diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/course/texi/Makefile staden-src-1-7-0/course/texi/Makefile
--- staden-src-1-7-0.ori/course/texi/Makefile	2006-07-05 13:05:50.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/course/texi/Makefile	2009-02-23 03:48:49.000000000 +0100
@@ -55,7 +55,7 @@
 #-----------------------------------------------------------------------------
 # The main make targets.
 
-all: unix windows
+all: windows
 
 unix: course_unix.ps course_unix.pdf
 
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/doc/manual/manpages-t.texi staden-src-1-7-0/doc/manual/manpages-t.texi
--- staden-src-1-7-0.ori/doc/manual/manpages-t.texi	2006-07-04 18:17:37.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/doc/manual/manpages-t.texi	2009-02-23 03:40:30.000000000 +0100
@@ -74,11 +74,6 @@
 _include(hash_tar.1.texi)
 
 @page
-@node Man-init_tar
-@chapter Init_tar
-_include(init_tar.1.texi)
-
-@page
 @node Man-makeSCF
 @chapter MakeSCF
 _include(makeSCF.1.texi)
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/mklinks staden-src-1-7-0/mklinks
--- staden-src-1-7-0.ori/mklinks	2006-06-28 17:51:59.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/mklinks	2009-02-23 02:13:44.000000000 +0100
@@ -47,14 +47,6 @@
 	ln -s ../src/mutscan/$i-binaries/mutscan .
 	ln -s ../src/polyA_clip/$i-binaries/polyA_clip .
 	ln -s ../src/qclip/$i-binaries/qclip .
-	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/convert_trace .
-	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/extract_seq .
-	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/index_tar .
-	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/makeSCF .
-	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/scf_dump .
-	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/scf_info .
-	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/scf_update .
-	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/trace_dump .
 	ln -s ../src/screen_seq/$i-binaries/screen_seq .
 	ln -s ../src/tk_utils/$i-binaries/stash .
 	ln -s ../src/tracediff/$i-binaries/tracediff .
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/Makefile staden-src-1-7-0/src/Makefile
--- staden-src-1-7-0.ori/src/Makefile	2005-09-29 15:36:41.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/Makefile	2009-02-23 01:16:27.000000000 +0100
@@ -12,7 +12,6 @@
 include	 mk/global.mk
 
 DIRS =	Misc\
-	io_lib\
 	tk_utils\
 	text_utils\
 	seq_utils\
@@ -108,11 +107,6 @@
 # have been manually hacked/bug fixed.
 distunix:
 	-mkdir $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries 
-	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libpng* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
-	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libtcl* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
-	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libtk* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
-	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libitcl* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
-	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libitk* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
 
 
 distwindows:
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/Misc/dependencies staden-src-1-7-0/src/Misc/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/Misc/dependencies	2005-08-26 10:24:32.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/Misc/dependencies	2009-02-23 02:27:36.000000000 +0100
@@ -1,43 +1,42 @@
 
-$O/array_arith.o: misc.h
-$O/array_arith.o: xalloc.h
+# DO NOT DELETE
+$O/FtoC.o: os.h
+$O/array.o: array.h xerror.h xalloc.h
 $O/array_arith.o: os.h
-$O/array.o: array.h xerror.h
-$O/array.o: xalloc.h
-$O/bitmap.o: bitmap.h os.h
+$O/array_arith.o: xalloc.h
+$O/array_arith.o: misc.h
 $O/bitmap.o: xerror.h xalloc.h
-$O/crash.o: misc.h
+$O/bitmap.o: bitmap.h os.h
 $O/crash.o: xalloc.h
 $O/crash.o: os.h
-$O/date.o: misc.h
+$O/crash.o: misc.h
 $O/date.o: xalloc.h
 $O/date.o: os.h
-# DO NOT DELETE
+$O/date.o: misc.h
 $O/dstring.o: vlen.h
 $O/dstring.o: ./dstring.h
-$O/filenames.o: misc.h
 $O/filenames.o: xalloc.h
+$O/filenames.o: misc.h
 $O/filenames.o: os.h
-$O/files.o: misc.h
 $O/files.o: xalloc.h
 $O/files.o: os.h
-$O/find.o: misc.h
+$O/files.o: misc.h
 $O/find.o: xalloc.h
 $O/find.o: os.h
-$O/FtoC.o: os.h
+$O/find.o: misc.h
 $O/getfile.o: misc.h os.h
 $O/getfile.o: xalloc.h getfile.h
 $O/locks.o: locks.h
-$O/parse_db.o: os.h
-$O/parse_db.o: parse_db.h misc.h
-$O/parse_db.o: xalloc.h
-$O/shell.o: misc.h
+$O/parse_db.o: xalloc.h parse_db.h
+$O/parse_db.o: misc.h os.h
 $O/shell.o: xalloc.h
 $O/shell.o: os.h
-$O/strings.o: misc.h
+$O/shell.o: misc.h
 $O/strings.o: xalloc.h
 $O/strings.o: os.h
+$O/strings.o: misc.h
 $O/vlen.o: vlen.h
 $O/xalloc.o: error.h
+$O/xerror.o: os.h
 $O/xerror.o: xalloc.h
-$O/xerror.o: xerror.h misc.h os.h
+$O/xerror.o: xerror.h misc.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/abi/dependencies staden-src-1-7-0/src/abi/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/abi/dependencies	2005-08-26 10:24:30.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/abi/dependencies	2009-02-23 02:27:37.000000000 +0100
@@ -1,12 +1,7 @@
 
-$O/abiIO.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h
-$O/abiIO.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/abiIO.o: abiIO.h
 # DO NOT DELETE
-$O/getABIcomment.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h
-$O/getABIcomment.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/getABIdate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h
-$O/getABIdate.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/getABISampleName.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h
+$O/abiIO.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/getABISampleName.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/getABISampleName.o: abiIO.h
+$O/getABIcomment.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/getABIdate.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/alf/dependencies staden-src-1-7-0/src/alf/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/alf/dependencies	2005-08-26 10:24:31.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/alf/dependencies	2009-02-23 02:27:37.000000000 +0100
@@ -1,3 +1,3 @@
 
-$O/alfsplit.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 # DO NOT DELETE
+$O/alfsplit.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/convert/dependencies staden-src-1-7-0/src/convert/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/convert/dependencies	2005-09-28 12:20:37.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/convert/dependencies	2009-02-23 02:27:44.000000000 +0100
@@ -1,167 +1,160 @@
 
-$O/bapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/bapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/bapDB.o: process.h list.h bapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/bapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/bapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/bapIO.o: bapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/dapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/dapDB.o: dapDB.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/dapDB.o: process.h list.h dapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/dapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/dapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/dapIO.o: dapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 # DO NOT DELETE
-$O/flat_sd.o: process.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/flat_sd.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/flat_sd.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/flat_sd.o: list.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/actf.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-create.h $(SRCROOT)/gap4/gap-io.h $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/notes.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/gap4/template.h list.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/actf.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/gap4/actf.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-create.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-defaults.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h $(SRCROOT)/gap4/gap-io.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-io.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-misc.h $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-io.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-create.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-defaults.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h $(SRCROOT)/gap4/gap-io.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/gap4/stack_dump.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/gap4/stack_dump.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/gap4/gap-local.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-local.h $(SRCROOT)/gap4/gap-remote.h $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-remote.h $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-io.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/gap4/gap-io.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-db.h $(SRCROOT)/gap4/gap-local.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/g/g-connect.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-request.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/g/g-connect.h $(SRCROOT)/g/g-db.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-local.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/g/g-connect.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-request.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/g/g-connect.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-remote.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-db.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-request.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-db.h $(SRCROOT)/gap4/gap-remote.h
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+$O/$(SRCROOT)/gap4/io_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
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+$O/$(SRCROOT)/gap4/stack_dump.o: $(SRCROOT)/gap4/stack_dump.h
 $O/$(SRCROOT)/gap4/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
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+$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
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+$O/bapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/bapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/bapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/bapDB.o: process.h list.h bapIO.h newtypes.h
+$O/bapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/bapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/bapIO.o: bapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/dapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/dapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/dapDB.o: dapDB.h
+$O/dapDB.o: process.h list.h dapIO.h newtypes.h
+$O/dapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/dapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/dapIO.o: dapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/flat_sd.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/flat_sd.o: list.h
+$O/flat_sd.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/flat_sd.o: process.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/gapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
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+$O/gapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
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 $O/gapDB.o: process.h list.h gapDB.h
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+$O/gapDB.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/gapDB.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
 $O/list.o: list.h
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 $O/main.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/main.o: list.h process.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
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-$O/process.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
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 $O/process.o: list.h
+$O/process.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/process.o: process.h dapDB.h bapDB.h gapDB.h flat_sd.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
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+++ staden-src-1-7-0/src/copy_reads/dependencies	2009-02-23 02:27:43.000000000 +0100
@@ -1,37 +1,28 @@
 
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+# DO NOT DELETE
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-# DO NOT DELETE
+$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
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diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/eba/dependencies staden-src-1-7-0/src/eba/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/eba/dependencies	2005-08-26 10:24:31.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/eba/dependencies	2009-02-23 02:27:42.000000000 +0100
@@ -1,15 +1,8 @@
 
-$O/conf.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/conf.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
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-$O/conf.o: conf.h
 # DO NOT DELETE
-$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h conf.h
-$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
-$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/open_trace_file.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
-$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
+$O/conf.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/conf.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/conf.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/conf.o: conf.h
+$O/qual.o: conf.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/qual.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/find_renz/dependencies staden-src-1-7-0/src/find_renz/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/find_renz/dependencies	2005-08-26 10:24:31.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/find_renz/dependencies	2009-02-23 02:27:43.000000000 +0100
@@ -1,8 +1,8 @@
 
 # DO NOT DELETE
 $O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
+$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
 $O/find_renz.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
+$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/g/dependencies staden-src-1-7-0/src/g/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/g/dependencies	2005-08-26 10:24:31.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/g/dependencies	2009-02-23 02:27:37.000000000 +0100
@@ -1,37 +1,33 @@
 
 # DO NOT DELETE
-$O/freetree.o: freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-os.h
 $O/freetree.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/freetree.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/freetree.o: freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-os.h
+$O/g-connect.o: g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/g-connect.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/g-connect.o: g-connect.h g-struct.h freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/g-connect.o: g-defs.h g-db.h
 $O/g-connect.o: g-os.h
-$O/g-connect.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h g-defs.h g-db.h
-$O/g-connect.o: g-filedefs.h
-$O/g-connect.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/g-db.o: g-defs.h g-files.h g-io.h g-request.h
 $O/g-db.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-db.h g-struct.h freetree.h g-error.h g-os.h
 $O/g-db.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/g-db.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/g-db.o: g-filedefs.h
+$O/g-db.o: g-filedefs.h g-defs.h g-files.h g-io.h g-request.h
 $O/g-error.o: g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-misc.h
-$O/g-files.o: g-struct.h g-filedefs.h g-io.h g-db.h g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h freetree.h g-error.h g-os.h
 $O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
 $O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/g-files.o: g-files.h
-$O/g-io.o: g-struct.h freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-os.h
-$O/g-io.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h g-io.h
+$O/g-files.o: g-files.h g-struct.h g-filedefs.h g-io.h g-db.h g-defs.h
 $O/g-io.o: g-files.h
 $O/g-io.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/g-io.o: g-filedefs.h
-$O/g-request.o: g-struct.h g-filedefs.h g-files.h g-defs.h g-db.h g-misc.h
-$O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/g-io.o: g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h g-io.h
+$O/g-io.o: g-struct.h freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-os.h
 $O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h freetree.h g-error.h g-os.h
 $O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
 $O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/g-request.o: g-request.h
-$O/g-struct.o: g-struct.h g-filedefs.h g-io.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/g-request.o: g-misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/g-request.o: g-request.h g-struct.h g-filedefs.h g-files.h g-defs.h g-db.h
 $O/g-struct.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h freetree.h g-error.h g-os.h
 $O/g-struct.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
 $O/g-struct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/g-struct.o: g-files.h
+$O/g-struct.o: g-files.h g-struct.h g-filedefs.h g-io.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/gap4/Makefile staden-src-1-7-0/src/gap4/Makefile
--- staden-src-1-7-0.ori/src/gap4/Makefile	2005-08-25 12:20:49.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/gap4/Makefile	2009-02-23 03:33:34.000000000 +0100
@@ -165,6 +165,9 @@
 	$(P3_LIB)
 
 GAP4SH_LIBS=\
+	$(ZLIB_LIB) \
+	$(PNG_LIB) \
+	$(CURL_LIB) \
 	$(IOLIB_LIB) \
 	$(G_LIB) \
 	$(SEQUTILS_LIB) \
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/gap4/dependencies staden-src-1-7-0/src/gap4/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/gap4/dependencies	2006-07-05 17:46:15.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/gap4/dependencies	2009-02-23 02:27:41.000000000 +0100
@@ -1,1796 +1,1418 @@
 
