Attachment #182848 for bug #251617

View | Details | Raw Unified | Return to bug 251617
Collapse All | Expand All

Lines 55-61 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/course/texi/Makefile (-1 / +1 lines)
55	#-----------------------------------------------------------------------------	55	#-----------------------------------------------------------------------------
56	# The main make targets.	56	# The main make targets.
57		57
58	all: unix windows	58	all: windows
59		59
60	unix: course_unix.ps course_unix.pdf	60	unix: course_unix.ps course_unix.pdf
61		61

Lines 74-84 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/doc/manual/manpages-t.texi (-5 lines)
74	_include(hash_tar.1.texi)	74	_include(hash_tar.1.texi)
75		75
76	@page	76	@page
77	@node Man-init_tar
78	@chapter Init_tar
79	_include(init_tar.1.texi)
80
81	@page
82	@node Man-makeSCF	77	@node Man-makeSCF
83	@chapter MakeSCF	78	@chapter MakeSCF
84	_include(makeSCF.1.texi)	79	_include(makeSCF.1.texi)




	ln -s ../src/mutscan/$i-binaries/mutscan .
	ln -s ../src/polyA_clip/$i-binaries/polyA_clip .
	ln -s ../src/qclip/$i-binaries/qclip .
	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/convert_trace .
	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/extract_seq .
	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/index_tar .
	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/makeSCF .
	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/scf_dump .
	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/scf_info .
	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/scf_update .
	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/trace_dump .
	ln -s ../src/screen_seq/$i-binaries/screen_seq .
	ln -s ../src/tk_utils/$i-binaries/stash .
	ln -s ../src/tracediff/$i-binaries/tracediff .




include	 mk/global.mk

DIRS =	Misc\
	io_lib\
	tk_utils\
	text_utils\
	seq_utils\

# have been manually hacked/bug fixed.
distunix:
	-mkdir $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries 
	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libpng* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libtcl* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libtk* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libitcl* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libitk* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries


distwindows:





# DO NOT DELETE
$O/FtoC.o: os.h
$O/array.o: array.h xerror.h xalloc.h
$O/array_arith.o: os.h
$O/array_arith.o: xalloc.h
$O/array_arith.o: misc.h
$O/bitmap.o: bitmap.h os.h
$O/bitmap.o: xerror.h xalloc.h
$O/bitmap.o: bitmap.h os.h
$O/crash.o: xalloc.h
$O/crash.o: os.h
$O/crash.o: misc.h
$O/date.o: xalloc.h
$O/date.o: os.h
$O/date.o: misc.h
$O/dstring.o: vlen.h
$O/dstring.o: ./dstring.h
$O/filenames.o: misc.h
$O/filenames.o: xalloc.h
$O/filenames.o: misc.h
$O/filenames.o: os.h
$O/files.o: misc.h
$O/files.o: xalloc.h
$O/files.o: os.h
$O/files.o: misc.h
$O/find.o: xalloc.h
$O/find.o: os.h
$O/find.o: misc.h
$O/getfile.o: misc.h os.h
$O/getfile.o: xalloc.h getfile.h
$O/locks.o: locks.h
$O/parse_db.o: xalloc.h parse_db.h
$O/parse_db.o: misc.h os.h
$O/parse_db.o: xalloc.h
$O/shell.o: misc.h
$O/shell.o: xalloc.h
$O/shell.o: os.h
$O/shell.o: misc.h
$O/strings.o: xalloc.h
$O/strings.o: os.h
$O/strings.o: misc.h
$O/vlen.o: vlen.h
$O/xalloc.o: error.h
$O/xerror.o: os.h
$O/xerror.o: xalloc.h
$O/xerror.o: xerror.h misc.h





$O/abiIO.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h
$O/abiIO.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/abiIO.o: abiIO.h
# DO NOT DELETE
$O/abiIO.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/getABIcomment.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/getABIdate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h
$O/getABIdate.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/getABISampleName.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h
$O/getABISampleName.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/getABISampleName.o: abiIO.h
$O/getABIcomment.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/getABIdate.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h

Lines 1-3 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/alf/dependencies (-1 / +1 lines)
1		1
2	$O/alfsplit.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
3	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
		3	$O/alfsplit.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h





$O/bapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/bapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/bapDB.o: process.h list.h bapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/bapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/bapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/bapIO.o: bapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/dapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/dapDB.o: dapDB.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/dapDB.o: process.h list.h dapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/dapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/dapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/dapIO.o: dapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
# DO NOT DELETE
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/actf.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-create.h $(SRCROOT)/gap4/gap-io.h $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/notes.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/gap4/template.h list.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/actf.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/gap4/actf.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/actf.o: $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-io.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-misc.h $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-create.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-defaults.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h $(SRCROOT)/gap4/gap-io.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/gap4/stack_dump.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/gap4/gap-local.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-remote.h $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-if.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/gap4/gap-io.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-init.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-io.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/g/g-connect.h $(SRCROOT)/g/g-db.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-db.h $(SRCROOT)/gap4/gap-local.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/g/g-connect.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-request.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-local.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-request.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/g/g-connect.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-remote.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-db.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-request.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-db.h $(SRCROOT)/gap4/gap-remote.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h list.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/gap4/gap-create.h $(SRCROOT)/gap4/gap-io.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h $(SRCROOT)/gap4/actf.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/notes.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/gap4/template.h list.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h $(SRCROOT)/gap4/fort.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/gap-init.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/IO.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/tk-io-reg.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/tk-io-reg.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/gap4/template.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_handle.o: list.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_utils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/io_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/stack_dump.o: $(SRCROOT)/gap4/stack_dump.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/gap4/gap-error.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/stack_dump.o: $(SRCROOT)/gap4/stack_dump.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/$(SRCROOT)/gap4/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/bapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/bapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/bapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/bapDB.o: process.h list.h bapIO.h newtypes.h
$O/bapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/bapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/bapIO.o: bapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/dapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/dapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/dapDB.o: dapDB.h
$O/dapDB.o: process.h list.h dapIO.h newtypes.h
$O/dapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/dapIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/dapIO.o: dapIO.h newtypes.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/flat_sd.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/flat_sd.o: list.h
$O/flat_sd.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/flat_sd.o: process.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/gapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/gapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/gapDB.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/gapDB.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/gapDB.o: process.h list.h gapDB.h
$O/gapDB.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/gapDB.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gapDB.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/list.o: list.h
$O/main.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/main.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/main.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/main.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/main.o: list.h process.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/process.o: process.h dapDB.h bapDB.h gapDB.h flat_sd.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/process.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/process.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/process.o: list.h
$O/process.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/process.o: process.h dapDB.h bapDB.h gapDB.h flat_sd.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h





