+$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h > $O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h >-$O/tman_interface.o: 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$(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >-$O/undo.o: io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/undo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h >-$O/undo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h >-$O/undo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/undo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h >-$O/undo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h tagUtils.h tagDefs.h >-$O/undo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >-$O/undo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h >-$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h >-$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h extend.h >-$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >-$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h >+$O/undo.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h >+$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h >+$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h > $O/undo.o: IO.h >-$O/undo.o: edStructs.h >-$O/undo.o: undo.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h >-$O/vseqs.o: gap-dbstruct.h >-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h >-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >+$O/undo.o: undo.h >+$O/undo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h >+$O/undo.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h >+$O/undo.o: io_handle.h >+$O/undo.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/undo.o: extend.h contigEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h >+$O/undo.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >+$O/undo.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h >+$O/undo.o: io_utils.h >+$O/undo.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h >+$O/undo.o: tkEditor.h > $O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/vseqs.o: qual.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h >-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >+$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h > $O/vseqs.o: vseqs.h >-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h > $O/vseqs.o: IO.h >+$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >+$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/vseqs.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >+$O/vseqs.o: qual.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/get_scf_field/dependencies staden-src-1-7-0/src/get_scf_field/dependencies >--- staden-src-1-7-0.ori/src/get_scf_field/dependencies 2005-08-26 10:24:31.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/get_scf_field/dependencies 2009-02-23 02:27:42.000000000 +0100 >@@ -1,7 +1,3 @@ > > # DO NOT DELETE >-$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h > $O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h >-$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/haplo/dependencies staden-src-1-7-0/src/haplo/dependencies >--- staden-src-1-7-0.ori/src/haplo/dependencies 2006-07-05 17:46:16.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/haplo/dependencies 2009-02-23 02:27:41.000000000 +0100 >@@ -1,51 +1,41 @@ > > # DO NOT DELETE >+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h > $O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h >-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h >-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h >+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h >+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h > $O/haplo_cons.o: haplo.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h >-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h >-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h >-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h >-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h >-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/notes.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h >-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h haplo.h >-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h haplo.h $(SRCROOT)/gap4/notes.h > $O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h > $O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h >-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h >+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h >+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h >+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h >+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h > $O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h >-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h >-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h >-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h >-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >+$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h > $O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h > $O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h >-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h >+$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >+$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h > $O/haplo_split.o: haplo.h > $O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h >-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h >-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h >-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h >-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h >-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h >-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >-$O/haplo_tcl.o: haplo.