-$O/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/actf.o: io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h actf.h
+# DO NOT DELETE
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h notes.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h gap-init.h gap-dbstruct.h gap-create.h gap-io.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/IO.o: edStructs.h fort.h tkEditor.h
+$O/IO.o: gap-error.h IO.h io_handle.h io_utils.h actf.h edUtils.h qual.h
+$O/IO.o: undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/IO2.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
+$O/IO2.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/IO2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/IO2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
+$O/IO2.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/IO2.o: clones.h
+$O/IO2.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/IO2.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
+$O/IO2.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/IO2.o: fort.h tkEditor.h
+$O/IO2.o: IO2.h tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/IO2.o: io_handle.h
+$O/IO2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/IO2.o: contig_selector.h cs-object.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
+$O/IO2.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/IO2.o: io_utils.h
+$O/IO2.o: seqInfo.h notes.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/IO2.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap-create.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
+$O/IO2.o: undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
+$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/IO3.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
+$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
+$O/IO3.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/IO3.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
+$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/IO3.o: edUtils.h qual.h
+$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/IO3.o: edStructs.h fort.h tkEditor.h
+$O/IO3.o: gap-error.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
+$O/IO3.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/IO3.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/IO3.o: undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
 $O/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
+$O/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h actf.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
 $O/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/actf.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/actf.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/actf.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
 $O/actf.o: fort.h
 $O/actf.o: io_utils.h
-$O/active_tags.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h tkEditor.h
-$O/active_tags.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/active_tags.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/actf.o: io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
 $O/active_tags.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/active_tags.o: tagdb.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h contigEditor.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h fort.h
-$O/active_tags.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
+$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/active_tags.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/active_tags.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
-$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/active_tags.o: tagdb.h
+$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/active_tags.o: io_handle.h contigEditor.h
+$O/active_tags.o: fort.h edStructs.h
 $O/active_tags.o: list_proc.h io_utils.h
-$O/alter_rel.o: dis_readings.h
-$O/alter_rel.o: gap-error.h fort.h tagUtils.h edStructs.h tkEditor.h
-$O/alter_rel.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/alter_rel.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
+$O/active_tags.o: qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/active_tags.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/active_tags.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/active_tags.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
 $O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/alter_rel.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
 $O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
 $O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/alter_rel.o: gap-error.h fort.h tagUtils.h edStructs.h
 $O/alter_rel.o: io-reg.h alter_rel.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/alter_rel.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/assemble_direct.o: assemble_direct.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/assemble_direct.o: consen.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/assemble_direct.o: fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/assemble_direct.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h list_proc.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
+$O/alter_rel.o: IO.h
+$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/alter_rel.o: io_handle.h
+$O/alter_rel.o: dis_readings.h
+$O/alter_rel.o: io_utils.h
+$O/alter_rel.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/alter_rel.o: tkEditor.h
+$O/alter_rel.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
 $O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
-$O/assemble_direct.o: primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/assemble_direct.o: qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seqInfo.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h clones.h notes.h dis_readings.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_utils.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
+$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h list_proc.h
+$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h
 $O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h IO2.h tagUtils.h edStructs.h
 $O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h
+$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
+$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
 $O/assemble_direct.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
 $O/assemble_direct.o: gap-dbstruct.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/auto_assemble.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h fort.h complement.h
-$O/auto_assemble.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/assemble_direct.o: io_utils.h
+$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/assemble_direct.o: assemble_direct.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/assemble_direct.o: dis_readings.h
+$O/assemble_direct.o: fort.h tkEditor.h
+$O/assemble_direct.o: fortran.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h clones.h notes.h
+$O/assemble_direct.o: primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/assemble_direct.o: seqInfo.h consen.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/assemble_direct.o: template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
 $O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h
+$O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
 $O/auto_assemble.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
 $O/auto_assemble.o: list_proc.h io_utils.h
 $O/auto_assemble.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
 $O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/break_contig.o: gap-dbstruct.h
-$O/break_contig.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/break_contig.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/break_contig.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/break_contig.o: io-reg.h fort.h dis_readings.h
+$O/auto_assemble.o: io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/auto_assemble.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/auto_assemble.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h fort.h complement.h
 $O/break_contig.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
 $O/break_contig.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/break_contig.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/break_contig.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
+$O/break_contig.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/break_contig.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/break_contig.o: io-reg.h fort.h dis_readings.h
+$O/break_contig.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/break_contig.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/break_contig.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/break_contig.o: gap-dbstruct.h
 $O/bubbl3.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/check_assembly.o: contigEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/check_assembly.o: contig_selector.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/check_assembly.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/check_assembly.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/check_assembly.o: io-reg.h cs-object.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/check_assembly.o: list.h undo.h edUtils.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
 $O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
 $O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/check_assembly.o: qual.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
+$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h contig_selector.h
 $O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h fort.h edStructs.h tkEditor.h
-$O/check_assembly.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
 $O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
+$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h consen.h
-$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
+$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
+$O/check_assembly.o: fort.h
+$O/check_assembly.o: qual.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
+$O/check_assembly.o: contigEditor.h
+$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
 $O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
 $O/check_assembly.o: gap-dbstruct.h
-$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/clip.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/clip.o: io_handle.h io_utils.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h dis_readings.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h qual.h
+$O/check_assembly.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/check_assembly.o: edStructs.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/check_assembly.o: io-reg.h cs-object.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/check_assembly.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/check_assembly.o: list.h undo.h edUtils.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
+$O/clip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/clip.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
+$O/clip.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
+$O/clip.o: qual.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h tagUtils.h
+$O/clip.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/clip.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
+$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h clip.h IO.h
 $O/clip.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h clip.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
-$O/clip.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/clones.o: clones.h notes.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/clones.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
-$O/clones.o: gap-dbstruct.h
-$O/clones.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/clones.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/clones.o: io_handle.h io_utils.h
-$O/clones.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/clones.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/clones.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/clones.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/clones.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/clones.o: tagDefs.h fortran.h
-$O/clones.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/clones.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/clones.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
-$O/clones.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/clip.o: edStructs.h fort.h tkEditor.h
+$O/clip.o: gap-dbstruct.h
+$O/clip.o: gap_globals.h
+$O/clip.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/clip.o: io_utils.h
+$O/clip.o: tagDefs.h fortran.h dis_readings.h
+$O/clip.o: undo.h edUtils.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
+$O/clones.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/clones.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/clones.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
+$O/clones.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
 $O/clones.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/clones.o: undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/clones.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
-$O/clones.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h tagUtils.h
-$O/clones.o: gap-defaults.h
-$O/complement.o: complement.h gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h io-reg.h
-$O/complement.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/complement.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/complement.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/complement.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/complement.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/complement.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/complement.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
+$O/clones.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/clones.o: io_handle.h
+$O/clones.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/clones.o: fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/clones.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/clones.o: gap-defaults.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/clones.o: io_utils.h
+$O/clones.o: seqInfo.h clones.h notes.h
+$O/clones.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/clones.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/complement.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
 $O/complement.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h list_proc.h
 $O/complement.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/complement.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
+$O/complement.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/complement.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/complement.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/complement.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/complement.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/complement.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/complement.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h fort.h tagUtils.h edStructs.h
-$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
 $O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
+$O/complement.o: IO.h
+$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h fort.h tagUtils.h
 $O/complement.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
 $O/complement.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h IO.h
-$O/confidence_graph.o: confidence_graph.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
-$O/confidence_graph.o: consistency_display.h ruler_display.h
+$O/complement.o: complement.h gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h io-reg.h
+$O/complement.o: edStructs.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/complement.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/complement.o: io_utils.h
+$O/complement.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
+$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
 $O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
 $O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/confidence_graph.o: newgap_cmds.h list.h gap_globals.h
-$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
 $O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
 $O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h consen.h qual.h
 $O/confidence_graph.o: io-reg.h
 $O/confidence_graph.o: gap_canvas_box.h
 $O/confidence_graph.o: gap-dbstruct.h
-$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
 $O/confidence_graph.o: IO.h
-$O/consen.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/consen.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/consen.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/consen.o: io_handle.h fort.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h edUtils.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/consen.o: io_utils.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/consen.o: list_proc.h extract.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/confidence_graph.o: confidence_graph.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
+$O/confidence_graph.o: consistency_display.h ruler_display.h
+$O/confidence_graph.o: newgap_cmds.h list.h gap_globals.h
+$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h edUtils.h qual.h edStructs.h
+$O/consen.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/consen.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
 $O/consen.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
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-$O/consen.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
 $O/consen.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h consen.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
-$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/consen.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/consen.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/consen.o: io_utils.h IO.h
+$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/consen.o: io_handle.h fort.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
+$O/consen.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
+$O/consen.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/consen.o: list_proc.h extract.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
+$O/consen.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/consen.o: tkEditor.h
 $O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io-reg.h
+$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
 $O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
 $O/consistency_canvas_box.o: consistency_display.h
+$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
 $O/consistency_canvas_box.o: gap-dbstruct.h
 $O/consistency_canvas_box.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
 $O/consistency_canvas_box.o: gap_canvas_box.h
-$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/consistency_display.o: consistency_canvas_box.h consistency_display.h
-$O/consistency_display.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/consistency_display.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/consistency_canvas_box.o: io-reg.h
+$O/consistency_canvas_box.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/consistency_canvas_box.o: io_utils.h
 $O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
 $O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/consistency_display.o: ruler_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h
-$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/consistency_display.o: template_display.h hash.h list.h template.h
-$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
 $O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
 $O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h gap_globals.h
+$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/consistency_display.o: gap_canvas_box.h
-$O/contigEditor.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/contigEditor.o: io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/contigEditor.o: list_proc.h
+$O/consistency_display.o: consistency_canvas_box.h consistency_display.h
+$O/consistency_display.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/consistency_display.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/consistency_display.o: ruler_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h
+$O/consistency_display.o: template_display.h hash.h list.h template.h
 $O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/locks.h gap_cli_arg.h gap_globals.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
 $O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/contigEditor.o: qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h $(SRCROOT)/Misc/locks.h
 $O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h select.h tman_interface.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
-$O/contigEditor.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/contigEditor.o: io-reg.h
 $O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/contigEditor.o: fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/contig_order.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
-$O/contig_order.o: SeqQueueTypes.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h IO.h
-$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h QueueInterface.h
-$O/contig_order.o: template.h list.h io-reg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/contigEditor.o: fort.h tkEditor.h
+$O/contigEditor.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/contigEditor.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/contigEditor.o: gap_cli_arg.h gap_globals.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/contigEditor.o: io_utils.h
+$O/contigEditor.o: list_proc.h
+$O/contigEditor.o: qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/contigEditor.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/contigEditor.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
+$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
 $O/contig_order.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/contig_selector.o: active_tags.h template_display.h hash.h ruler_display.h
-$O/contig_selector.o: contigEditor.h fort.h edStructs.h tkEditor.h
-$O/contig_selector.o: cs-object.h newgap_cmds.h list.h gap_globals.h
-$O/contig_selector.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
-$O/contig_selector.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/contig_order.o: QueueInterface.h SeqQueueTypes.h
+$O/contig_order.o: template.h list.h io-reg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h io-reg.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/contig_selector.o: template.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/contig_selector.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h tagdb.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h contig_selector.h complement.h
+$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
 $O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
+$O/contig_selector.o: io-reg.h cs-object.h newgap_cmds.h
 $O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
 $O/contig_selector.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/copy_db_main.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/contig_selector.o: active_tags.h template_display.h hash.h ruler_display.h
+$O/contig_selector.o: contig_selector.h complement.h contigEditor.h fort.h
+$O/contig_selector.o: edStructs.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/contig_selector.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/contig_selector.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/contig_selector.o: list.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/contig_selector.o: template.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h
+$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h copy_db.h
+$O/copy_db.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/copy_db.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/copy_db.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
 $O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h gap-create.h
-$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
+$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
 $O/copy_db_main.o: copy_db.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h copy_db.h
-$O/copy_db.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/cs-object.o: cs-object.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/cs-object.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/cs-object.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/copy_db_main.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
 $O/cs-object.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
-$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h contig_selector.h
+$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
 $O/cs-object.o: io-reg.h newgap_cmds.h
 $O/cs-object.o: tk-io-reg.h
-$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h list.h
-$O/dbcheck.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h cs-object.h
+$O/cs-object.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/cs-object.o: list.h gap_globals.h
+$O/cs-object.o: contig_selector.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
+$O/cs-object.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h gap-error.h dbcheck.h
-$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/dbcheck.o: gap-error.h dbcheck.h gap_globals.h
 $O/dbcheck.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/dbcheck.o: fortran.h fort.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/dbcheck.o: fortran.h
 $O/dbcheck.o: io_utils.h
-$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/dis_readings.o: edStructs.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/dis_readings.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/dis_readings.o: IO2.h fort.h list_proc.h dis_readings.h tagUtils.h
-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
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+$O/dbcheck.o: io_handle.h
+$O/dbcheck.o: fort.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
 $O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
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-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/dis_readings.o: qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
 $O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
-$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/dis_readings.o: IO.h
+$O/dis_readings.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/dis_readings.o: IO2.h fort.h list_proc.h dis_readings.h tagUtils.h
+$O/dis_readings.o: edStructs.h tkEditor.h
+$O/dis_readings.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
+$O/dis_readings.o: notes.h dbcheck.h
+$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/do_fij.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
 $O/do_fij.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/do_fij.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h consen.h hash_lib.h
-$O/do_fij.o: fij.h io_utils.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-# DO NOT DELETE
-$O/dstrand.o: complement.h
-$O/dstrand.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
+$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/do_fij.o: fij.h io_utils.h IO.h
+$O/do_fij.o: io_handle.h consen.h hash_lib.h
 $O/dstrand.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
+$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
 $O/dstrand.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h qual.h edUtils.h
-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/dstrand.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h dstrand.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h IO2.h
-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
-$O/dstrand.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/dstrand.o: undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/dstrand.o: io_utils.h
 $O/dstrand.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
 $O/dstrand.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/dstrand.o: io_utils.h
-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/edCommands.o: gap-dbstruct.h
-$O/edCommands.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/edCommands.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/edCommands.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/dstrand.o: io_handle.h qual.h edUtils.h
+$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/dstrand.o: complement.h
+$O/dstrand.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
+$O/dstrand.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/dstrand.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/dstrand.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/edCommands.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/edCommands.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h select.h tman_interface.h
-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEditor.h
-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/edCommands.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
-$O/edCommands.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
+$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
 $O/edCommands.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/edCommands.o: fort.h
 $O/edCommands.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
-$O/edCommands.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/edCommands.o: fort.h io_utils.h
-$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/edExtend.o: gap-dbstruct.h
+$O/edCommands.o: edStructs.h
+$O/edCommands.o: io_handle.h tkEditor.h
+$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/edCommands.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/edCommands.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/edCommands.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/edCommands.o: io_utils.h
+$O/edCommands.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/edCommands.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
 $O/edExtend.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/edExtend.o: io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
 $O/edExtend.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/edExtend.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
 $O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h select.h extend.h
-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/edExtend.o: IO.h
-$O/edExtend.o: edStructs.h
-$O/edExtend.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/edInterface.o: extend.h active_tags.h tagdb.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/edInterface.o: fort.h io_utils.h
-$O/edInterface.o: gap-dbstruct.h
-$O/edInterface.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/edInterface.o: hash.h ruler_display.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/edInterface.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/edExtend.o: edUtils.h
+$O/edExtend.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h
+$O/edExtend.o: io_handle.h tkEditor.h
+$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/edExtend.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/edExtend.o: io_utils.h
+$O/edExtend.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/edExtend.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/edExtend.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/edInterface.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/edInterface.o: qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/edInterface.o: qualIO.h notes.h tman_interface.h
-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEditor.h
-$O/edInterface.o: template_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/edInterface.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h
-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/edInterface.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h extend.h active_tags.h
+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
 $O/edInterface.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/edInterface.o: hash.h ruler_display.h
 $O/edInterface.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
 $O/edInterface.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/edInterface.o: edUtils.h
-$O/edMutations.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h
-$O/edMutations.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/edMutations.o: io_utils.h
-$O/edMutations.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/edInterface.o: fort.h io_utils.h
+$O/edInterface.o: io_handle.h tkEditor.h
+$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/edInterface.o: edUtils.h qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/edInterface.o: gap-dbstruct.h
+$O/edInterface.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/edInterface.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h qualIO.h notes.h
+$O/edInterface.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/edInterface.o: tagdb.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h template_display.h
+$O/edInterface.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/edInterface.o: tman_interface.h
 $O/edMutations.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h edUtils.h qual.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/edMutations.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
+$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
+$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h tman_interface.h
+$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/edMutations.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/edMutations.o: tman_interface.h
+$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/edMutations.o: parse_ft.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
-$O/edMutations.o: gap-dbstruct.h
 $O/edMutations.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/edUtils2.o: active_tags.h tagdb.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/edUtils2.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/edUtils2.o: io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
+$O/edMutations.o: edUtils.h
+$O/edMutations.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/edMutations.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/edMutations.o: io_utils.h
+$O/edMutations.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/edMutations.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/edMutations.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/edMutations.o: tkEditor.h
 $O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h tman_interface.h $(SRCROOT)/Misc/locks.h IO2.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
-$O/edUtils2.o: notes.h
+$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h edUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/edUtils2.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
 $O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h select.h extend.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/edUtils2.o: IO.h
+$O/edUtils2.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/edUtils2.o: gap-dbstruct.h
-$O/edUtils2.o: qual.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h edUtils.h edStructs.h
-$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/extract.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/extract.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/extract.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/extract.o: io_handle.h io_utils.h fort.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h edUtils.h qual.h
-$O/extract.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/extract.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/extract.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
+$O/edUtils2.o: fort.h io_utils.h
+$O/edUtils2.o: io_handle.h tkEditor.h
+$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/edUtils2.o: active_tags.h tagdb.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/edUtils2.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/edUtils2.o: notes.h
+$O/edUtils2.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/edUtils2.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/extract.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h edUtils.h qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/extract.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/extract.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