# DO NOT DELETE
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/active_tags.h $(SRCROOT)/gap4/tagdb.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/complement.h copy_reads.h $(SRCROOT)/gap4/gap_cli_arg.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/consen.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/assemble_direct.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/seqInfo.h $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/undo.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/fij.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h
$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/copy_reads.o: copy_reads_globals.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
# DO NOT DELETE





$O/conf.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/conf.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
$O/conf.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/conf.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
$O/conf.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/conf.o: conf.h
# DO NOT DELETE
$O/conf.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/conf.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/conf.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/conf.o: conf.h
$O/qual.o: conf.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/qual.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h

Lines 1-8 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/find_renz/dependencies (-3 / +3 lines)
1		1
2	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
3	$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h	3	$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
4	$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	4	$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
5	$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
6	$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h	5	$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
		6	$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
7	$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	7	$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
8	$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h	8	$O/find_renz.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h





# DO NOT DELETE
$O/freetree.o: freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-os.h
$O/freetree.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/freetree.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/freetree.o: freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-os.h
$O/g-connect.o: g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/g-connect.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/g-connect.o: g-connect.h g-struct.h freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/g-connect.o: g-defs.h g-db.h
$O/g-connect.o: g-os.h
$O/g-connect.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h g-defs.h g-db.h
$O/g-connect.o: g-filedefs.h
$O/g-connect.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/g-db.o: g-defs.h g-files.h g-io.h g-request.h
$O/g-db.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-db.h g-struct.h freetree.h g-error.h g-os.h
$O/g-db.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/g-db.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/g-db.o: g-filedefs.h g-defs.h g-files.h g-io.h g-request.h
$O/g-error.o: g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-misc.h
$O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h freetree.h g-error.h g-os.h
$O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/g-files.o: g-files.h g-struct.h g-filedefs.h g-io.h g-db.h g-defs.h
$O/g-io.o: g-struct.h freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-os.h
$O/g-io.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h g-io.h
$O/g-io.o: g-files.h
$O/g-io.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/g-io.o: g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h g-io.h
$O/g-io.o: g-struct.h freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-os.h
$O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h freetree.h g-error.h g-os.h
$O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/g-request.o: g-misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/g-request.o: g-request.h g-struct.h g-filedefs.h g-files.h g-defs.h g-db.h
$O/g-struct.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h freetree.h g-error.h g-os.h
$O/g-struct.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/g-struct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/g-struct.o: g-files.h g-struct.h g-filedefs.h g-io.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h

Lines 165-170 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/gap4/Makefile (+3 lines)
165	$(P3_LIB)	165	$(P3_LIB)
166		166
167	GAP4SH_LIBS=\	167	GAP4SH_LIBS=\
		168	$(ZLIB_LIB) \
		169	$(PNG_LIB) \
		170	$(CURL_LIB) \
168	$(IOLIB_LIB) \	171	$(IOLIB_LIB) \
169	$(G_LIB) \	172	$(G_LIB) \
170	$(SEQUTILS_LIB) \	173	$(SEQUTILS_LIB) \