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h >+$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h > $O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h >-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h >-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h >-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h >+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h >+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h >+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h >+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h >+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h >+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h >+$O/haplo_tcl.o: haplo.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/init_exp/dependencies staden-src-1-7-0/src/init_exp/dependencies >--- staden-src-1-7-0.ori/src/init_exp/dependencies 2005-08-26 10:24:32.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/init_exp/dependencies 2009-02-23 02:27:42.000000000 +0100 >@@ -1,11 +1,5 @@ > > # DO NOT DELETE >-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/open_trace_file.h >-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h >-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h >-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h > $O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h >-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h >+$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/make_weights/dependencies staden-src-1-7-0/src/make_weights/dependencies >--- staden-src-1-7-0.ori/src/make_weights/dependencies 2005-08-26 10:24:32.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/make_weights/dependencies 2009-02-23 02:27:43.000000000 +0100 >@@ -2,5 +2,4 @@ > # DO NOT DELETE > $O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h > $O/make_weights.o: $(SRCROOT)/text_utils/licence.h >-$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/mk/global.mk staden-src-1-7-0/src/mk/global.mk >--- staden-src-1-7-0.ori/src/mk/global.mk 2006-06-08 15:15:58.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/mk/global.mk 2009-02-23 03:33:36.000000000 +0100 >@@ -128,10 +128,10 @@ > XSRC = > TCLVERS = 8.4 > TKVERS = 8.4 >-TCLSRC = $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic >-TKSRC = $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic >-ITCLSRC = $(SRCROOT)/incrTcl-3.3cvs/itcl/generic >-ITKSRC = $(SRCROOT)/incrTcl-3.3cvs/itk/generic >+TCLSRC = /usr/lib/tcl8.4/include/generic/ >+TKSRC = /usr/lib/tk8.4/include/generic/ >+ITCLSRC = /usr/lib/itcl3.3 >+ITKSRC = /usr/lib/itk3.3 > TTSRC = > ITCLVERS = 3.3 > ITKVERS = 3.3 >@@ -187,6 +187,7 @@ > MUT_LIB = $(MUT_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)mutlib$(LIB_EXT) $(MUT_LIB_E) > P3_LIB = $(P3_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)primer3$(LIB_EXT) $(P3_LIB_E) > PNG_LIB = $(PNG_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)png12$(LIB_EXT) $(PNG_LIB_E) >+CURL_LIB = $(CURL_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)curl$(LIB_EXT) $(CURL_LIB_E) > > > # Standard chunks to add to the compile line >@@ -201,10 +202,10 @@ > X_INC = $(XSRC:%=-I%) > XAW_INC = $(XSRC:%=-I%) > TT_INC = $(TTSRC:%=-I%) >-IOLIB_INC = -I$(IOLIBSRC)/include >-IOUTILS_INC = -I$(IOLIBSRC)/include >-SCF_INC = -I$(IOLIBSRC)/include >-EXP_INC = -I$(IOLIBSRC)/include >+IOLIB_INC = -I$(IOLIBSRC) >+IOUTILS_INC = -I$(IOLIBSRC) >+SCF_INC = -I$(IOLIBSRC) >+EXP_INC = -I$(IOLIBSRC) > G_INC = -I$(GSRC) > GAP4_INC = -I$(GAP4SRC) > NIP4_INC = -I$(NIP4SRC) >@@ -290,7 +291,7 @@ > GETSCFFIELD = $(SRCROOT)/get_scf_field > INDEXSEQLIBSSRC = $(SRCROOT)/indexseqlibs > INITEXPSRC = $(SRCROOT)/init_exp >-IOLIBSRC = $(SRCROOT)/io_lib >+IOLIBSRC = /usr/include/io_lib > LOOKUPSRC = $(SRCROOT)/lookup > MAKESCFSRC = $(SRCROOT)/makeSCF > MISCSRC = $(SRCROOT)/Misc >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/mk/linux.mk staden-src-1-7-0/src/mk/linux.mk >--- staden-src-1-7-0.ori/src/mk/linux.mk 2005-08-25 12:22:20.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/mk/linux.mk 2009-02-23 03:35:37.000000000 +0100 >@@ -6,9 +6,10 @@ > /* DEFINES += -DLITTLE_ENDIAN */ > > # Use g77 for compiling our fortran >-F77 = g77 >-# Ewe: >-F77_DEP = -lg2c >+F77 = gfortran >+# use for g77 >+# F77_DEP = -lg2c >+F77_DEP = -lgfortran > LIBSF = $(F77_DEP) > # Jura > # F77_DEP = /usr/lib/gcc-lib/i386-glibc21-linux/egcs-2.91.66/libg2c.a >@@ -31,8 +32,8 @@ > XBIN = /usr/X11R6/lib > # For AMD64 based systems use XBIN=/usr/X11R6/lib64 > >-#CLDFLAGS_E += -shared >-#FLDFLAGS_E += -shared >+CLDFLAGS_E += -shared >+FLDFLAGS_E += -shared > > # Dynamic linking > # For AMD64 based systems try -fPIC instead. >@@ -41,7 +42,7 @@ > # pic with g77 generates opcodes unknown by the 386 assembler. Odd > # It doesn't appear to be needed (but at a speed cost?). > # For AMD64 based systems try -fPIC instead. >-#SHLIB_FFLAGS = -fpic >+SHLIB_FFLAGS = -fpic > SHLIB_LD = cc > SHLIB_LDFLAGS = -L$(L) $(SHLIB_STRIP) -shared -o > SHLIB_PREFIX = lib >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/mk/root.mk staden-src-1-7-0/src/mk/root.mk >--- staden-src-1-7-0.ori/src/mk/root.mk 2003-06-09 13:24:35.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/mk/root.mk 2009-02-23 02:07:43.000000000 +0100 >@@ -12,7 +12,6 @@ > # gap/osp-bits > # gap > DIRS = Misc\ >- io_lib\ > seq_utils\ > tk_utils\ > spin\ >@@ -55,13 +54,10 @@ > # in io_lib from (eg) clean to cleanx. > # > clean: >- cd io_lib; $(MAKE) $(FLAGS) cleanx >- $(MAKE) $(FLAGS) JOB=clean >+ -echo blah > > spotless: >- cd io_lib; $(MAKE) $(FLAGS) spotlessx >- $(MAKE) $(FLAGS) JOB=spotless >- -rm lib/$(O)/so_locations >+ -ech blah > > relink: > -rm lib/$(O)/so_locations >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/mutlib/Makefile staden-src-1-7-0/src/mutlib/Makefile >--- staden-src-1-7-0.ori/src/mutlib/Makefile 2004-10-28 11:15:56.