 $O/extract.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
-$O/extract.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/extract.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
-$O/extract.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
 $O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h extract.h
-$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h notes.h
-$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/extract.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/extract.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/f2c.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/f2c.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/extract.o: io_handle.h io_utils.h fort.h
+$O/extract.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/extract.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/extract.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/extract.o: tkEditor.h
 $O/f2c.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h f2c.h
-$O/fij.o: consen.h hash_lib.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h io-reg.h
-$O/fij.o: contig_selector.h cs-object.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/fij.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/fij.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/fij.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/fij.o: io_handle.h fort.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h fij.h
-$O/fij.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/fij.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/fij.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
+$O/f2c.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/f2c.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/fij.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/fij.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h complement.h
-$O/fij.o: newgap_cmds.h list.h contigEditor.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/fij.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h
+$O/fij.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/fij.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h fort.h gap_globals.h
 $O/fij.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/fij.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
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+$O/fij.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h io-reg.h contig_selector.h cs-object.h
+$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
+$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
 $O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
+$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h fij.h consen.h hash_lib.h
 $O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
-$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
+$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
+$O/fij.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
 $O/fij.o: IO.h
+$O/fij.o: newgap_cmds.h list.h contigEditor.h
+$O/fij.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h undo.h
 $O/fij.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/fij.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
-$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/find_fragments.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/fij.o: io_utils.h
+$O/fij.o: complement.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
+$O/fij.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/fij.o: edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/fij.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/fij.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
 $O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h find_fragments.h qual.h
-$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/find_fragments.o: gap-dbstruct.h
-$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/find_fragments.o: IO.h
-$O/find_oligo.o: contig_selector.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h contigEditor.h
-$O/find_oligo.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h
-$O/find_oligo.o: gap-dbstruct.h
-$O/find_oligo.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h cs-object.h
-$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/find_oligo.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/find_oligo.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
+$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/find_fragments.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/find_fragments.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/find_fragments.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/find_fragments.o: io_handle.h io_utils.h
 $O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
 $O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/find_oligo.o: ruler_display.h $(SRCROOT)/seq_utils/search_utils.h
+$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
-$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tagdb.h
-$O/find_oligo.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/find_oligo.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
+$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
 $O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h template_display.h hash.h
 $O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h complement.h
-$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
 $O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/find_oligo.o: tagUtils.h
+$O/find_oligo.o: fort.h tkEditor.h
 $O/find_oligo.o: io_utils.h
 $O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
 $O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/find_oligo.o: tagUtils.h
-$O/find_repeats.o: complement.h contigEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/find_repeats.o: consen.h gap_hash.h
-$O/find_repeats.o: contig_selector.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
+$O/find_oligo.o: io_handle.h
+$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/find_oligo.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/find_oligo.o: contig_selector.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h contigEditor.h
+$O/find_oligo.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/find_oligo.o: gap-dbstruct.h
+$O/find_oligo.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h cs-object.h
+$O/find_oligo.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
+$O/find_oligo.o: ruler_display.h $(SRCROOT)/seq_utils/search_utils.h
+$O/find_oligo.o: tagdb.h
+$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
+$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
+$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h find_repeats.h consen.h gap_hash.h
+$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/find_repeats.o: edStructs.h
+$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/find_repeats.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/find_repeats.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/find_repeats.o: cs-object.h io-reg.h contig_selector.h
+$O/find_repeats.o: fort.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h complement.h contigEditor.h
 $O/find_repeats.o: gap-dbstruct.h
 $O/find_repeats.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/find_repeats.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/find_repeats.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h cs-object.h io-reg.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h edStructs.h tkEditor.h
+$O/find_repeats.o: qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
 $O/find_repeats.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h find_repeats.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h fort.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
-$O/gap_array.o: active_tags.h tagdb.h
-$O/gap_array.o: gap_array.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/gap_array.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/gap_array.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/gap_array.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/gap_array.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/gap_canvas_box.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
-$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io-reg.h
-$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/gap_canvas_box.o: gap-dbstruct.h
-$O/gap_canvas_box.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/gap_cli_arg.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
-$O/gap_cli_arg.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
-$O/gap_cli_arg.o: io_utils.h
-$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/gap_cli_arg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/gap-create.o: gap-dbstruct.h gap-init.h gap-io.h gap-defaults.h
-$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/g/g-misc.h gap-error.h gap-if.h
-$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-io.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-create.h
-$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
+$O/find_repeats.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/find_repeats.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-create.h gap-dbstruct.h
+$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-io.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-misc.h gap-error.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
 $O/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/gap-dbstruct.o: gap-dbstruct.h
+$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/gap-create.o: gap-init.h gap-io.h gap-defaults.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
+$O/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h gap-dbstruct.h
 $O/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
 $O/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/gap-error.o: gap-error.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h stack_dump.h
-$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/gap_globals.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
-$O/gap_globals.o: io_utils.h
-$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h hash_lib.h notedb.h
-$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h consen.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
-$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
-$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/read_matrix.h gap_globals.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
-$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/gap_globals.o: fort.h
-$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/gap_hash.o: gap-dbstruct.h
-$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/gap_hash.o: io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
-$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h gap_hash.h hash_lib.h
-$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/gap_hash.o: io_utils.h IO.h
-$O/gap_hash.o: fort.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/gap-if.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-local.h gap-remote.h gap-init.h
-$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h gap-error.h
+$O/gap-error.o: stack_dump.h
+$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-local.h gap-remote.h
+$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
 $O/gap-if.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/gap-if.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/gap-if.o: gap-init.h
 $O/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-io.h
-$O/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
 $O/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
 $O/gap-init.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/gap-init.o: gap-init.h gap-if.h
-$O/gap-io.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-error.h gap-if.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/gap-io.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/gap-init.o: gap-init.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
 $O/gap-io.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/gap-local.o: gap-local.h gap-if.h gap-dbstruct.h
+$O/gap-io.o: gap-error.h gap-if.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
 $O/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/g/g-connect.h $(SRCROOT)/g/g-db.h
-$O/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-request.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-request.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
 $O/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/gap-remote.o: gap-dbstruct.h
-$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-db.h gap-remote.h gap-if.h
+$O/gap-local.o: gap-local.h gap-if.h gap-dbstruct.h
 $O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/g/g-connect.h
-$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-request.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-db.h gap-remote.h
+$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-request.h
 $O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/gap-tcl.o: clones.h seqInfo.h gap-tcl.h
+$O/gap-remote.o: gap-dbstruct.h
+$O/gap-remote.o: gap-if.h
+$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h clones.h seqInfo.h gap-tcl.h
+$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
+$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
+$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
+$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h IO.h
+$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/gap-tcl.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
-$O/gap-tcl.o: gap-dbstruct.h
+$O/gap-tcl.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
 $O/gap-tcl.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h gap-error.h tagUtils.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/gap-tcl.o: io_utils.h
 $O/gap-tcl.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/gap-tcl.o: undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/hash_lib.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
-$O/hash_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/hash_lib.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h hash_lib.h
+$O/gap-tcl.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/gap_array.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/gap_array.o: active_tags.h tagdb.h
+$O/gap_array.o: gap_array.h
+$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
+$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
+$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/gap_canvas_box.o: gap-dbstruct.h
+$O/gap_canvas_box.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/gap_canvas_box.o: io-reg.h
+$O/gap_canvas_box.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
+$O/gap_cli_arg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h io_utils.h
+$O/gap_cli_arg.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/gap_cli_arg.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
+$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
+$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
+$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h hash_lib.h notedb.h
+$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h consen.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
+$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/seq_utils/read_matrix.h
+$O/gap_globals.o: fort.h
+$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/gap_globals.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/gap_globals.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/gap_globals.o: io_utils.h
+$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
+$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/gap_hash.o: io_utils.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/gap_hash.o: fort.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/gap_hash.o: io_handle.h
+$O/gap_hash.o: gap_hash.h hash_lib.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
+$O/hash.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/hash.o: hash.h
 $O/hash_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/hash_lib.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h hash_lib.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
 $O/hash_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/hash.o: hash.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/init.o: active_tags.h tagdb.h
-$O/init.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h edStructs.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
+$O/hash_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/init.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
 $O/init.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h io-reg.h primlib.h
-$O/init.o: newgap_cmds.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h gap-tcl.h
+$O/init.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
 $O/init.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/init.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/init.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
 $O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h contigEditor.h fort.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
+$O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
+$O/init.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/init.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
 $O/init.o: gap-error.h
+$O/init.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
 $O/init.o: io_utils.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/IO2.o: cs-object.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/IO2.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf_extras.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h contig_selector.h
-$O/IO2.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap-create.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
-$O/IO2.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
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-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
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-$O/IO2.o: IO2.h tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/IO2.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/IO3.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/IO3.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/IO3.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/IO3.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/IO3.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/IO3.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/IO3.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
-$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/IO3.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h
-$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
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-$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
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+$O/init.o: tkEditor.h
+$O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/init.o: active_tags.h tagdb.h
+$O/init.o: io_handle.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/init.o: newgap_cmds.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h gap-tcl.h
+$O/init.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/io-reg.o: io-reg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/io-reg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/io-reg.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/io-reg.o: gap-dbstruct.h
+$O/io-reg.o: tk-io-reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/io_handle.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/io_handle.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h edUtils.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/io_handle.o: qual.h edStructs.h fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
 $O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
-$O/io_handle.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
+$O/io_handle.o: edUtils.h qual.h edStructs.h fort.h
 $O/io_handle.o: IO.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/IO.o: edUtils.h qual.h edStructs.h fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/IO.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/IO.o: gap-create.h gap-io.h gap-error.h IO.h io_handle.h io_utils.h actf.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h gap-init.h gap-dbstruct.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/g/g-error.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/IO.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h notes.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
-$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/io-reg.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h tk-io-reg.h
-$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/io-reg.o: io-reg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/io-reg.o: IO.h
-$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/io_handle.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/io_handle.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/io_handle.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/io_handle.o: tkEditor.h
 $O/io_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/io_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
-$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
 $O/io_utils.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
 $O/io_utils.o: io_utils.h
 $O/io_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/join.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/join.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/join.o: gap-dbstruct.h
+$O/io_utils.o: io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/io_utils.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/join.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/join.o: IO2.h contigEditor.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/join.o: io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/join.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
 $O/join.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h hash_lib.h notes.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/join.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h IO2.h
+$O/join.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/join.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/join.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
 $O/join.o: IO.h
-$O/join.o: edStructs.h
-$O/join.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
+$O/join.o: fort.h
+$O/join.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
+$O/join.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/join.o: io_handle.h
+$O/join.o: contigEditor.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/join.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/join.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/join.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/join.o: io_utils.h
+$O/join.o: tkEditor.h
+$O/join.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/join.o: undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
 $O/list.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/list.o: list.h
-$O/list_proc.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/list_proc.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h newgap_cmds.h
-$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h newgap_cmds.h
+$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
 $O/list_proc.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/list_proc.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/list_proc.o: gap-dbstruct.h
+$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
+$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/list_proc.o: io_utils.h
-$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h list.h
-$O/mess.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/mess.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/list_proc.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/list_proc.o: list.h gap_globals.h
+$O/list_proc.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/mess.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h newgap_cmds.h
+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/locks.h
+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/read_matrix.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h quality_plot.h restriction_enzymes.h
+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
 $O/newgap_cmds.o: break_contig.h readpair.h tk-io-reg.h cs-object.h complement.h
 $O/newgap_cmds.o: check_assembly.h probe.h find_oligo.h show_relationships.h
 $O/newgap_cmds.o: consistency_display.h confidence_graph.h gap-create.h
 $O/newgap_cmds.o: contig_order.h clip.h notes.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
 $O/newgap_cmds.o: dbcheck.h alter_rel.h dstrand.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
 $O/newgap_cmds.o: extract.h preass.h copy_db.h oligo_sel.h contig_selector.h
+$O/newgap_cmds.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
 $O/newgap_cmds.o: gap_array.h fij.h consen.h hash_lib.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
 $O/newgap_cmds.o: gap_canvas_box.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/newgap_cmds.o: gap_globals.h template_display.h hash.h active_tags.h tagdb.h
-$O/newgap_cmds.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
 $O/newgap_cmds.o: io-reg.h ruler_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h qual.h
-$O/newgap_cmds.o: list.h undo.h edUtils.h tman_display.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h newgap_cmds.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/newgap_cmds.o: io_utils.h
 $O/newgap_cmds.o: plot_quality.h auto_assemble.h dis_readings.h find_repeats.h
 $O/newgap_cmds.o: qualIO.h gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h newgap_structs.h
 $O/newgap_cmds.o: reactions.h list_proc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/newgap_cmds.o: readpair_coverage.h reading_coverage.h strand_coverage.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/locks.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/read_matrix.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
 $O/newgap_cmds.o: shuffle_pads.h
 $O/newgap_cmds.o: stop_codon.h assemble_direct.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
 $O/newgap_cmds.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
 $O/newgap_cmds.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h quality_plot.h restriction_enzymes.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/notedb.o: notedb.h
+$O/newgap_cmds.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/parse_db.h
-$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/notes.o: gap_cli_arg.h notes.h
-$O/notes.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/notes.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/notes.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/notes.o: io_handle.h io_utils.h
-$O/notes.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/notes.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/notes.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/notes.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/notes.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
-$O/notes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/notes.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/notes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
+$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/parse_db.h notedb.h
+$O/notes.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h gap_globals.h
+$O/notes.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/notes.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
+$O/notes.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
+$O/notes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h gap_cli_arg.h
 $O/notes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/notes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/notes.o: undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
 $O/notes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
 $O/notes.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/notes.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
-$O/notes.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/notes.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/notes.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
+$O/notes.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/notes.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/notes.o: notes.h
+$O/notes.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
+$O/notes.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/notes.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/oligo.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
 $O/oligo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/oligo.o: oligo.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/reg_exp.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/oligo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/oligo.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEditor.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
 $O/oligo.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/oligo.o: edStructs.h
 $O/oligo.o: fort.h io_utils.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/oligo_sel.o: dstrand.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
-$O/oligo_sel.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
-$O/oligo_sel.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/oligo.o: edStructs.h
+$O/oligo.o: io_handle.h tkEditor.h
+$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/oligo.o: oligo.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/reg_exp.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/oligo.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/oligo.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
 $O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/oligo_sel.o: list.h undo.h edUtils.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/oligo_sel.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h qual.h tagUtils.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/oligo_sel.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h oligo_sel.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h oligo_sel.h dstrand.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
 $O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/oligo_sel.o: IO.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/oligo_sel.o: io_handle.h qual.h tagUtils.h
+$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/oligo_sel.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
 $O/oligo_sel.o: list_proc.h io_utils.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/parse_ft.o: parse_ft.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/parse_ft.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
+$O/oligo_sel.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/oligo_sel.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/parse_ft.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/preass.o: clones.h dbcheck.h
-$O/preass.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/preass.o: io_handle.h io_utils.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf_extras.h preass.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
+$O/parse_ft.o: parse_ft.h
+$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
+$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/preass.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/preass.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/preass.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/preass.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/preass.o: tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
 $O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
-$O/preass.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h IO.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/primlib.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/primlib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/preass.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/preass.o: preass.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h clones.h dbcheck.h
+$O/preass.o: seqInfo.h tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
+$O/preass.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/preass.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/primlib.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
-$O/primlib.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/primlib.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/probe.o: gap-dbstruct.h
-$O/probe.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
-$O/probe.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/probe.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/probe.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/primlib.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/primlib.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h primlib.h
+$O/primlib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/primlib.o: gap_globals.h
 $O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/probe.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
-$O/probe.o: primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/probe.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seqInfo.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/probe.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/probe.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/probe.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/probe.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/probe.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/probe.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h fort.h primlib.h
 $O/probe.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h assemble_direct.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
-$O/probe.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h fort.h
+$O/probe.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seqInfo.h
 $O/probe.o: gap_globals.h
-$O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/probe.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/probe.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
 $O/probe.o: probe.h
-$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/qualIO.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/probe.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/probe.o: gap-dbstruct.h
+$O/probe.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/qual.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h gap_globals.h
+$O/qual.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/qual.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/qual.o: qualP.h
 $O/qualIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
+$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/qualIO.o: IO2.h qual.h qualP.h
-$O/qualIO.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/quality_plot.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/quality_plot.o: list.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h qual.h
-$O/quality_plot.o: quality_plot.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h fort.h
-$O/quality_plot.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/quality_plot.o: template_display.h hash.h template.h ruler_display.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/quality_plot.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h IO.h
+$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/qualIO.o: gap-dbstruct.h
+$O/qualIO.o: gap_globals.h
+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h edUtils.h edStructs.h tkEditor.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/quality_plot.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h fort.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
+$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
+$O/quality_plot.o: qual.h quality_plot.h
 $O/quality_plot.o: io-reg.h
 $O/quality_plot.o: gap_canvas_box.h newgap_cmds.h
 $O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
 $O/quality_plot.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/qual.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/qual.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/qual.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/qual.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