# DO NOT DELETE
$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h notes.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h gap-init.h gap-dbstruct.h gap-create.h gap-io.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/IO.o: edStructs.h fort.h tkEditor.h
$O/IO.o: gap-error.h IO.h io_handle.h io_utils.h actf.h edUtils.h qual.h
$O/IO.o: undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/IO2.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/IO2.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/IO2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/IO2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
$O/IO2.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/IO2.o: clones.h
$O/IO2.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/IO2.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
$O/IO2.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/IO2.o: fort.h tkEditor.h
$O/IO2.o: IO2.h tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/IO2.o: io_handle.h
$O/IO2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/IO2.o: contig_selector.h cs-object.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/IO2.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/IO2.o: io_utils.h
$O/IO2.o: seqInfo.h notes.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/IO2.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap-create.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/IO2.o: undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/IO3.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/IO3.o: edUtils.h qual.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/IO3.o: edStructs.h fort.h tkEditor.h
$O/IO3.o: gap-error.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/IO3.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/IO3.o: io_handle.h io_utils.h
$O/IO3.o: undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h actf.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/actf.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/actf.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/actf.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/actf.o: fort.h
$O/actf.o: io_utils.h
$O/actf.o: io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/active_tags.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/active_tags.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/active_tags.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/active_tags.o: tagdb.h
$O/active_tags.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/active_tags.o: io_handle.h contigEditor.h
$O/active_tags.o: fort.h edStructs.h
$O/active_tags.o: list_proc.h io_utils.h
$O/active_tags.o: qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/active_tags.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/active_tags.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/active_tags.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/alter_rel.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
$O/alter_rel.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/alter_rel.o: gap-error.h fort.h tagUtils.h edStructs.h
$O/alter_rel.o: io-reg.h alter_rel.h
$O/alter_rel.o: IO.h
$O/alter_rel.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/alter_rel.o: io_handle.h
$O/alter_rel.o: dis_readings.h
$O/alter_rel.o: io_utils.h
$O/alter_rel.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/alter_rel.o: tkEditor.h
$O/alter_rel.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/assemble_direct.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h list_proc.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h list_proc.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seqInfo.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h clones.h notes.h dis_readings.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_utils.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h IO2.h tagUtils.h edStructs.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
$O/assemble_direct.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
$O/assemble_direct.o: gap-dbstruct.h
$O/assemble_direct.o: io_utils.h
$O/assemble_direct.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/assemble_direct.o: assemble_direct.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/assemble_direct.o: dis_readings.h
$O/assemble_direct.o: fort.h tkEditor.h
$O/assemble_direct.o: fortran.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h clones.h notes.h
$O/assemble_direct.o: primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/assemble_direct.o: seqInfo.h consen.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/assemble_direct.o: template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
$O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/auto_assemble.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/auto_assemble.o: list_proc.h io_utils.h
$O/auto_assemble.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/auto_assemble.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/auto_assemble.o: io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/auto_assemble.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/auto_assemble.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h fort.h complement.h
$O/break_contig.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/break_contig.o: io-reg.h fort.h dis_readings.h
$O/break_contig.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/break_contig.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/break_contig.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/break_contig.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/break_contig.o: io-reg.h fort.h dis_readings.h
$O/break_contig.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/break_contig.o: io_handle.h io_utils.h
$O/break_contig.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/break_contig.o: gap-dbstruct.h
$O/bubbl3.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/check_assembly.o: contigEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/check_assembly.o: contig_selector.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/check_assembly.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/check_assembly.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/check_assembly.o: io-reg.h cs-object.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/check_assembly.o: list.h undo.h edUtils.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h contig_selector.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h fort.h edStructs.h tkEditor.h
$O/check_assembly.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h consen.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/check_assembly.o: fort.h
$O/check_assembly.o: qual.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
$O/check_assembly.o: contigEditor.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/check_assembly.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/check_assembly.o: gap-dbstruct.h
$O/check_assembly.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/check_assembly.o: edStructs.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/check_assembly.o: io-reg.h cs-object.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/check_assembly.o: io_handle.h io_utils.h
$O/check_assembly.o: list.h undo.h edUtils.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
$O/clip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/clip.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/clip.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
$O/clip.o: qual.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h tagUtils.h
$O/clip.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/clip.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h clip.h IO.h
$O/clip.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/clip.o: edStructs.h fort.h tkEditor.h
$O/clip.o: gap-dbstruct.h
$O/clip.o: gap_globals.h
$O/clip.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/clip.o: io_utils.h
$O/clip.o: tagDefs.h fortran.h dis_readings.h
$O/clip.o: undo.h edUtils.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
$O/clip.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/clones.o: clones.h notes.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/clones.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
$O/clones.o: gap-dbstruct.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/clones.o: io_handle.h io_utils.h
$O/clones.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/clones.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/clones.o: tagDefs.h fortran.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/clones.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/clones.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/clones.o: io_handle.h
$O/clones.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/clones.o: fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/clones.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/clones.o: gap-defaults.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/clones.o: io_utils.h
$O/clones.o: seqInfo.h clones.h notes.h
$O/clones.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/clones.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/complement.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h list_proc.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/complement.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/complement.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h fort.h tagUtils.h edStructs.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/complement.o: IO.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h fort.h tagUtils.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/complement.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/complement.o: complement.h gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h io-reg.h
$O/complement.o: edStructs.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/complement.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/complement.o: io_utils.h
$O/complement.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/confidence_graph.o: newgap_cmds.h list.h gap_globals.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h consen.h qual.h
$O/confidence_graph.o: io-reg.h
$O/confidence_graph.o: gap_canvas_box.h
$O/confidence_graph.o: gap-dbstruct.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/confidence_graph.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/confidence_graph.o: IO.h
$O/confidence_graph.o: confidence_graph.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/confidence_graph.o: consistency_display.h ruler_display.h
$O/confidence_graph.o: newgap_cmds.h list.h gap_globals.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h edUtils.h qual.h edStructs.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/consen.o: io_utils.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/consen.o: list_proc.h extract.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/consen.o: qual.h edStructs.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h consen.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/consen.o: io_utils.h IO.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/consen.o: io_handle.h fort.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/consen.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/consen.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/consen.o: list_proc.h extract.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
$O/consen.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/consen.o: tkEditor.h
$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io-reg.h
$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/consistency_canvas_box.o: consistency_display.h
$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/consistency_canvas_box.o: gap-dbstruct.h
$O/consistency_canvas_box.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/consistency_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/consistency_canvas_box.o: gap_canvas_box.h
$O/consistency_canvas_box.o: io-reg.h
$O/consistency_canvas_box.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/consistency_canvas_box.o: io_utils.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/consistency_display.o: io_handle.h io_utils.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/consistency_display.o: template_display.h hash.h list.h template.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h gap_globals.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/consistency_display.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/consistency_display.o: gap_canvas_box.h
$O/consistency_display.o: consistency_canvas_box.h consistency_display.h
$O/consistency_display.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/consistency_display.o: io_handle.h io_utils.h
$O/consistency_display.o: ruler_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h
$O/consistency_display.o: template_display.h hash.h list.h template.h
$O/contigEditor.o: io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/contigEditor.o: list_proc.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h $(SRCROOT)/Misc/locks.h
$O/contigEditor.o: qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h select.h tman_interface.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/contigEditor.o: io-reg.h
$O/contigEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/contigEditor.o: fort.h tkEditor.h
$O/contigEditor.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/contigEditor.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/contigEditor.o: gap_cli_arg.h gap_globals.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/contigEditor.o: io_utils.h
$O/contigEditor.o: list_proc.h
$O/contigEditor.o: qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/contigEditor.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/contigEditor.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/contig_order.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/contig_order.o: QueueInterface.h SeqQueueTypes.h
$O/contig_order.o: template.h list.h io-reg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/contig_selector.o: cs-object.h newgap_cmds.h list.h gap_globals.h