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/mutlib/Makefile 2009-02-23 01:58:04.000000000 +0100 >@@ -63,8 +63,6 @@ > > MUT_DEP=\ > $(SEQUTILS_LIB) \ >- $(TKUTILS_LIB) \ >- $(IOLIB_LIB) \ > $(MISC_LIB) \ > $(MATH_LIB) > >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/mutlib/dependencies staden-src-1-7-0/src/mutlib/dependencies >--- staden-src-1-7-0.ori/src/mutlib/dependencies 2005-08-26 10:24:32.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/mutlib/dependencies 2009-02-23 02:27:37.000000000 +0100 >@@ -1,313 +1,200 @@ > >+# DO NOT DELETE > $O/align.o: ./align.hpp ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h > $O/align.o: ./matrix.hpp > $O/basecall.o: ./basecall.hpp >-$O/caller_base.o: ./caller.hpp >-$O/caller_base.o: ./dnatable.hpp ./caller_base.hpp ./matrix.hpp ./trace.hpp >-$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h >-$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h >-$O/caller_base.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >+$O/caller.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/caller.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h >+$O/caller.o: ./caller.hpp ./matrix.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h >+$O/caller.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h > $O/caller_base.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h > $O/caller_base.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h >+$O/caller_base.o: ./dnatable.hpp ./caller_base.hpp ./matrix.hpp ./trace.hpp >+$O/caller_base.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h > $O/caller_base.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/caller_level.o: ./dnatable.hpp ./caller_level.hpp ./trace.hpp ./staden.h >-$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./caller.hpp ./matrix.hpp >-$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h 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> $O/dnatable.o: ./dnatable.hpp >-# DO NOT DELETE >-$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h >-$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h >-$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h >-$O/mutationtag.o: ./listitem.hpp >+$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h > $O/mutationtag.o: ./mutationtag.hpp ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h > $O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h >-$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >-$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./list.hpp ./array.hpp >-$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h >-$O/mutationtag_utils.o: 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$(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h > $O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/prefinish/dependencies staden-src-1-7-0/src/prefinish/dependencies >--- staden-src-1-7-0.ori/src/prefinish/dependencies 2005-08-26 10:24:32.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/prefinish/dependencies 2009-02-23 02:27:41.000000000 +0100 >@@ -1,175 +1,157 @@ > > # DO NOT DELETE > $O/dust.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h >-$O/finish_filter.o: finish_filter.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h >+$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h >+$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >+$O/finish.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h >+$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/consen.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h dust.h >+$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h 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$(SOCKET) > > $(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS)$(SHLIB_SUFFIX): $(OBJS) $(DEF_FILE) >@@ -113,8 +108,8 @@ > -ln -s ../licence/md52.c . > -ln -s ../licence/md52.h . > -ln -s ../licence/valid_seq.c . >- -ln -s ../tcl8.4.6/unix/tclAppInit.c . >- -ln -s ../tk8.4.6/winMain.c . >+ -ln -s /usr/lib/tcl8.4/tclAppInit.c . >+ # -ln -s ../tk8.4.6/winMain.c . > touch .links > $(MAKE) $(MFLAGS) > >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/tracediff/staden.h staden-src-1-7-0/src/tracediff/staden.h >--- staden-src-1-7-0.ori/src/tracediff/staden.h 2003-06-09 13:25:23.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/tracediff/staden.h 2009-02-23 02:21:06.000000000 +0100 >@@ -22,7 +22,7 @@ > #endif > > >-#include <io_lib/include/Read.h> >+#include <io_lib/Read.h> > #include <licence/licence.h> > > >diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/vector_clip/dependencies staden-src-1-7-0/src/vector_clip/dependencies >--- staden-src-1-7-0.ori/src/vector_clip/dependencies 2005-08-26 10:24:33.000000000 +0200 >+++ staden-src-1-7-0/src/vector_clip/dependencies 2009-02-23 02:27:43.000000000 +0100 >@@ -1,9 +1,5 @@ > > # DO NOT DELETE >-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/text_utils/licence.h >-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h >-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h >-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h >-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h >-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h >-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h >+$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h >+$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/text_utils/licence.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h >+$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
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