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-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/quality_plot.o: edUtils.h edStructs.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/quality_plot.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/quality_plot.o: io_utils.h
+$O/quality_plot.o: list.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/quality_plot.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/quality_plot.o: template_display.h hash.h template.h ruler_display.h
+$O/quality_plot.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
 $O/reactions.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/reactions.o: list.h undo.h edUtils.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/reactions.o: qualP.h tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h tkEditor.h
-$O/reactions.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h fort.h qual.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/reactions.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
 $O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/reactions.o: IO.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
 $O/reactions.o: io_utils.h
-$O/reading_coverage.o: consen.h qual.h consistency_display.h
-$O/reading_coverage.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/reading_coverage.o: io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/reactions.o: io_handle.h fort.h qual.h qualP.h
+$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/reactions.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/reactions.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h tkEditor.h
+$O/reactions.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/reactions.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
 $O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h reading_coverage.h
-$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/reading_coverage.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h newgap_cmds.h
-$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
+$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
 $O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
 $O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
 $O/reading_coverage.o: template_display.h
 $O/reading_coverage.o: hash.h list.h template.h
 $O/reading_coverage.o: gap-dbstruct.h
-$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/readpair_coverage.o: consen.h qual.h consistency_display.h
-$O/readpair_coverage.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/readpair_coverage.o: io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/readpair_coverage.o: io_utils.h
-$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h reading_coverage.h readpair_coverage.h
-$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/readpair_coverage.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h newgap_cmds.h
-$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h
-$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/readpair_coverage.o: template_display.h
-$O/readpair_coverage.o: hash.h list.h template.h
-$O/readpair_coverage.o: gap-dbstruct.h
-$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/readpair.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h contigEditor.h edStructs.h
-$O/readpair.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/reading_coverage.o: io-reg.h IO.h
+$O/reading_coverage.o: consen.h qual.h consistency_display.h
+$O/reading_coverage.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/reading_coverage.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h newgap_cmds.h
 $O/readpair.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/readpair.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/readpair.o: io_handle.h io_utils.h fortran.h fort.h
-$O/readpair.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/readpair.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/readpair.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h io-reg.h cs-object.h contig_selector.h
-$O/readpair.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/readpair.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/readpair.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
+$O/readpair.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/readpair.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h undo.h edUtils.h qual.h
 $O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
 $O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h complement.h readpair.h
 $O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
-$O/readpair.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/readpair.o: undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
-$O/readpair.o: gap-dbstruct.h
-$O/readpair.o: newgap_cmds.h
-$O/readpair.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
+$O/readpair.o: list.h
+$O/readpair.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
 $O/readpair.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/readpair.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h list.h
 $O/readpair.o: IO.h
-$O/restriction_enzymes.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/restriction_enzymes.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/restriction_enzymes.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/restriction_enzymes.o: io_utils.h
-$O/restriction_enzymes.o: list_proc.h newgap_cmds.h gap_globals.h
+$O/readpair.o: fortran.h fort.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h io-reg.h
+$O/readpair.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/readpair.o: cs-object.h contig_selector.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
+$O/readpair.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/readpair.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h contigEditor.h edStructs.h
+$O/readpair.o: newgap_cmds.h
+$O/readpair.o: tagUtils.h tagDefs.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/readpair.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/readpair.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h reading_coverage.h readpair_coverage.h
+$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
+$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
+$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/readpair_coverage.o: template_display.h
+$O/readpair_coverage.o: hash.h list.h template.h
+$O/readpair_coverage.o: gap-dbstruct.h
+$O/readpair_coverage.o: io-reg.h
+$O/readpair_coverage.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/readpair_coverage.o: consen.h qual.h consistency_display.h
+$O/readpair_coverage.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/readpair_coverage.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h newgap_cmds.h
 $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
 $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h qual.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h edUtils.h tagUtils.h
+$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
 $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/restriction_enzymes.o: ruler_display.h restriction_enzymes.h
 $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
-$O/restriction_enzymes.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h
-$O/restriction_enzymes.o: template_display.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h hash.h list.h template.h
 $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
 $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
 $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/restriction_enzyme_map.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
-$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
+$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
 $O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
 $O/restriction_enzymes.o: gap_canvas_box.h
-$O/restriction_enzymes.o: io-reg.h
-$O/ruler_display.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/ruler_display.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h ruler_display.h
-$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
-$O/ruler_display.o: io_utils.h
-$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/ruler_display.o: template_display.h io-reg.h hash.h list.h template.h
-$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
+$O/restriction_enzymes.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/restriction_enzymes.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/restriction_enzymes.o: hash.h list.h template.h ruler_display.h
+$O/restriction_enzymes.o: io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/restriction_enzymes.o: list_proc.h newgap_cmds.h gap_globals.h
+$O/restriction_enzymes.o: restriction_enzymes.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
+$O/restriction_enzymes.o: template_display.h
+$O/restriction_enzymes.o: undo.h edUtils.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
+$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
+$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h
-$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
 $O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/searchUtils.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/searchUtils.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/searchUtils.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/reg_exp.h contigEditor.h active_tags.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/ruler_display.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/ruler_display.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h ruler_display.h
+$O/ruler_display.o: template_display.h io-reg.h hash.h list.h template.h
+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/reg_exp.h contigEditor.h active_tags.h tagdb.h
+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/search_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/searchUtils.o: tagdb.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h tman_interface.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEditor.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/searchUtils.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h select.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/searchUtils.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h select.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h tman_interface.h
+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
 $O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
-$O/searchUtils.o: qual.h
-$O/searchUtils.o: edUtils.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/traceType.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
+$O/searchUtils.o: edUtils.h edStructs.h
+$O/searchUtils.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/searchUtils.o: io_handle.h tkEditor.h
+$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/searchUtils.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/searchUtils.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/searchUtils.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
+$O/seqInfo.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
 $O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h IO.h
+$O/seqInfo.o: io_handle.h
+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/seqInfo.o: io_utils.h
 $O/seqInfo.o: parse_ft.h tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
-$O/seqInfo.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf_extras.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/seqInfo.o: tagDefs.h fortran.h tagdb.h $(SRCROOT)/io_lib/include/open_trace_file.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/seqInfo.o: tagdb.h
 $O/seqInfo.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/seqInfo.o: undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/show_relationships.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/show_relationships.o: io_handle.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h newgap_structs.h
-$O/show_relationships.o: io_utils.h
+$O/seqInfo.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
 $O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
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+$O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
 $O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
 $O/show_relationships.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/shuffle_pads.o: edStructs.h fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
+$O/show_relationships.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/show_relationships.o: io_handle.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h newgap_structs.h
+$O/show_relationships.o: io_utils.h
+$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
 $O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h shuffle_pads.h
-$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
+$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h tagUtils.h
 $O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
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 $O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
-$O/shuffle_pads.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
+$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
 $O/shuffle_pads.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/shuffle_pads.o: IO.h
-$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/stack_dump.o: gap-error.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/shuffle_pads.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/shuffle_pads.o: edStructs.h fort.h tkEditor.h
+$O/shuffle_pads.o: list.h undo.h edUtils.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
 $O/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h stack_dump.h
-$O/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/stop_codon.o: gap_canvas_box.h template_display.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
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-$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
+$O/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/stack_dump.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h gap-error.h
+$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
 $O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h edUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
-$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
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-$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h hash.h list.h template.h
-$O/stop_codon.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
+$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
+$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
 $O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/restriction_enzyme_map.h qual.h gap_globals.h
+$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h stop_codon.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/stop_codon.o: io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h
 $O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/stop_codon.o: io-reg.h
-$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/stop_codon.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/strand_coverage.o: consistency_display.h strand_coverage.h
-$O/strand_coverage.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/strand_coverage.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/strand_coverage.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/stop_codon.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/stop_codon.o: hash.h list.h template.h ruler_display.h
+$O/stop_codon.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/stop_codon.o: gap_canvas_box.h template_display.h
+$O/stop_codon.o: restriction_enzymes.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
+$O/stop_codon.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
 $O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
-$O/strand_coverage.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h newgap_cmds.h
-$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
 $O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
 $O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h consen.h qual.h
 $O/strand_coverage.o: template_display.h
 $O/strand_coverage.o: hash.h list.h template.h
 $O/strand_coverage.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/strand_coverage.o: io-reg.h
-$O/tagdb.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/tagdb.o: $(SRCROOT)/Misc/parse_db.h tagdb.h
-$O/tagdb.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/tagEditor.o: io_utils.h
-$O/tagEditor.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/strand_coverage.o: io-reg.h IO.h
+$O/strand_coverage.o: consistency_display.h strand_coverage.h
+$O/strand_coverage.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/strand_coverage.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/strand_coverage.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h newgap_cmds.h
 $O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/tagEditor.o: select.h
-$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEditor.h
-$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/tagEditor.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h
+$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
 $O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
 $O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
-$O/tagEditor.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
+$O/tagEditor.o: edUtils.h qual.h edStructs.h fort.h
 $O/tagEditor.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
 $O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/tagEditor.o: edUtils.h qual.h edStructs.h fort.h
-$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/tagU1.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/tagEditor.o: io_utils.h
+$O/tagEditor.o: select.h
+$O/tagEditor.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/tagEditor.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
 $O/tagU1.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/tagU1.o: io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h contigEditor.h tagdb.h notedb.h active_tags.h
-$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
-$O/tagU1.o: select.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/tagU1.o: tagDefs.h undo.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tagU1.o: tagUtils.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
-$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/tagU1.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h
+$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h tagUtils.h fortran.h
+$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
 $O/tagU1.o: IO.h
-$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
-$O/tagU1.o: edStructs.h
-$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
+$O/tagU1.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/tagU1.o: fort.h io_utils.h
+$O/tagU1.o: contigEditor.h tagdb.h notedb.h active_tags.h select.h
+$O/tagU1.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/tagU1.o: tagDefs.h undo.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tagU1.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/tagU2.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h contigEditor.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h qualIO.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h contigEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h dbcheck.h
+$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/tagU2.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEditor.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h dbcheck.h active_tags.h tagdb.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
-$O/tagU2.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
+$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
+$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/tagU2.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
 $O/tagU2.o: fort.h io_utils.h
-$O/tagU2.o: tagUtils.h edStructs.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/template_display.o: active_tags.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/Misc/vlen.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/template_display.o: io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/tagU2.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/tagU2.o: io_handle.h tkEditor.h
+$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/tagU2.o: active_tags.h tagdb.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h qualIO.h gap_globals.h
+$O/tagU2.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/tagU2.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/tagdb.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tagdb.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/tagdb.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/tagdb.o: $(SRCROOT)/Misc/parse_db.h tagdb.h
+$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/template.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/template.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/template.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
+$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
+$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/template.o: gap-dbstruct.h
+$O/template.o: io_handle.h
+$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/template.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/template.o: io_utils.h
+$O/template.o: template.h list.h tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
+$O/template.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h
+$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h edUtils.h qual.h
+$O/template_display.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/template_display.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
+$O/template_display.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
 $O/template_display.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/template_display.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h tagdb.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
 $O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
 $O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
 $O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
 $O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h contig_selector.h cs-object.h
 $O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h gap_globals.h
 $O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
-$O/template_display.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/template_display.o: tagUtils.h edStructs.h
 $O/template_display.o: hash.h list.h template.h
+$O/template_display.o: io-reg.h IO.h
+$O/template_display.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h
 $O/template_display.o: gap-dbstruct.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
 $O/template_display.o: template_display.h
-$O/template_display.o: tagUtils.h edStructs.h
-$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/template.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/template.o: io_handle.h io_utils.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/template.o: qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/template.o: tagDefs.h fortran.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/template.o: template.h list.h tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/template.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h edUtils.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/template.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h IO.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/template.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/text-io-reg.o: gap-dbstruct.h
-$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/text-io-reg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/template_display.o: active_tags.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/Misc/vlen.h
+$O/template_display.o: edUtils.h qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
+$O/template_display.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h tagdb.h
 $O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/tkEditor.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/tkEditor.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/tkEditor.o: io_utils.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/tkEditor.o: oligo.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edCommands.h contigEditor.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
-$O/tkEditor.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEdNames.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tk_defs.h tman_interface.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_config.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
-$O/tkEditor.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/tkEditor.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/tkEditor.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/tkEdNames.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tkEdNames.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/tkEdNames.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/tkEdNames.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/text-io-reg.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/text-io-reg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/text-io-reg.o: gap-dbstruct.h
+$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
+$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h consistency_display.h
+$O/tk-io-reg.o: tk-io-reg.h io-reg.h
+$O/tk-io-reg.o: newgap_structs.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/tk-io-reg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/tk-io-reg.o: cs-object.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
+$O/tk-io-reg.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h newgap_cmds.h list.h
+$O/tk-io-reg.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h contig_selector.h
+$O/tk-io-reg.o: io_handle.h io_utils.h
+$O/tk-io-reg.o: template_display.h hash.h template.h ruler_display.h
 $O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEditor.h
-$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
+$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
 $O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h notes.h
 $O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
 $O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_config.h
 $O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h tkEdNames.h $(SRCROOT)/tk_utils/tk_defs.h
 $O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
-$O/tkEdNames.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
 $O/tkEdNames.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
 $O/tkEdNames.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/tkEdNames.o: fort.h io_utils.h
-$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
+$O/tkEdNames.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tkEdNames.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/tkEdNames.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/tkEdNames.o: tkEditor.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
 $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/tkEdUtils.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
-$O/tkEdUtils.o: qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
+$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
 $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h notedb.h tman_interface.h
-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tkEdUtils.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/tkEdUtils.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
-$O/tkEdUtils.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
 $O/tkEdUtils.o: IO.h
-$O/tkEdUtils.o: gap_globals.h
-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
-$O/tkEdUtils.o: gap-dbstruct.h
 $O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edUtils.h
-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
-$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/tk-io-reg.o: consistency_display.h
-$O/tk-io-reg.o: cs-object.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/tk-io-reg.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h newgap_cmds.h list.h
-$O/tk-io-reg.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h contig_selector.h
-$O/tk-io-reg.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h template_display.h hash.h
-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
-$O/tk-io-reg.o: template.h ruler_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/tk-io-reg.o: tk-io-reg.h io-reg.h
-$O/tk-io-reg.o: newgap_structs.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/tk-io-reg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/tman_cons.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tkEdUtils.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/tkEdUtils.o: gap_globals.h
+$O/tkEdUtils.o: qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
+$O/tkEdUtils.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/tkEdUtils.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/tkEdUtils.o: tkEditor.h
+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tk_defs.h tman_interface.h
+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_config.h
+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
+$O/tkEditor.o: tkEditor.h
+$O/tkEditor.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/tkEditor.o: edStructs.h
+$O/tkEditor.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/tkEditor.o: oligo.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edCommands.h contigEditor.h
+$O/tkEditor.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/tkEditor.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
 $O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
 $O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/tman_cons.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tman_cons.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h tman_interface.h edUtils.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
 $O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/traceType.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTraceIO.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
+$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
+$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTraceIO.h
 $O/tman_cons.o: IO.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/tman_cons.o: gap-dbstruct.h
+$O/tman_cons.o: fort.h
 $O/tman_cons.o: edStructs.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/tman_diff.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
-$O/tman_diff.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/tman_cons.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/tman_cons.o: io_utils.h
+$O/tman_cons.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/tman_cons.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/tman_cons.o: tkEditor.h
+$O/tman_cons.o: tman_interface.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
 $O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
 $O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/tman_diff.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
 $O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h tman_interface.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
 $O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTraceIO.h $(SRCROOT)/mutlib/mutlib.h $(SRCROOT)/mutlib/staden.h
+$O/tman_diff.o: fort.h io_utils.h
 $O/tman_diff.o: IO.h
-$O/tman_diff.o: gap-dbstruct.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/tman_diff.o: edStructs.h
-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/tman_display.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
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-$O/tman_display.o: io_utils.h
-$O/tman_display.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
+$O/tman_diff.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/tman_diff.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tman_diff.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/tman_diff.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
+$O/tman_diff.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/tman_diff.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/tman_diff.o: tkEditor.h
 $O/tman_display.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
 $O/tman_display.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/tman_display.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
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-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEditor.h
-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/tman_display.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
+$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h
+$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
+$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h tman_interface.h gap_globals.h
+$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
 $O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/tman_display.o: tman_interface.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
-$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/tman_interface.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/tman_interface.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
+$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/tman_display.o: edStructs.h
+$O/tman_display.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/tman_display.o: fort.h io_utils.h
+$O/tman_display.o: qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/tman_display.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/tman_display.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEditor.h
-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tman_interface.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
+$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h
+$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
+$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h tman_interface.h contigEditor.h
 $O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
-$O/tman_interface.o: tman_interface.h contigEditor.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
+$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
 $O/tman_interface.o: edStructs.h
-$O/undo.o: contigEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/undo.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/undo.o: gap-dbstruct.h
+$O/tman_interface.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tman_interface.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/tman_interface.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/tman_interface.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/undo.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/undo.o: io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h tagUtils.h tagDefs.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h extend.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
+$O/undo.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
+$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
 $O/undo.o: IO.h
-$O/undo.o: edStructs.h
-$O/undo.o: undo.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/vseqs.o: gap-dbstruct.h
-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/undo.o: undo.h
+$O/undo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
+$O/undo.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h
+$O/undo.o: io_handle.h
+$O/undo.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/undo.o: extend.h contigEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/undo.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/undo.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/undo.o: io_utils.h
+$O/undo.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
+$O/undo.o: tkEditor.h
 $O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/vseqs.o: qual.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
 $O/vseqs.o: vseqs.h
-$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
 $O/vseqs.o: IO.h
+$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/vseqs.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/vseqs.o: qual.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/get_scf_field/dependencies staden-src-1-7-0/src/get_scf_field/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/get_scf_field/dependencies	2005-08-26 10:24:31.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/get_scf_field/dependencies	2009-02-23 02:27:42.000000000 +0100
@@ -1,7 +1,3 @@
 