$O/contig_selector.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/contig_selector.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h io-reg.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/contig_selector.o: template.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/contig_selector.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h tagdb.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/contig_selector.o: io-reg.h cs-object.h newgap_cmds.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/contig_selector.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
$O/contig_selector.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/contig_selector.o: active_tags.h template_display.h hash.h ruler_display.h
$O/contig_selector.o: contig_selector.h complement.h contigEditor.h fort.h
$O/contig_selector.o: edStructs.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/contig_selector.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/contig_selector.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/contig_selector.o: list.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/contig_selector.o: template.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h copy_db.h
$O/copy_db.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/copy_db.o: io_handle.h io_utils.h
$O/copy_db.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h gap-create.h
$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/copy_db_main.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/copy_db_main.o: copy_db.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/copy_db_main.o: io_handle.h io_utils.h
$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h copy_db.h
$O/copy_db.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/copy_db.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/cs-object.o: cs-object.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/cs-object.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/cs-object.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h contig_selector.h
$O/cs-object.o: io-reg.h newgap_cmds.h
$O/cs-object.o: tk-io-reg.h
$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/cs-object.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h cs-object.h
$O/cs-object.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/cs-object.o: list.h gap_globals.h
$O/cs-object.o: contig_selector.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/cs-object.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/dbcheck.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/dbcheck.o: gap-error.h dbcheck.h gap_globals.h
$O/dbcheck.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/dbcheck.o: fortran.h
$O/dbcheck.o: io_utils.h
$O/dbcheck.o: io_handle.h
$O/dbcheck.o: fort.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/dis_readings.o: IO2.h fort.h list_proc.h dis_readings.h tagUtils.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h notes.h dbcheck.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/dis_readings.o: IO.h
$O/dis_readings.o: io_handle.h io_utils.h
$O/dis_readings.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/dis_readings.o: IO2.h fort.h list_proc.h dis_readings.h tagUtils.h
$O/dis_readings.o: edStructs.h tkEditor.h
$O/dis_readings.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
$O/dis_readings.o: notes.h dbcheck.h
$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/do_fij.o: fij.h io_utils.h IO.h
$O/do_fij.o: io_handle.h consen.h hash_lib.h
$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/do_fij.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
# DO NOT DELETE
$O/dstrand.o: complement.h
$O/dstrand.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h qual.h edUtils.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/dstrand.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h dstrand.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h IO2.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/dstrand.o: io_utils.h
$O/dstrand.o: undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/dstrand.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/dstrand.o: io_handle.h qual.h edUtils.h
$O/dstrand.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/dstrand.o: complement.h
$O/dstrand.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
$O/dstrand.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/dstrand.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/dstrand.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/edCommands.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/edCommands.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h select.h tman_interface.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEditor.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/edCommands.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/edCommands.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/edCommands.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/edCommands.o: fort.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/edCommands.o: edStructs.h
$O/edCommands.o: io_handle.h tkEditor.h
$O/edCommands.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/edCommands.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/edCommands.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/edCommands.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/edCommands.o: io_utils.h
$O/edCommands.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/edCommands.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/edExtend.o: io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/edExtend.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h select.h extend.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/edExtend.o: IO.h
$O/edExtend.o: edUtils.h
$O/edExtend.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h
$O/edExtend.o: io_handle.h tkEditor.h
$O/edExtend.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/edExtend.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/edExtend.o: io_utils.h
$O/edExtend.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/edExtend.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/edExtend.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/edInterface.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h extend.h active_tags.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/edInterface.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/edInterface.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/edInterface.o: hash.h ruler_display.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/edInterface.o: fort.h io_utils.h
$O/edInterface.o: io_handle.h tkEditor.h
$O/edInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/edInterface.o: edUtils.h qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/edInterface.o: gap-dbstruct.h
$O/edInterface.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/edInterface.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h qualIO.h notes.h
$O/edInterface.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/edInterface.o: tagdb.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h template_display.h
$O/edInterface.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/edInterface.o: tman_interface.h
$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h tman_interface.h
$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h edUtils.h qual.h
$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/edMutations.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/edMutations.o: tman_interface.h
$O/edMutations.o: parse_ft.h
$O/edMutations.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/edMutations.o: gap-dbstruct.h
$O/edMutations.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h
$O/edMutations.o: edUtils.h
$O/edMutations.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/edMutations.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/edMutations.o: io_utils.h
$O/edMutations.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/edMutations.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/edMutations.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/edMutations.o: tkEditor.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h tman_interface.h $(SRCROOT)/Misc/locks.h IO2.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h edUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/edUtils2.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h contigEditor.h select.h extend.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/edUtils2.o: IO.h
$O/edUtils2.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/edUtils2.o: gap-dbstruct.h
$O/edUtils2.o: fort.h io_utils.h
$O/edUtils2.o: io_handle.h tkEditor.h
$O/edUtils2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/edUtils2.o: active_tags.h tagdb.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/edUtils2.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/edUtils2.o: notes.h
$O/edUtils2.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/edUtils2.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h edUtils.h qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/extract.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h extract.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h notes.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/extract.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/extract.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/extract.o: io_handle.h io_utils.h fort.h
$O/extract.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/extract.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/extract.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/extract.o: tkEditor.h
$O/f2c.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h f2c.h
$O/f2c.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/f2c.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/fij.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/fij.o: io_handle.h fort.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h fij.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h fort.h gap_globals.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h io-reg.h contig_selector.h cs-object.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h fij.h consen.h hash_lib.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/fij.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/fij.o: IO.h
$O/fij.o: newgap_cmds.h list.h contigEditor.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h undo.h
$O/fij.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/fij.o: io_utils.h
$O/fij.o: complement.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/fij.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/fij.o: edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/fij.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/fij.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h find_fragments.h qual.h
$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/find_fragments.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/find_fragments.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/find_fragments.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/find_fragments.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/find_fragments.o: io_handle.h io_utils.h
$O/find_oligo.o: contig_selector.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h contigEditor.h
$O/find_oligo.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h
$O/find_oligo.o: gap-dbstruct.h
$O/find_oligo.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h cs-object.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/find_oligo.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/find_oligo.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tagdb.h
$O/find_oligo.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/find_oligo.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h template_display.h hash.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h complement.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/find_oligo.o: tagUtils.h
$O/find_oligo.o: fort.h tkEditor.h
$O/find_oligo.o: io_utils.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/find_oligo.o: io_handle.h
$O/find_oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/find_oligo.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/find_oligo.o: contig_selector.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h contigEditor.h
$O/find_oligo.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/find_oligo.o: gap-dbstruct.h
$O/find_oligo.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h cs-object.h
$O/find_oligo.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
$O/find_oligo.o: ruler_display.h $(SRCROOT)/seq_utils/search_utils.h
$O/find_oligo.o: tagdb.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h find_repeats.h consen.h gap_hash.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/find_repeats.o: edStructs.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/find_repeats.o: io_handle.h io_utils.h
$O/find_repeats.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/find_repeats.o: cs-object.h io-reg.h contig_selector.h
$O/find_repeats.o: fort.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h complement.h contigEditor.h
$O/find_repeats.o: gap-dbstruct.h
$O/find_repeats.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/find_repeats.o: qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/find_repeats.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/find_repeats.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h cs-object.h io-reg.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h edStructs.h tkEditor.h
$O/find_repeats.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/find_repeats.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/find_repeats.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/find_repeats.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/gap_array.o: active_tags.h tagdb.h
$O/gap_array.o: gap_array.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/gap_array.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/gap_array.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/gap_array.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/gap_array.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/gap_canvas_box.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io-reg.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/gap_canvas_box.o: gap-dbstruct.h