 # DO NOT DELETE
-$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
 $O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/haplo/dependencies staden-src-1-7-0/src/haplo/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/haplo/dependencies	2006-07-05 17:46:16.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/haplo/dependencies	2009-02-23 02:27:41.000000000 +0100
@@ -1,51 +1,41 @@
 
 # DO NOT DELETE
+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
 $O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h
+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
 $O/haplo_cons.o: haplo.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h
-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
-$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/notes.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h haplo.h
-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h haplo.h $(SRCROOT)/gap4/notes.h
 $O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h
+$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
 $O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
+$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
 $O/haplo_split.o: haplo.h
 $O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h
-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
-$O/haplo_tcl.o: haplo.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
 $O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h
+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/haplo_tcl.o: haplo.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/init_exp/dependencies staden-src-1-7-0/src/init_exp/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/init_exp/dependencies	2005-08-26 10:24:32.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/init_exp/dependencies	2009-02-23 02:27:42.000000000 +0100
@@ -1,11 +1,5 @@
 
 # DO NOT DELETE
-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/open_trace_file.h
-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
+$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/make_weights/dependencies staden-src-1-7-0/src/make_weights/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/make_weights/dependencies	2005-08-26 10:24:32.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/make_weights/dependencies	2009-02-23 02:27:43.000000000 +0100
@@ -2,5 +2,4 @@
 # DO NOT DELETE
 $O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/make_weights.o: $(SRCROOT)/text_utils/licence.h
-$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/mk/global.mk staden-src-1-7-0/src/mk/global.mk
--- staden-src-1-7-0.ori/src/mk/global.mk	2006-06-08 15:15:58.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/mk/global.mk	2009-02-23 03:33:36.000000000 +0100
@@ -128,10 +128,10 @@
 XSRC		= 
 TCLVERS		= 8.4
 TKVERS		= 8.4
-TCLSRC		= $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic
-TKSRC		= $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic
-ITCLSRC		= $(SRCROOT)/incrTcl-3.3cvs/itcl/generic
-ITKSRC		= $(SRCROOT)/incrTcl-3.3cvs/itk/generic
+TCLSRC		= /usr/lib/tcl8.4/include/generic/
+TKSRC		= /usr/lib/tk8.4/include/generic/
+ITCLSRC		= /usr/lib/itcl3.3
+ITKSRC		= /usr/lib/itk3.3
 TTSRC		=
 ITCLVERS	= 3.3
 ITKVERS		= 3.3
@@ -187,6 +187,7 @@
 MUT_LIB      = $(MUT_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)mutlib$(LIB_EXT) $(MUT_LIB_E)
 P3_LIB	     = $(P3_LIB_S)  $(LINK_LIBFLAG)primer3$(LIB_EXT) $(P3_LIB_E)
 PNG_LIB	     = $(PNG_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)png12$(LIB_EXT) $(PNG_LIB_E)
+CURL_LIB     = $(CURL_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)curl$(LIB_EXT) $(CURL_LIB_E)
 
 
 # Standard chunks to add to the compile line
@@ -201,10 +202,10 @@
 X_INC		= $(XSRC:%=-I%)
 XAW_INC		= $(XSRC:%=-I%)
 TT_INC		= $(TTSRC:%=-I%)
-IOLIB_INC	= -I$(IOLIBSRC)/include
-IOUTILS_INC	= -I$(IOLIBSRC)/include
-SCF_INC		= -I$(IOLIBSRC)/include
-EXP_INC		= -I$(IOLIBSRC)/include
+IOLIB_INC	= -I$(IOLIBSRC)
+IOUTILS_INC	= -I$(IOLIBSRC)
+SCF_INC		= -I$(IOLIBSRC)
+EXP_INC		= -I$(IOLIBSRC)
 G_INC		= -I$(GSRC)
 GAP4_INC	= -I$(GAP4SRC)
 NIP4_INC	= -I$(NIP4SRC)
@@ -290,7 +291,7 @@
 GETSCFFIELD	= $(SRCROOT)/get_scf_field
 INDEXSEQLIBSSRC	= $(SRCROOT)/indexseqlibs
 INITEXPSRC	= $(SRCROOT)/init_exp
-IOLIBSRC	= $(SRCROOT)/io_lib
+IOLIBSRC	= /usr/include/io_lib
 LOOKUPSRC	= $(SRCROOT)/lookup
 MAKESCFSRC	= $(SRCROOT)/makeSCF
 MISCSRC		= $(SRCROOT)/Misc
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/mk/linux.mk staden-src-1-7-0/src/mk/linux.mk
--- staden-src-1-7-0.ori/src/mk/linux.mk	2005-08-25 12:22:20.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/mk/linux.mk	2009-02-23 03:35:37.000000000 +0100
@@ -6,9 +6,10 @@
 /* DEFINES += -DLITTLE_ENDIAN */
 
 # Use g77 for compiling our fortran
-F77	 = g77
-# Ewe:
-F77_DEP  = -lg2c
+F77	 = gfortran
+# use for g77
+# F77_DEP  = -lg2c
+F77_DEP  = -lgfortran
 LIBSF	= $(F77_DEP)
 # Jura
 # F77_DEP	 = /usr/lib/gcc-lib/i386-glibc21-linux/egcs-2.91.66/libg2c.a
@@ -31,8 +32,8 @@
 XBIN	= /usr/X11R6/lib
 # For AMD64 based systems use XBIN=/usr/X11R6/lib64
 
-#CLDFLAGS_E	+= -shared
-#FLDFLAGS_E	+= -shared
+CLDFLAGS_E	+= -shared
+FLDFLAGS_E	+= -shared
 
 # Dynamic linking
 # For AMD64 based systems try -fPIC instead.
@@ -41,7 +42,7 @@
 # pic with g77 generates opcodes unknown by the 386 assembler. Odd
 # It doesn't appear to be needed (but at a speed cost?).
 # For AMD64 based systems try -fPIC instead.
-#SHLIB_FFLAGS		= -fpic
+SHLIB_FFLAGS		= -fpic
 SHLIB_LD		= cc
 SHLIB_LDFLAGS		= -L$(L) $(SHLIB_STRIP) -shared -o
 SHLIB_PREFIX		= lib
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/mk/root.mk staden-src-1-7-0/src/mk/root.mk
--- staden-src-1-7-0.ori/src/mk/root.mk	2003-06-09 13:24:35.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/mk/root.mk	2009-02-23 02:07:43.000000000 +0100
@@ -12,7 +12,6 @@
 # gap/osp-bits
 # gap
 DIRS =	Misc\
-	io_lib\
 	seq_utils\
 	tk_utils\
 	spin\
@@ -55,13 +54,10 @@
 # in io_lib from (eg) clean to cleanx.
 #
 clean:
-	cd io_lib; $(MAKE) $(FLAGS) cleanx
-	$(MAKE) $(FLAGS) JOB=clean
+	-echo blah
 
 spotless:
-	cd io_lib; $(MAKE) $(FLAGS) spotlessx
-	$(MAKE) $(FLAGS) JOB=spotless
-	-rm lib/$(O)/so_locations
+	-ech blah
 
 relink:
 	-rm lib/$(O)/so_locations
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/mutlib/Makefile staden-src-1-7-0/src/mutlib/Makefile
--- staden-src-1-7-0.ori/src/mutlib/Makefile	2004-10-28 11:15:56.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/mutlib/Makefile	2009-02-23 01:58:04.000000000 +0100
@@ -63,8 +63,6 @@
 
 MUT_DEP=\
 	$(SEQUTILS_LIB) \
-	$(TKUTILS_LIB) \
-	$(IOLIB_LIB) \
 	$(MISC_LIB) \
 	$(MATH_LIB)
 
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/mutlib/dependencies staden-src-1-7-0/src/mutlib/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/mutlib/dependencies	2005-08-26 10:24:32.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/mutlib/dependencies	2009-02-23 02:27:37.000000000 +0100
@@ -1,313 +1,200 @@
 
+# DO NOT DELETE
 $O/align.o: ./align.hpp ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h
 $O/align.o: ./matrix.hpp
 $O/basecall.o: ./basecall.hpp
-$O/caller_base.o: ./caller.hpp
-$O/caller_base.o: ./dnatable.hpp ./caller_base.hpp ./matrix.hpp ./trace.hpp
-$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/caller_base.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/caller.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/caller.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/caller.o: ./caller.hpp ./matrix.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/caller.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/caller_base.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/caller_base.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/caller_base.o: ./dnatable.hpp ./caller_base.hpp ./matrix.hpp ./trace.hpp
+$O/caller_base.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/caller_base.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/caller_level.o: ./dnatable.hpp ./caller_level.hpp ./trace.hpp ./staden.h
-$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./caller.hpp ./matrix.hpp
-$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
-$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/caller_base.o: ./caller.hpp
 $O/caller_level.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
 $O/caller_level.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/caller.o: ./caller.hpp ./matrix.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/caller.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/caller.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/caller.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/caller.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/caller.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/caller.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/caller.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/caller_snr.o: ./caller.hpp ./matrix.hpp
+$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/caller_level.o: ./dnatable.hpp ./caller_level.hpp ./trace.hpp ./staden.h
+$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/caller_level.o: ./caller.hpp ./matrix.hpp
+$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/caller_snr.o: ./caller_snr.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
 $O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/caller_snr.o: ./caller.hpp ./matrix.hpp
 $O/dnatable.o: ./dnatable.hpp
-# DO NOT DELETE
-$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/mutationtag.o: ./listitem.hpp
+$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/mutationtag.o: ./mutationtag.hpp ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./list.hpp ./array.hpp
-$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
-$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/mutationtag.o: ./listitem.hpp
 $O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/mutationtag_utils.o: ./mutationtag.hpp ./listitem.hpp
 $O/mutationtag_utils.o: ./mutationtag_utils.hpp ./mutlib.h ./staden.h
-$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/mutationtag_utils.o: ./list.hpp ./array.hpp
+$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/mutscan.o: ./array.hpp ./mutationtag.hpp ./listitem.hpp
+$O/mutscan.o: ./list.hpp ./align.hpp ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h
+$O/mutscan.o: ./matrix.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/mutscan.o: ./mutscan_parameters.hpp ./parameter.hpp ./mutationtag_utils.hpp
+$O/mutscan.o: ./mutscan_preprocess.hpp ./mutscan_analysis.hpp
+$O/mutscan.o: ./mutscan.hpp ./mutlib.h
+$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/mutscan_analysis.o: ./caller_base.hpp ./matrix.hpp ./trace.hpp ./caller.hpp
 $O/mutscan_analysis.o: ./caller_level.hpp ./mutscan_analysis.hpp ./array.hpp
-$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./dnatable.hpp
-$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
-$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
 $O/mutscan_analysis.o: ./list.hpp ./mutationtag.hpp ./listitem.hpp
-$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/mutscan_analysis.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/mutscan_analysis.o: ./mutscan_preprocess.hpp
-$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
-$O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/mutscan_analysis.o: ./dnatable.hpp
 $O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/mutscan_helper.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/mutscan.o: ./list.hpp ./align.hpp ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h
-$O/mutscan.o: ./listitem.hpp ./mutscan_preprocess.hpp ./mutscan_analysis.hpp
-$O/mutscan.o: ./matrix.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/mutscan.o: ./mutationtag_utils.hpp ./array.hpp ./mutationtag.hpp
-$O/mutscan.o: ./mutscan.hpp ./mutlib.h ./mutscan_parameters.hpp ./parameter.hpp
-$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./parameter.hpp
-$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
-$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
 $O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
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-$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
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+$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
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-$O/muttag.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
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+$O/mutscan_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
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+$O/muttag.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/muttag.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/muttag.o: ./muttag.hpp ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/muttag.o: ./listitem.hpp
 $O/muttag.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/muttag.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/muttag.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/peakcall.o: ./peakcall.hpp ./listitem.hpp
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-$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
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 $O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/sp_align_lib.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/sp_align_lib.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/sp_align_lib.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
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-$O/sp_align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h read_matrix.h
+$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/sp_align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/sp_align_lib.o: ./sp_alignment.h ./sp_align_lib.h read_matrix.h
 $O/sp_align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
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+$O/sp_align_lib.o: ./sp_alignment_structs.h
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+$O/sp_alignment.o: ./sp_align_lib.h ./sp_hash_lib.h ./sp_alignment.h
+$O/sp_alignment.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/sp_alignment.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/sp_alignment.o: ./sp_alignment_structs.h
+$O/sp_alignment.o: read_matrix.h
 $O/sp_hash_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
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-$O/sp_hash_lib.o: ./staden.h
+$O/sp_hash_lib.o: ./sp_hash_lib.h ./sp_alignment.h ./sp_align_lib.h
+$O/sp_hash_lib.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
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 $O/sp_matrix.o: ./sp_matrix.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/sp_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
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+$O/sp_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/stringlist.o: ./stringlist.hpp
-$O/tagarray.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./list.hpp
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+$O/tagarray.o: ./list.hpp ./muttag.hpp
 $O/tagarray.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/tagarray.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/tagarray.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./array.hpp
-$O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
-$O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
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+$O/trace.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/trace.o: ./array.hpp ./trace.hpp
+$O/trace.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/trace.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/trace.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/tracealign.o: ./array.hpp ./tracealign_cache.hpp ./tracealign_preprocess.hpp
+$O/tracealign.o: ./list.hpp ./align.hpp ./sp_alignment_structs.h
+$O/tracealign.o: ./listitem.hpp ./peakcall.hpp ./tagarray.hpp ./tracealign.hpp
+$O/tracealign.o: ./sp_alignment.h
+$O/tracealign.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/tracealign.o: ./matrix.hpp ./trace.hpp
+$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/tracealign.o: ./muttag.hpp ./mutlib.h
 $O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
 $O/tracealign_cache.o: ./tracealign_cache.hpp ./matrix.hpp
 $O/tracealign_cache.o: ./tracealign_preprocess.hpp ./trace.hpp ./staden.h
+$O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tracealign_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./trace.hpp
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+$O/tracealign_cache.o: ./array.hpp
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+$O/tracealign_helper.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/tracealign_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tracealign_helper.o: ./trace.hpp
+$O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/tracealign_interpolate.o: ./array.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
-$O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./align.hpp
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 $O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
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-$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
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 $O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/tracealign_preprocess.o: ./array.hpp ./basecall.hpp
+$O/tracealign_preprocess.o: ./tracealign_preprocess.hpp ./trace.hpp ./staden.h
 $O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/tracealign_preprocess.o: ./tracealign_preprocess.hpp ./trace.hpp ./staden.h
-$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
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-$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
 $O/tracealign_validate.o: ./validate.hpp ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/tracediff_helper.o: ./array.hpp ./align.hpp ./sp_alignment_structs.h
-$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./trace.hpp ./tracealign.hpp
-$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
-$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/tracediff_helper.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/tracediff_helper.o: ./sp_alignment.h ./matrix.hpp ./muttag.hpp ./listitem.hpp
-$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/tracediff_mutations.o: ./list.hpp ./array.hpp ./trace.hpp ./muttag.hpp
-$O/tracediff_mutations.o: ./listitem.hpp ./peakcall.hpp
-$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/tracediff_mutations.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
-$O/tracediff_mutations.o: ./tracediff_parameters.hpp ./parameter.hpp
-$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
+$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/tracediff.o: ./list.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/tracediff.o: ./muttag.hpp ./mutlib.h ./listitem.hpp ./tagarray.hpp
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 $O/tracediff.o: ./tracediff.hpp ./tracediff_parameters.hpp ./parameter.hpp
-$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
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+$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/tracediff_helper.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/tracediff_helper.o: ./muttag.hpp ./listitem.hpp
+$O/tracediff_helper.o: ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h ./matrix.hpp
+$O/tracediff_helper.o: ./tracealign.hpp ./array.hpp ./align.hpp
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+$O/tracediff_helper.o: ./trace.hpp
+$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/tracediff_mutations.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/tracediff_mutations.o: ./trace.hpp ./muttag.hpp ./listitem.hpp ./peakcall.hpp
+$O/tracediff_mutations.o: ./tracediff_parameters.hpp ./parameter.hpp
+$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/tracediff_mutations.o: ./list.hpp ./array.hpp
 $O/tracediff_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
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+$O/tracediff_parameters.o: ./tracediff_parameters.hpp ./mutlib.h ./staden.h
 $O/tracediff_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/tracediff_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
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 $O/tracediff_validate.o: ./validate.hpp ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
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-$O/trace.o: ./trace.hpp
-$O/trace.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/trace.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/trace.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/validate.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/validate.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/tracediff_validate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/tracediff_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/validate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/validate.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/validate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/validate.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/mutlib/staden.h staden-src-1-7-0/src/mutlib/staden.h
--- staden-src-1-7-0.ori/src/mutlib/staden.h	2003-06-09 13:24:40.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/mutlib/staden.h	2009-02-23 02:21:50.000000000 +0100
@@ -24,7 +24,7 @@
 
 #include <Misc/misc.h>
 #include <seq_utils/dna_utils.h>
-#include <io_lib/include/Read.h>
+#include <io_lib/Read.h>
 
 
 #ifdef __cplusplus
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/mutscan/staden.h staden-src-1-7-0/src/mutscan/staden.h
--- staden-src-1-7-0.ori/src/mutscan/staden.h	2003-06-09 13:25:30.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/mutscan/staden.h	2009-02-23 02:15:49.000000000 +0100
@@ -22,7 +22,7 @@
 #endif
 