$O/gap_canvas_box.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/gap_cli_arg.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/gap_cli_arg.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/gap_cli_arg.o: io_utils.h
$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/gap_cli_arg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap-create.o: gap-dbstruct.h gap-init.h gap-io.h gap-defaults.h
$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/g/g-misc.h gap-error.h gap-if.h
$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-io.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-create.h
$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-create.h gap-dbstruct.h
$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-io.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/g/g-misc.h gap-error.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/gap-create.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/gap-create.o: gap-init.h gap-io.h gap-defaults.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h gap-dbstruct.h
$O/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/gap-dbstruct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/gap-error.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h gap-error.h
$O/gap-error.o: stack_dump.h
$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-local.h gap-remote.h
$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/gap_globals.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/gap_globals.o: io_utils.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h hash_lib.h notedb.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h consen.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/read_matrix.h gap_globals.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/gap_globals.o: fort.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/gap_hash.o: gap-dbstruct.h
$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/gap_hash.o: io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h gap_hash.h hash_lib.h
$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/gap_hash.o: io_utils.h IO.h
$O/gap_hash.o: fort.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap-if.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-local.h gap-remote.h gap-init.h
$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/gap-if.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap-if.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/gap-if.o: gap-init.h
$O/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h gap-io.h
$O/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/gap-init.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/gap-init.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap-init.o: gap-init.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/gap-io.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap-io.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/gap-io.o: gap-error.h gap-if.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/g/g-connect.h $(SRCROOT)/g/g-db.h
$O/gap-local.o: $(SRCROOT)/g/g-request.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/gap-local.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap-local.o: gap-local.h gap-if.h gap-dbstruct.h
$O/gap-remote.o: gap-dbstruct.h
$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-db.h gap-remote.h gap-if.h
$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/g/g-connect.h
$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-db.h gap-remote.h
$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/g/g-request.h
$O/gap-remote.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap-remote.o: gap-dbstruct.h
$O/gap-remote.o: gap-if.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h clones.h seqInfo.h gap-tcl.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h IO.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/gap-tcl.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
$O/gap-tcl.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/gap-tcl.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h gap-error.h tagUtils.h
$O/gap-tcl.o: io_utils.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/gap-tcl.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/gap-tcl.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/gap-tcl.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/gap_array.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/gap_array.o: active_tags.h tagdb.h
$O/gap_array.o: gap_array.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/gap_canvas_box.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/gap_canvas_box.o: gap-dbstruct.h
$O/gap_canvas_box.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/gap_canvas_box.o: io-reg.h
$O/gap_canvas_box.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/gap_cli_arg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/gap_cli_arg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h io_utils.h
$O/gap_cli_arg.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/gap_cli_arg.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h hash_lib.h notedb.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h consen.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/seq_utils/read_matrix.h
$O/gap_globals.o: fort.h
$O/gap_globals.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/gap_globals.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/gap_globals.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap_globals.o: io_utils.h
$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/gap_hash.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/gap_hash.o: io_utils.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/gap_hash.o: fort.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/gap_hash.o: io_handle.h
$O/gap_hash.o: gap_hash.h hash_lib.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
$O/hash.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/hash.o: hash.h
$O/hash_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/hash_lib.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h hash_lib.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
$O/hash_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/hash_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/init.o: active_tags.h tagdb.h
$O/init.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h edStructs.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/init.o: newgap_cmds.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h gap-tcl.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/init.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/init.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h contigEditor.h fort.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/init.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/init.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/init.o: gap-error.h
$O/init.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/init.o: io_utils.h
$O/init.o: tkEditor.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/init.o: active_tags.h tagdb.h
$O/init.o: io_handle.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/init.o: newgap_cmds.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h gap-tcl.h
$O/init.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/io-reg.o: io-reg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/io-reg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/io-reg.o: io_handle.h io_utils.h
$O/io-reg.o: gap-dbstruct.h
$O/io-reg.o: tk-io-reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/IO2.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/IO2.o: clones.h seqInfo.h notes.h
$O/IO2.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/IO2.o: fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/IO2.o: IO2.h tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/IO2.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/IO3.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/IO3.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h gap-error.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
$O/IO3.o: IO.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/IO3.o: edUtils.h qual.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
$O/IO3.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/io_handle.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/io_handle.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h edUtils.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/io_handle.o: qual.h edStructs.h fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/io_handle.o: edUtils.h qual.h edStructs.h fort.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/io_handle.o: IO.h
$O/io_handle.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/io_handle.o: io_handle.h io_utils.h
$O/io_handle.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/io_handle.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/io_handle.o: tkEditor.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h gap-init.h gap-dbstruct.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/g/g-error.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/IO.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h notes.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
$O/IO.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/io-reg.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h tk-io-reg.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/io-reg.o: io-reg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/io-reg.o: IO.h
$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/io_utils.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/io_utils.o: io_utils.h
$O/io_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/io_utils.o: io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/io_utils.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/join.o: fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/join.o: gap-dbstruct.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/join.o: IO2.h contigEditor.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/join.o: io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h hash_lib.h notes.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h IO2.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/join.o: IO.h
$O/join.o: fort.h
$O/join.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
$O/join.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/join.o: io_handle.h
$O/join.o: contigEditor.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/join.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/join.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/join.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/join.o: io_utils.h
$O/join.o: tkEditor.h
$O/join.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/join.o: undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/list.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/list.o: list.h
$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h newgap_cmds.h
$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h newgap_cmds.h
$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/list_proc.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/list_proc.o: gap-dbstruct.h
$O/list_proc.o: io_utils.h
$O/list_proc.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/list_proc.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/list_proc.o: list.h gap_globals.h
$O/list_proc.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/mess.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h newgap_cmds.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/locks.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/read_matrix.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h quality_plot.h restriction_enzymes.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/newgap_cmds.o: break_contig.h readpair.h tk-io-reg.h cs-object.h complement.h
$O/newgap_cmds.o: check_assembly.h probe.h find_oligo.h show_relationships.h
$O/newgap_cmds.o: consistency_display.h confidence_graph.h gap-create.h
$O/newgap_cmds.o: contig_order.h clip.h notes.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
$O/newgap_cmds.o: dbcheck.h alter_rel.h dstrand.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/newgap_cmds.o: extract.h preass.h copy_db.h oligo_sel.h contig_selector.h
$O/newgap_cmds.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/newgap_cmds.o: gap_array.h fij.h consen.h hash_lib.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
$O/newgap_cmds.o: gap_canvas_box.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/newgap_cmds.o: gap_globals.h template_display.h hash.h active_tags.h tagdb.h
$O/newgap_cmds.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/newgap_cmds.o: io-reg.h ruler_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h qual.h
$O/newgap_cmds.o: io_utils.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h newgap_cmds.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/newgap_cmds.o: plot_quality.h auto_assemble.h dis_readings.h find_repeats.h
$O/newgap_cmds.o: qualIO.h gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h newgap_structs.h
$O/newgap_cmds.o: reactions.h list_proc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/newgap_cmds.o: readpair_coverage.h reading_coverage.h strand_coverage.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/locks.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/read_matrix.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/newgap_cmds.o: shuffle_pads.h
$O/newgap_cmds.o: stop_codon.h assemble_direct.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
$O/newgap_cmds.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/newgap_cmds.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/newgap_cmds.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/newgap_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/notedb.o: notedb.h
$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/notedb.o: $(SRCROOT)/Misc/parse_db.h notedb.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h gap_globals.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h gap_cli_arg.h