 
-#include <io_lib/include/Read.h>
+#include <io_lib/Read.h>
 #include <licence/licence.h>
 
 
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/polyA_clip/dependencies staden-src-1-7-0/src/polyA_clip/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/polyA_clip/dependencies	2005-08-26 10:24:32.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/polyA_clip/dependencies	2009-02-23 02:27:43.000000000 +0100
@@ -1,12 +1,10 @@
 
 # DO NOT DELETE
-$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
-$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
+$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/polyA_clip.o: seqInfo.h
-$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf_extras.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/seqInfo.o: seqInfo.h
+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/seqInfo.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
 $O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/prefinish/dependencies staden-src-1-7-0/src/prefinish/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/prefinish/dependencies	2005-08-26 10:24:32.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/prefinish/dependencies	2009-02-23 02:27:41.000000000 +0100
@@ -1,175 +1,157 @@
 
 # DO NOT DELETE
 $O/dust.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/finish_filter.o: finish_filter.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/consen.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h dust.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h $(SRCROOT)/gap4/fort.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/Misc/reg_exp.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h finish_main.h
+$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/finish.o: finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h
+$O/finish.o: finish_hash.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h
+$O/finish.o: finish_pcr.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h
+$O/finish.o: finish_utils.h finish_long.h finish_walk.h finish_filter.h
+$O/finish.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h
+$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
+$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
 $O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
 $O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
 $O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
 $O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
 $O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/template.h
-$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
-$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
 $O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h
+$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
 $O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
 $O/finish_filter.o: dust.h finish.h
 $O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/finish_hash.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h
-$O/finish_hash.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/finish_hash.o: finish_hash.h
-$O/finish_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/finish_long.o: finish_long.h finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
-$O/finish_long.o: finish_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/finish_filter.o: finish_filter.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/finish_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/finish_hash.o: $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/finish_hash.o: finish_hash.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
+$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
+$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/finish_long.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
 $O/finish_long.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
-$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
 $O/finish_long.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/finish_long.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
-$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
+$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
 $O/finish_long.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
-$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/finish_main.o: finish_walk.h finish_reverse.h finish_filter.h
+$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
+$O/finish_long.o: finish_long.h finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
+$O/finish_long.o: finish_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
 $O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/find_fragments.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h finish.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
 $O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h
 $O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
 $O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
 $O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h $(SRCROOT)/gap4/fort.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h
 $O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/template.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
 $O/finish_main.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h finish_utils.h finish_long.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
 $O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/finish.o: finish_walk.h finish_filter.h finish_pcr.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/fortran.h $(SRCROOT)/gap4/consen.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h dust.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/undo.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h
-$O/finish.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h finish_main.h finish_utils.h finish_long.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/Misc/reg_exp.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
-$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
-$O/finish_pcr.o: finish_filter.h finish_utils.h
-$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
-$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
-$O/finish_pcr.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
-$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
-$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
-$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
+$O/finish_main.o: finish_walk.h finish_reverse.h finish_filter.h
+$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
 $O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
+$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
 $O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
 $O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h finish_pcr.h
 $O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h finish.h
-$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
 $O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
 $O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
-$O/finish_reverse.o: finish_reverse.h finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
-$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
-$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
-$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
-$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
+$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/finish_pcr.o: finish_filter.h finish_utils.h
+$O/finish_pcr.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
 $O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
 $O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
+$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
+$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
+$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
 $O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h finish_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h
-$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
 $O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
-$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
-$O/finish_utils.o: finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/template.h
-$O/finish_utils.o: finish_utils.h $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h
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-$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
-$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
-$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h
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+$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/finish_reverse.o: finish_reverse.h finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
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+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
 $O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
 $O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h
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-$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/finish_utils.o: finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
+$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
+$O/finish_utils.o: finish_utils.h $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h
+$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
+$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
+$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
 $O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
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 $O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
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+$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
+$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
 $O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
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-$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
+$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
+$O/finish_walk.o: finish_utils.h finish_filter.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h
+$O/finish_walk.o: finish_walk.h finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
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+++ staden-src-1-7-0/src/qclip/dependencies	2009-02-23 02:27:43.000000000 +0100
@@ -1,17 +1,12 @@
 
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/consen.o: consen.h
-$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 # DO NOT DELETE
-$O/qclip.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
-$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
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+$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
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+$O/consen.o: consen.h
+$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
+$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/qclip.o: seqInfo.h
-$O/qclip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf_extras.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/seqInfo.o: seqInfo.h
+$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h consen.h
+$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/seqInfo.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
 $O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/screen_seq/dependencies staden-src-1-7-0/src/screen_seq/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/screen_seq/dependencies	2005-08-26 10:24:33.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/screen_seq/dependencies	2009-02-23 02:27:43.000000000 +0100
@@ -1,9 +1,5 @@
 
 # DO NOT DELETE
-$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/text_utils/licence.h
-$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
-$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
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+$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/text_utils/licence.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
+$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/seq_utils/dependencies staden-src-1-7-0/src/seq_utils/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/seq_utils/dependencies	2005-08-26 10:24:33.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/seq_utils/dependencies	2009-02-23 02:27:36.000000000 +0100
@@ -1,59 +1,57 @@
 
-$O/align_lib_old.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/align_lib_old.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h align_lib_old.h
-$O/align_lib_old.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h dna_utils.h read_matrix.h
-$O/align_lib.o: align_lib.h
-$O/align.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+# DO NOT DELETE
+$O/align.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/align.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/align.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/align.o: align_lib_old.h
-$O/align.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/align_ss2.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/align_ss2.o: align_lib_old.h
-$O/align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h dna_utils.h read_matrix.h
+$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/align_lib.o: align_lib.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/align_lib_old.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/align_lib_old.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/align_lib_old.o: align_lib_old.h
+$O/align_ss.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/align_ss.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/align_ss.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/align_ss.o: align_lib_old.h
-$O/align_ss.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
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-$O/align_sv.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/align_ss2.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/align_ss2.o: align_lib_old.h
+$O/align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/align_sv.o: align.h
+$O/align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/align_sv.o: align_lib_old.h
+$O/align_sv.o: uascii.gbl
+$O/base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/base_comp.o: base_comp.h edge.h
+$O/base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/base_comp.o: dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/dna_utils.o: dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
+$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-# DO NOT DELETE
-$O/edge.o: dna_utils.h
-$O/edge.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h dna_utils.h
 $O/edge.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/edge.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/genetic_code.o: dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h genetic_code.h
+$O/edge.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/edge.o: dna_utils.h
+$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h genetic_code.h
+$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/text_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/genetic_code.o: dna_utils.h
 $O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/text_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/open_reading_frames.o: dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h genetic_code.h
+$O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h genetic_code.h
 $O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/text_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/read_matrix.o: read_matrix.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/open_reading_frames.o: dna_utils.h
+$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/renz_utils.o: dna_utils.h
-$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/renz_utils.o: renz_utils.h
-$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/read_matrix.o: read_matrix.h
+$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/renz_utils.o: renz_utils.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
+$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h dna_utils.h
 $O/scramble.o: sequence_formats.h
 $O/search_utils.o: search_utils.h
 $O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h sequence_formats.h
 $O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h sequence_formats.h
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/spin/dependencies staden-src-1-7-0/src/spin/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/spin/dependencies	2005-08-26 10:24:33.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/spin/dependencies	2009-02-23 02:27:42.000000000 +0100
@@ -1,543 +1,410 @@
 
-$O/codon_content.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+# DO NOT DELETE
 $O/codon_content.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/codon_content.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
 $O/codon_content.o: $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h codon_content.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h
 $O/codon_content.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
+$O/codon_content.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/codon_content.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/compare_spans.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/compare_spans.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/compare_spans.o: $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h
-$O/compare_spans.o: sip_hash.h readpam.h
-$O/compare_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/compare_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/compare_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
+$O/compare_spans.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h
+$O/compare_spans.o: sip_hash.h
+$O/compare_spans.o: readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/dinuc_freqs.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-# DO NOT DELETE
-$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/emboss_input_funcs.o: seq_plot_funcs.h seq_raster.h emboss_input_funcs.h
-$O/emboss_input_funcs.o: sequence_pair_display.h
 $O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
-$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
 $O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h spin_globals.h
 $O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h seq_results.h
-$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
+$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/emboss_input_funcs.o: seq_plot_funcs.h seq_raster.h emboss_input_funcs.h
+$O/emboss_input_funcs.o: sequence_pair_display.h
 $O/init.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h nip_cmds.h sequtils_cmds.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/init.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
 $O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
 $O/init.o: tkSeqedNames.h
 $O/init.o: tkSeqed.h
-$O/nip_base_comp.o: seq_raster.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
-$O/nip_base_comp.o: seq_reg.h
+$O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/seq_utils/base_comp.h seq_plot_funcs.h
 $O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h nip_base_comp.h
-$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
 $O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h nip_raster.h
 $O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h nip_globals.h
 $O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/nip_base_comp.o: seq_raster.h seq_results.h
 $O/nip_base_comp.o: nip_results.h
-$O/nip_canvas_box.o: seq_reg.h
+$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h nip_results.h
-$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h seq_results.h
 $O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/nip_cmds.o: codon_content.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/nip_cmds.o: nip_base_comp.h $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/nip_cmds.o: nip_globals.h nip_results.h nip_raster.h nip_gene_search.h
+$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/nip_canvas_box.o: seq_results.h
+$O/nip_canvas_box.o: seq_reg.h
+$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/base_comp.h seqed.h nip_base_comp.h
+$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h seqed_translate.h tkSeqedUtils.h
+$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/open_reading_frames.h dinuc_freqs.h
+$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h tkSeqed.h
+$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h nip_globals.h
+$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h seq_raster.h seq_results.h
+$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/nip_cmds.o: tkSeqedNames.h
+$O/nip_cmds.o: codon_content.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/nip_cmds.o: nip_structs.h
 $O/nip_cmds.o: nip_restriction_enzymes.h sequtils.h nip_string_search.h
+$O/nip_cmds.o: nip_results.h nip_raster.h nip_gene_search.h trna_search.h
 $O/nip_cmds.o: nip_splice_search.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h nip_canvas_box.h
+$O/nip_cmds.o: nip_stop_codon.h nip_trna_search.h splice_search.h
 $O/nip_cmds.o: nip_wtmatrix_search.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
 $O/nip_cmds.o: seqed_write.h $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h nip_sendto.h
-$O/nip_cmds.o: seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
-$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/base_comp.h seqed.h
-$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h seqed_translate.h tkSeqedUtils.h
-$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/open_reading_frames.h dinuc_freqs.h
-$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/nip_cmds.o: tkSeqedNames.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h
-$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
-$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h seq_raster.h
-$O/nip_cmds.o: trna_search.h nip_stop_codon.h nip_trna_search.h splice_search.h
-$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/nip_cmds.o: nip_structs.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
-$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h nip_results.h
-$O/nip_gene_search.o: nip_gene_search.h seq_plot_funcs.h
-$O/nip_gene_search.o: seq_raster.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
-$O/nip_gene_search.o: seq_reg.h
+$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h nip_globals.h
-$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
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-$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
 $O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h nip_raster.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h
 $O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h codon_content.h
-$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
-$O/nip_globals.o: nip_globals.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/nip_gene_search.o: nip_results.h
+$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/nip_gene_search.o: seq_raster.h seq_results.h
+$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/nip_gene_search.o: nip_gene_search.h seq_plot_funcs.h
 $O/nip_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/nip_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/nip_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
-$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/nip_restriction_enzymes.o: nip_restriction_enzymes.h nip_globals.h
-$O/nip_restriction_enzymes.o: seq_results.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/nip_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
+$O/nip_globals.o: nip_globals.h
 $O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
 $O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
-$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h nip_results.h
 $O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
-$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/restriction_enzyme_map.h
 $O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h nip_canvas_box.h
-$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
 $O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/nip_splice_search.o: nip_results.h nip_raster.h splice_search.h
-$O/nip_splice_search.o: nip_splice_search.h nip_globals.h
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-$O/nip_splice_search.o: seq_plot_funcs.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/nip_restriction_enzymes.o: seq_results.h
+$O/nip_restriction_enzymes.o: nip_restriction_enzymes.h nip_globals.h
+$O/nip_restriction_enzymes.o: nip_results.h $(SRCROOT)/tk_utils/restriction_enzyme_map.h
 $O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
-$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h seq_results.h
 $O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
-$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/nip_splice_search.o: seq_results.h
+$O/nip_splice_search.o: nip_results.h nip_raster.h
+$O/nip_splice_search.o: nip_wtmatrix_search.h
+$O/nip_splice_search.o: seq_plot_funcs.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/nip_splice_search.o: seq_raster.h
-$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/nip_stop_codon.o: nip_raster.h nip_results.h nip_stop_codon.h
-$O/nip_stop_codon.o: seq_plot_funcs.h
+$O/nip_splice_search.o: splice_search.h nip_splice_search.h nip_globals.h
 $O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h nip_globals.h
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-$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h seq_results.h
 $O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
-$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/nip_stop_codon.o: seq_results.h
+$O/nip_stop_codon.o: nip_raster.h nip_results.h
+$O/nip_stop_codon.o: nip_stop_codon.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h nip_globals.h
+$O/nip_stop_codon.o: seq_plot_funcs.h
 $O/nip_stop_codon.o: seq_raster.h
-$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
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-$O/nip_string_search.o: nip_string_search.h seq_plot_funcs.h
 $O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
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-$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
 $O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h nip_globals.h
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 $O/nip_string_search.o: seq_raster.h seq_results.h
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+$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/nip_string_search.o: nip_raster.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/nip_string_search.o: nip_results.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h nip_globals.h
+$O/nip_string_search.o: nip_string_search.h seq_plot_funcs.h
 $O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h nip_results.h
-$O/nip_trna_search.o: nip_trna_search.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
-$O/nip_trna_search.o: seq_plot_funcs.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
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-$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h seq_raster.h
+$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
 $O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h nip_raster.h
 $O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h nip_globals.h trna_search.h
-$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
 $O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/nip_wtmatrix_search.o: nip_raster.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h splice_search.h
-$O/nip_wtmatrix_search.o: nip_wtmatrix_search.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/nip_wtmatrix_search.o: seq_plot_funcs.h
-$O/nip_wtmatrix_search.o: seq_raster.h seq_results.h
+$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/nip_trna_search.o: nip_results.h
+$O/nip_trna_search.o: seq_raster.h seq_results.h
+$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/nip_trna_search.o: nip_trna_search.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
+$O/nip_trna_search.o: seq_plot_funcs.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
-$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
 $O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
 $O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h nip_globals.h
+$O/nip_wtmatrix_search.o: nip_results.h
 $O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
-$O/nip_wtmatrix_search.o: nip_results.h
-$O/probs.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/probs.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
-$O/probs.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h probs.h
-$O/probs.o: sip_hash.h readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
-$O/probs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/nip_wtmatrix_search.o: seq_raster.h seq_results.h
+$O/nip_wtmatrix_search.o: nip_raster.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h splice_search.h
+$O/nip_wtmatrix_search.o: nip_wtmatrix_search.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/nip_wtmatrix_search.o: seq_plot_funcs.h
+$O/probs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
+$O/probs.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h probs.h
 $O/probs.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h seq_raster.h
-$O/raster_cmds.o: raster_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h
-$O/raster_cmds.o: seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
-$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
+$O/probs.o: sip_hash.h readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
 $O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h raster_structs.h seq_reg.h
 $O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/readpam.o: readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/raster_cmds.o: raster_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h
+$O/raster_cmds.o: seq_raster.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
 $O/readpam.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/readpam.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
-$O/readpam.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/readpam.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/readpam.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/readpam.o: readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h seq_results.h
+$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_raster.h readpam.h
 $O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
-$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
-$O/seqedInterface.o: seqedInterface.h tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/seqedInterface.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/seqedInterface.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/seqedInterface.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/seqedInterface.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/seqedInterface.o: tkSeqedUtils.h
-$O/seqedInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
-$O/seqedInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h
-$O/seqedInterface.o: tkSeqedNames.h
+$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
+$O/rescan_matches.o: sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
+$O/rescan_matches.o: seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/rescan_matches.o: seq_results.h
+$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h seq_raster.h seq_results.h
+$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
+$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
+$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/seq_raster.o: seq_results.h
+$O/seq_raster.o: seq_raster.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/seq_raster.o: spin_globals.h
+$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/seq_reg.o: seq_raster.h
+$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/seq_reg.o: seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h spin_globals.h
+$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_sendto.h spin_globals.h
+$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
+$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h sequence_pair_display.h seqed.h
+$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
+$O/seq_reg_cmds.o: tkSeqedNames.h
+$O/seq_reg_cmds.o: seq_results.h
+$O/seq_reg_cmds.o: seq_raster.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/seq_reg_cmds.o: emboss_input_funcs.h
+$O/seq_reg_cmds.o: seq_reg_structs.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
+$O/seq_reg_cmds.o: sequtils.h sip_cmds.h nip_cmds.h raster_cmds.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/seq_reg_cmds.o: tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
+$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/scramble.h
+$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
+$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/seq_results.o: seq_raster.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/seq_results.o: codon_content.h seq_results.h
+$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
+$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/seq_sendto.o: seq_reg.h
+$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
 $O/seqed.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/seqed.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h seq_results.h
 $O/seqed.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seqed.h tkSeqedUtils.h
-$O/seqed.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/seqed.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/seqed.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/seqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/seqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h seqed_restriction_enzymes.h
 $O/seqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h seq_raster.h spin_globals.h
 $O/seqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
 $O/seqed.o: tkSeqedNames.h
 $O/seqed.o: tkSeqed.h
-$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/seqed_restriction_enzymes.o: seqed_restriction_enzymes.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/seqedInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
+$O/seqedInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h
+$O/seqedInterface.o: tkSeqedNames.h
+$O/seqedInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/seqedInterface.o: seqedInterface.h tkSeqed.h
+$O/seqedInterface.o: tkSeqedUtils.h
 $O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h tkSeqed.h
-$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/seqed_restriction_enzymes.o: tkSeqedUtils.h
 $O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
 $O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h
-$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/seqed_restriction_enzymes.o: tkSeqedNames.h
+$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/seqed_restriction_enzymes.o: seqed_restriction_enzymes.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/seqed_restriction_enzymes.o: tkSeqedUtils.h
 $O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/seqed_search.o: tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
 $O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
 $O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
 $O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
-$O/seqed_search.o: tkSeqedUtils.h
 $O/seqed_search.o: tkSeqedNames.h
-$O/seqed_translate.o: seqed_translate.h
-$O/seqed_translate.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/seqed_translate.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/seqed_translate.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/seqed_translate.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/seqed_translate.o: tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/seqed_translate.o: tkSeqedUtils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
+$O/seqed_search.o: tkSeqed.h
+$O/seqed_search.o: tkSeqedUtils.h
+$O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
 $O/seqed_translate.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
 $O/seqed_translate.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h
 $O/seqed_translate.o: tkSeqedNames.h
-$O/seqed_write.o: seqed_translate.h tkSeqedUtils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/seqed_translate.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/seqed_translate.o: seqed_translate.h
+$O/seqed_translate.o: tkSeqed.h
+$O/seqed_translate.o: tkSeqedUtils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
 $O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h seqed_restriction_enzymes.h
 $O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
-$O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/seqed_write.o: tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
 $O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
-$O/seqed_write.o: seqed_write.h
 $O/seqed_write.o: tkSeqedNames.h
-$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h seq_raster.h seq_results.h
-$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
-$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
-$O/seq_raster.o: seq_raster.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
-$O/seq_raster.o: spin_globals.h
-$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
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-$O/seq_raster.o: seq_results.h
-$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/seq_reg_cmds.o: seq_raster.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h seq_reg_structs.h
-$O/seq_reg_cmds.o: seq_sendto.h spin_globals.h emboss_input_funcs.h
-$O/seq_reg_cmds.o: sequtils.h sip_cmds.h nip_cmds.h raster_cmds.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
-$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/seq_reg_cmds.o: tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
-$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h sequence_pair_display.h seqed.h
-$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
-$O/seq_reg_cmds.o: seq_results.h
-$O/seq_reg_cmds.o: tkSeqedNames.h
-$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
-$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/seq_reg.o: seq_raster.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
-$O/seq_reg.o: spin_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/seq_results.o: codon_content.h seq_results.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
-$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/scramble.h
-$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
-$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h seq_raster.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
-$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
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-$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/seq_sendto.o: seq_reg.h
-$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
+$O/seqed_write.o: seqed_write.h
+$O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
+$O/seqed_write.o: seqed_translate.h tkSeqedUtils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/seqed_write.o: tkSeqed.h
 $O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
-$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/sequence_pair_display.o: seq_raster.h seq_results.h
+$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h sip_results.h
 $O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
-$O/sequence_pair_display.o: spin_globals.h readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
-$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h sequence_pair_display.h
 $O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/sequence_pair_display.o: spin_globals.h readpam.h
 $O/sequence_pair_display.o: seq_reg.h
+$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/sequence_pair_display.o: sequence_pair_display.h seq_raster.h seq_results.h
 $O/sequtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/base_comp.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h seq_results.h
+$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h seq_results.h
 $O/sequtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
-$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/sim.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
-$O/sim.o: seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
-$O/sim.o: sip_sim.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_raster.h
-$O/sim.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/sim.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/sim.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/sim.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/sim.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h
+$O/sim.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/sim.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_raster.h
+$O/sim.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
+$O/sim.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
+$O/sim.o: sip_sim.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
 $O/sim.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
-$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/sip_align.o: readpam.h seq_plot_funcs.h sequence_pair_display.h
-$O/sip_align.o: seq_raster.h sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
+$O/sim.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/sim.o: seq_results.h
+$O/sim.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h sip_align.h
+$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/sip_align.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
-$O/sip_align.o: sip_align.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
 $O/sip_align.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h sip_globals.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
-$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
+$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/sip_align.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
+$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
+$O/sip_align.o: seq_raster.h sip_results.h
+$O/sip_align.o: readpam.h seq_plot_funcs.h sequence_pair_display.h
+$O/sip_align.o: seq_reg.h
 $O/sip_align.o: seq_results.h
-$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/sip_cmds.o: readpam.h sip_similar_spans.h sip_quick_scan.h
-$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h sip_hash.h sip_find_identity.h probs.h
-$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
-$O/sip_cmds.o: sip_globals.h sip_structs.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h sip_results.h
-$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
-$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h sip_sendto.h sip_sim.h sequtils.h
-$O/sip_cmds.o: seq_raster.h seq_results.h
+$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
 $O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
+$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h sip_align.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
 $O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h sip_align.h
-$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h sip_find_identity.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
+$O/sip_cmds.o: seq_raster.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
+$O/sip_cmds.o: seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h sip_globals.h sip_structs.h
+$O/sip_cmds.o: sip_hash.h sip_find_identity.h probs.h readpam.h
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+$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h sip_find_identity.h
+$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
+$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
+$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
+$O/sip_find_identity.o: seq_raster.h
+$O/sip_find_identity.o: sip_hash.h probs.h sip_results.h
 $O/sip_find_identity.o: readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
-$O/sip_find_identity.o: seq_raster.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
+$O/sip_find_identity.o: seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
 $O/sip_find_identity.o: sequence_pair_display.h
-$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
-$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
 $O/sip_find_identity.o: sip_globals.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h seq_plot_funcs.h
-$O/sip_find_identity.o: sip_hash.h probs.h sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
-$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h seq_results.h
-$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
-$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
-$O/sip_globals.o: seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
-$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
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-$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
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 $O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
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+$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
 $O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
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+$O/sip_globals.o: seq_raster.h
+$O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_results.h
 $O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
-$O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_results.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
-$O/sip_hash.o: seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
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+$O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h sip_results.h
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 $O/sip_quick_scan.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h sip_globals.h
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+$O/sip_similar_spans.o: seq_plot_funcs.h sequence_pair_display.h
+$O/sip_similar_spans.o: seq_reg.h
+$O/sip_similar_spans.o: sip_globals.h rescan_matches.h sip_similar_spans.h
+$O/spin_globals.o: spin_globals.h
 $O/splice_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h splice_search.h
 $O/splice_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
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-$O/splice_search.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
-$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
-$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tk_defs.h
-$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
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+$O/splice_search.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
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+$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
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+$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tk_defs.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
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+$O/tkSeqedNames.o: tkSeqedNames.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
 $O/tkSeqedUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
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+$O/tkSeqedUtils.o: seqed_translate.h
 $O/tkSeqedUtils.o: seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
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-$O/tkSeqedUtils.o: tkSeqedNames.h
-$O/trna_search.o: codon_content.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h trna_search.h
+$O/tkSeqedUtils.o: seqed_restriction_enzymes.h seqed_write.h seqed_search.h
+$O/tkSeqedUtils.o: tkSeqedNames.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h
+$O/tkSeqedUtils.o: tkSeqedUtils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
+$O/trna_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
+$O/trna_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
+$O/trna_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h codon_content.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h
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+++ staden-src-1-7-0/src/stops/dependencies	2009-02-23 02:27:43.000000000 +0100
@@ -1,7 +1,5 @@
 
 # DO NOT DELETE
-$O/stops.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
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-$O/stops.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
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--- staden-src-1-7-0.ori/src/text_utils/dependencies	2005-08-26 10:24:33.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/text_utils/dependencies	2009-02-23 02:27:36.000000000 +0100
@@ -1,3 +1,3 @@
 
-$O/check_licence.o: licence.h
 # DO NOT DELETE
+$O/check_licence.o: licence.h
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--- staden-src-1-7-0.ori/src/tk_utils/Makefile	2005-07-07 17:57:33.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/tk_utils/Makefile	2009-02-23 01:53:17.000000000 +0100
@@ -72,12 +72,7 @@
 	@
 
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 	$(SOCKET)
 
 $(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS)$(SHLIB_SUFFIX): $(OBJS) $(DEF_FILE)
@@ -113,8 +108,8 @@
 	-ln -s ../licence/md52.c .
 	-ln -s ../licence/md52.h .
 	-ln -s ../licence/valid_seq.c .
-	-ln -s ../tcl8.4.6/unix/tclAppInit.c .
-	-ln -s ../tk8.4.6/winMain.c .
+	-ln -s /usr/lib/tcl8.4/tclAppInit.c .
+	# -ln -s ../tk8.4.6/winMain.c .
 	touch .links
 	$(MAKE) $(MFLAGS)
 
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/tracediff/staden.h staden-src-1-7-0/src/tracediff/staden.h
--- staden-src-1-7-0.ori/src/tracediff/staden.h	2003-06-09 13:25:23.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/tracediff/staden.h	2009-02-23 02:21:06.000000000 +0100
@@ -22,7 +22,7 @@
 #endif
 
 
-#include <io_lib/include/Read.h>
+#include <io_lib/Read.h>
 #include <licence/licence.h>
 
 
diff -u -r staden-src-1-7-0.ori/src/vector_clip/dependencies staden-src-1-7-0/src/vector_clip/dependencies
--- staden-src-1-7-0.ori/src/vector_clip/dependencies	2005-08-26 10:24:33.000000000 +0200
+++ staden-src-1-7-0/src/vector_clip/dependencies	2009-02-23 02:27:43.000000000 +0100
@@ -1,9 +1,5 @@
 
 # DO NOT DELETE
-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/text_utils/licence.h
-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
-$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
+$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
+$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/text_utils/licence.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
+$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h