$O/notes.o: io_handle.h io_utils.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/notes.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/notes.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/notes.o: undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/notes.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/notes.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/notes.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/notes.o: notes.h
$O/notes.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
$O/notes.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/notes.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/oligo.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h tkEditor.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/oligo.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/oligo.o: edStructs.h
$O/oligo.o: fort.h io_utils.h
$O/oligo.o: edStructs.h
$O/oligo.o: io_handle.h tkEditor.h
$O/oligo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/oligo.o: oligo.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/reg_exp.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/oligo.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/oligo.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h oligo_sel.h dstrand.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/oligo_sel.o: list.h undo.h edUtils.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/oligo_sel.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h qual.h tagUtils.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/oligo_sel.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h oligo_sel.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/oligo_sel.o: IO.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/oligo_sel.o: io_handle.h qual.h tagUtils.h
$O/oligo_sel.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/oligo_sel.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h
$O/oligo_sel.o: list_proc.h io_utils.h
$O/oligo_sel.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/oligo_sel.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/parse_ft.o: parse_ft.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/parse_ft.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/parse_ft.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/parse_ft.o: parse_ft.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf_extras.h preass.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/preass.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/preass.o: tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/preass.o: io_handle.h io_utils.h
$O/preass.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/preass.o: preass.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h clones.h dbcheck.h
$O/preass.o: seqInfo.h tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
$O/preass.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/preass.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/primlib.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/primlib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/primlib.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
$O/primlib.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/primlib.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h primlib.h
$O/primlib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/primlib.o: gap_globals.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/probe.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h fort.h primlib.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h assemble_direct.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seqInfo.h
$O/probe.o: gap_globals.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
$O/probe.o: probe.h
$O/probe.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/probe.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/probe.o: gap-dbstruct.h
$O/probe.o: io_handle.h io_utils.h
$O/qual.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h gap_globals.h
$O/qual.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/qual.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/qual.o: qualP.h
$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/qualIO.o: IO2.h qual.h qualP.h
$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h IO.h
$O/qualIO.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/qualIO.o: gap-dbstruct.h
$O/qualIO.o: gap_globals.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h qual.h
$O/quality_plot.o: quality_plot.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h fort.h
$O/quality_plot.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/quality_plot.o: template_display.h hash.h template.h ruler_display.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/quality_plot.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h fort.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/quality_plot.o: qual.h quality_plot.h
$O/quality_plot.o: io-reg.h
$O/quality_plot.o: gap_canvas_box.h newgap_cmds.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h
$O/quality_plot.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/quality_plot.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/quality_plot.o: edUtils.h edStructs.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/quality_plot.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/quality_plot.o: io_utils.h
$O/quality_plot.o: list.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/quality_plot.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/quality_plot.o: template_display.h hash.h template.h ruler_display.h
$O/quality_plot.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
$O/reactions.o: list.h undo.h edUtils.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/reactions.o: qualP.h tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h tkEditor.h
$O/reactions.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h fort.h qual.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/reactions.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/reactions.o: IO.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/reactions.o: io_utils.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/reactions.o: io_handle.h fort.h qual.h qualP.h
$O/reactions.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/reactions.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/reactions.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h tkEditor.h
$O/reactions.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/reactions.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h reading_coverage.h
$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/reading_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/reading_coverage.o: template_display.h
$O/reading_coverage.o: hash.h list.h template.h
$O/reading_coverage.o: gap-dbstruct.h
$O/reading_coverage.o: io-reg.h IO.h
$O/reading_coverage.o: consen.h qual.h consistency_display.h
$O/reading_coverage.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/reading_coverage.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h newgap_cmds.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/readpair_coverage.o: io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/readpair_coverage.o: io_utils.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h reading_coverage.h readpair_coverage.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/readpair_coverage.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h newgap_cmds.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/readpair_coverage.o: template_display.h
$O/readpair_coverage.o: hash.h list.h template.h
$O/readpair_coverage.o: gap-dbstruct.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/readpair.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h contigEditor.h edStructs.h
$O/readpair.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h undo.h edUtils.h qual.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h io-reg.h cs-object.h contig_selector.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/readpair.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/readpair.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h complement.h readpair.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/readpair.o: list.h
$O/readpair.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/readpair.o: gap-dbstruct.h
$O/readpair.o: newgap_cmds.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/readpair.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h list.h
$O/readpair.o: IO.h
$O/readpair.o: fortran.h fort.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h io-reg.h
$O/readpair.o: io_handle.h io_utils.h
$O/readpair.o: cs-object.h contig_selector.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/readpair.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/readpair.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h contigEditor.h edStructs.h
$O/readpair.o: newgap_cmds.h
$O/readpair.o: tagUtils.h tagDefs.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/readpair.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/readpair.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h reading_coverage.h readpair_coverage.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/readpair_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/readpair_coverage.o: template_display.h
$O/readpair_coverage.o: hash.h list.h template.h
$O/readpair_coverage.o: gap-dbstruct.h
$O/readpair_coverage.o: io-reg.h
$O/readpair_coverage.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/readpair_coverage.o: consen.h qual.h consistency_display.h
$O/readpair_coverage.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/readpair_coverage.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h newgap_cmds.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h qual.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/restriction_enzymes.o: ruler_display.h restriction_enzymes.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
$O/restriction_enzymes.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h
$O/restriction_enzymes.o: template_display.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h hash.h list.h template.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/restriction_enzyme_map.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/restriction_enzymes.o: gap_canvas_box.h
$O/restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
$O/restriction_enzymes.o: io_handle.h io_utils.h
$O/restriction_enzymes.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/restriction_enzymes.o: hash.h list.h template.h ruler_display.h
$O/restriction_enzymes.o: io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/restriction_enzymes.o: list_proc.h newgap_cmds.h gap_globals.h
$O/restriction_enzymes.o: restriction_enzymes.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
$O/restriction_enzymes.o: template_display.h
$O/restriction_enzymes.o: undo.h edUtils.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h
$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/ruler_display.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/ruler_display.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/ruler_display.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h ruler_display.h
$O/ruler_display.o: template_display.h io-reg.h hash.h list.h template.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/reg_exp.h contigEditor.h active_tags.h tagdb.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/reg_exp.h contigEditor.h active_tags.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/search_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h select.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h tman_interface.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h select.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/searchUtils.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/searchUtils.o: edUtils.h edStructs.h
$O/searchUtils.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/searchUtils.o: io_handle.h tkEditor.h
$O/searchUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/searchUtils.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/searchUtils.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/searchUtils.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
$O/seqInfo.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seqInfo.o: io_handle.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqInfo.o: io_utils.h
$O/seqInfo.o: parse_ft.h tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
$O/seqInfo.o: tagdb.h
$O/seqInfo.o: tagDefs.h fortran.h tagdb.h $(SRCROOT)/io_lib/include/open_trace_file.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/seqInfo.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/seqInfo.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/seqInfo.o: undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/show_relationships.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/show_relationships.o: io_handle.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h newgap_structs.h
$O/show_relationships.o: io_utils.h
$O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/show_relationships.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/show_relationships.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/show_relationships.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/show_relationships.o: io_handle.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h newgap_structs.h
$O/show_relationships.o: io_utils.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h shuffle_pads.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h tagUtils.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/shuffle_pads.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/shuffle_pads.o: IO.h
$O/shuffle_pads.o: io_handle.h io_utils.h
$O/shuffle_pads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/shuffle_pads.o: edStructs.h fort.h tkEditor.h
$O/shuffle_pads.o: list.h undo.h edUtils.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h stack_dump.h
$O/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/stack_dump.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/stack_dump.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h gap-error.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h edUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h hash.h list.h template.h
$O/stop_codon.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/restriction_enzyme_map.h qual.h gap_globals.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h stop_codon.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/stop_codon.o: io-reg.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h
$O/stop_codon.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/stop_codon.o: io_handle.h io_utils.h
$O/stop_codon.o: hash.h list.h template.h ruler_display.h
$O/stop_codon.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/stop_codon.o: gap_canvas_box.h template_display.h
$O/stop_codon.o: restriction_enzymes.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
$O/stop_codon.o: tkEdNames.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/strand_coverage.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/strand_coverage.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h consen.h qual.h
$O/strand_coverage.o: template_display.h
$O/strand_coverage.o: hash.h list.h template.h
$O/strand_coverage.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/strand_coverage.o: io-reg.h IO.h
$O/strand_coverage.o: consistency_display.h strand_coverage.h
$O/strand_coverage.o: gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/strand_coverage.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/strand_coverage.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h newgap_cmds.h
$O/tagdb.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/tagEditor.o: io_utils.h
$O/tagEditor.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/tagEditor.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/tagEditor.o: edUtils.h qual.h edStructs.h fort.h
$O/tagEditor.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tagEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tagEditor.o: io_utils.h
$O/tagEditor.o: select.h
$O/tagEditor.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/tagEditor.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h tagUtils.h fortran.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h contigEditor.h tagdb.h notedb.h active_tags.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
$O/tagU1.o: select.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tagU1.o: tagDefs.h undo.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tagU1.o: tagUtils.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/tagU1.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/tagU1.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/tagU1.o: IO.h
$O/tagU1.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tagU1.o: fort.h io_utils.h
$O/tagU1.o: contigEditor.h tagdb.h notedb.h active_tags.h select.h
$O/tagU1.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/tagU1.o: tagDefs.h undo.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tagU1.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h contigEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h dbcheck.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h qual.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h dbcheck.h active_tags.h tagdb.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/tagU2.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/tagU2.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/tagU2.o: fort.h io_utils.h
$O/tagU2.o: tagUtils.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tagU2.o: io_handle.h tkEditor.h
$O/tagU2.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tagU2.o: active_tags.h tagdb.h $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h qualIO.h gap_globals.h
$O/tagU2.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tagU2.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/tagdb.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tagdb.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tagdb.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tagdb.o: $(SRCROOT)/Misc/parse_db.h tagdb.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h edUtils.h qual.h tman_display.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/template.o: gap-dbstruct.h
$O/template.o: io_handle.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/template.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/template.o: io_utils.h
$O/template.o: template.h list.h tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
$O/template.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/template_display.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h tagdb.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h io_handle.h io_utils.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h contig_selector.h cs-object.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h gap_globals.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h primlib.h
$O/template_display.o: tagUtils.h edStructs.h
$O/template_display.o: hash.h list.h template.h
$O/template_display.o: io-reg.h IO.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h
$O/template_display.o: gap-dbstruct.h
$O/template_display.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/template_display.o: template_display.h
$O/template_display.o: active_tags.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/Misc/vlen.h
$O/template_display.o: edUtils.h qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/template_display.o: ruler_display.h gap_canvas_box.h tagdb.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/template.o: io_handle.h io_utils.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/template.o: qual.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/template.o: tagDefs.h fortran.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/template.o: template.h list.h tagUtils.h edStructs.h fort.h tkEditor.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/template.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h undo.h edUtils.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/template.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h IO.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/template.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/text-io-reg.o: gap-dbstruct.h
$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/text-io-reg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/text-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/text-io-reg.o: io_handle.h io_utils.h
$O/text-io-reg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/text-io-reg.o: gap-dbstruct.h
$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h consistency_display.h
$O/tk-io-reg.o: tk-io-reg.h io-reg.h
$O/tk-io-reg.o: newgap_structs.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tk-io-reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/tk-io-reg.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/tk-io-reg.o: cs-object.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/tk-io-reg.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h newgap_cmds.h list.h
$O/tk-io-reg.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h contig_selector.h
$O/tk-io-reg.o: io_handle.h io_utils.h
$O/tk-io-reg.o: template_display.h hash.h template.h ruler_display.h
$O/tkEditor.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/tkEditor.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h
$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/tkEditor.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/tkEdNames.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tkEdNames.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/tkEdNames.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tkEdNames.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h notes.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_config.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h tkEdNames.h $(SRCROOT)/tk_utils/tk_defs.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/tkEdNames.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/tkEdNames.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/tkEdNames.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/tkEdNames.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tkEdNames.o: fort.h io_utils.h
$O/tkEdNames.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tkEdNames.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/tkEdNames.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/tkEdNames.o: tkEditor.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/tkEdUtils.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/tkEdUtils.o: qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h notedb.h tman_interface.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tkEdUtils.o: tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/tkEdUtils.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/tkEdUtils.o: tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/tkEdUtils.o: IO.h
$O/tkEdUtils.o: gap_globals.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/tkEdUtils.o: gap-dbstruct.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edUtils.h
$O/tkEdUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tkEdUtils.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/tkEdUtils.o: gap_globals.h
$O/tkEdUtils.o: qual.h edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
$O/tkEdUtils.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/tkEdUtils.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tkEdUtils.o: tkEditor.h
$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tk_defs.h tman_interface.h
$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_config.h
$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/tkEditor.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/tkEditor.o: tkEditor.h
$O/tkEditor.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/tkEditor.o: edStructs.h
$O/tkEditor.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/tkEditor.o: oligo.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h edCommands.h contigEditor.h
$O/tkEditor.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/tkEditor.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tman_cons.o: qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tman_cons.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h tman_interface.h edUtils.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h gap_globals.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/tman_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTraceIO.h
$O/tman_cons.o: IO.h
$O/tman_cons.o: fort.h
$O/tman_cons.o: gap-dbstruct.h
$O/tman_cons.o: edStructs.h
$O/tman_cons.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/tman_cons.o: io_utils.h
$O/tman_cons.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/tman_cons.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tman_cons.o: tkEditor.h
$O/tman_cons.o: tman_interface.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tman_diff.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h tman_interface.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/tman_diff.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTraceIO.h $(SRCROOT)/mutlib/mutlib.h $(SRCROOT)/mutlib/staden.h
$O/tman_diff.o: fort.h io_utils.h
$O/tman_diff.o: IO.h
$O/tman_diff.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tman_diff.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tman_diff.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h
$O/tman_diff.o: gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/tman_diff.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/tman_diff.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tman_diff.o: tkEditor.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/tman_display.o: io_utils.h
$O/tman_display.o: list.h undo.h edUtils.h qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h edUtils.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h tman_interface.h gap_globals.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/tman_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tman_display.o: edStructs.h
$O/tman_display.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/tman_display.o: fort.h io_utils.h
$O/tman_display.o: qual.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/tman_display.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/tman_display.o: tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/tman_interface.o: list.h undo.h tagUtils.h tagDefs.h fortran.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h tkEditor.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h undo.h tagUtils.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h tman_interface.h contigEditor.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/tman_interface.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h
$O/tman_interface.o: edStructs.h
$O/tman_interface.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tman_interface.o: IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/tman_interface.o: tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/tman_interface.o: tkEdNames.h io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h io_utils.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h tagUtils.h tagDefs.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h extend.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h tkEdNames.h io-reg.h primlib.h
$O/undo.o: IO.h
$O/undo.o: undo.h
$O/undo.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h template.h list.h
$O/undo.o: edStructs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h fort.h
$O/undo.o: io_handle.h
$O/undo.o: edUtils.h qual.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/undo.o: extend.h contigEditor.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/undo.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/undo.o: io-reg.h primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/undo.o: io_utils.h
$O/undo.o: tagUtils.h tagDefs.h fortran.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h tman_display.h
$O/undo.o: tkEditor.h
$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h io_handle.h io_utils.h
$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/vseqs.o: vseqs.h
$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/vseqs.o: IO.h
$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/vseqs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/vseqs.o: gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/vseqs.o: qual.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h

Lines 1-7 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/get_scf_field/dependencies (-4 lines)
1		1
2	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
3	$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
4	$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
5	$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	3	$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
6	$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
7	$O/get_scf_field.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h





# DO NOT DELETE
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/haplo_cons.o: haplo.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h haplo.h $(SRCROOT)/gap4/notes.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/notes.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h haplo.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/haplo_split.o: haplo.h
$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/haplo_tcl.o: haplo.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/haplo_tcl.o: haplo.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h

Lines 1-11 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/init_exp/dependencies (-8 / +2 lines)
1		1
2	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
3	$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
4	$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/open_trace_file.h
5	$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
6	$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
7	$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
8	$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
9	$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h	3	$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
10	$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h	4	$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
11	$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h	5	$O/init_exp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h

Lines 2-6 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/make_weights/dependencies (-2 / +1 lines)
2	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
3	$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h	3	$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
4	$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/text_utils/licence.h	4	$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/text_utils/licence.h
5	$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h	5	$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
6	$O/make_weights.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h




XSRC		= 
TCLVERS		= 8.4
TKVERS		= 8.4
TCLSRC		= /usr/lib/tcl8.4/include/generic/
TKSRC		= /usr/lib/tk8.4/include/generic/
ITCLSRC		= /usr/lib/itcl3.3
ITKSRC		= /usr/lib/itk3.3
TTSRC		=
ITCLVERS	= 3.3
ITKVERS		= 3.3

MUT_LIB      = $(MUT_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)mutlib$(LIB_EXT) $(MUT_LIB_E)
P3_LIB	     = $(P3_LIB_S)  $(LINK_LIBFLAG)primer3$(LIB_EXT) $(P3_LIB_E)
PNG_LIB	     = $(PNG_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)png12$(LIB_EXT) $(PNG_LIB_E)
CURL_LIB     = $(CURL_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)curl$(LIB_EXT) $(CURL_LIB_E)


# Standard chunks to add to the compile line

X_INC		= $(XSRC:%=-I%)
XAW_INC		= $(XSRC:%=-I%)
TT_INC		= $(TTSRC:%=-I%)
IOLIB_INC	= -I$(IOLIBSRC)
IOUTILS_INC	= -I$(IOLIBSRC)
SCF_INC		= -I$(IOLIBSRC)
EXP_INC		= -I$(IOLIBSRC)
G_INC		= -I$(GSRC)
GAP4_INC	= -I$(GAP4SRC)
NIP4_INC	= -I$(NIP4SRC)

GETSCFFIELD	= $(SRCROOT)/get_scf_field
INDEXSEQLIBSSRC	= $(SRCROOT)/indexseqlibs
INITEXPSRC	= $(SRCROOT)/init_exp
IOLIBSRC	= /usr/include/io_lib
LOOKUPSRC	= $(SRCROOT)/lookup
MAKESCFSRC	= $(SRCROOT)/makeSCF
MISCSRC		= $(SRCROOT)/Misc




/* DEFINES += -DLITTLE_ENDIAN */

# Use g77 for compiling our fortran
F77	 = gfortran
# use for g77
# F77_DEP  = -lg2c
F77_DEP  = -lgfortran
LIBSF	= $(F77_DEP)
# Jura
# F77_DEP	 = /usr/lib/gcc-lib/i386-glibc21-linux/egcs-2.91.66/libg2c.a

XBIN	= /usr/X11R6/lib
# For AMD64 based systems use XBIN=/usr/X11R6/lib64

CLDFLAGS_E	+= -shared
FLDFLAGS_E	+= -shared

# Dynamic linking
# For AMD64 based systems try -fPIC instead.

# pic with g77 generates opcodes unknown by the 386 assembler. Odd
# It doesn't appear to be needed (but at a speed cost?).
# For AMD64 based systems try -fPIC instead.
SHLIB_FFLAGS		= -fpic
SHLIB_LD		= cc
SHLIB_LDFLAGS		= -L$(L) $(SHLIB_STRIP) -shared -o
SHLIB_PREFIX		= lib




# gap/osp-bits
# gap
DIRS =	Misc\
	io_lib\
	seq_utils\
	tk_utils\
	spin\

# in io_lib from (eg) clean to cleanx.
#
clean:
	-echo blah
	$(MAKE) $(FLAGS) JOB=clean

spotless:
	-ech blah
	$(MAKE) $(FLAGS) JOB=spotless
	-rm lib/$(O)/so_locations

relink:
	-rm lib/$(O)/so_locations

Lines 63-70 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/mutlib/Makefile (-2 lines)
63		63
64	MUT_DEP=\	64	MUT_DEP=\
65	$(SEQUTILS_LIB) \	65	$(SEQUTILS_LIB) \
66	$(TKUTILS_LIB) \
67	$(IOLIB_LIB) \
68	$(MISC_LIB) \	66	$(MISC_LIB) \
69	$(MATH_LIB)	67	$(MATH_LIB)
70		68





# DO NOT DELETE
$O/align.o: ./align.hpp ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h
$O/align.o: ./matrix.hpp
$O/basecall.o: ./basecall.hpp
$O/caller.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/caller.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/caller.o: ./caller.hpp ./matrix.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/caller.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/caller_base.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/caller_base.o: ./dnatable.hpp ./caller_base.hpp ./matrix.hpp ./trace.hpp
$O/caller_base.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/caller_base.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/caller_base.o: ./caller.hpp
$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./caller.hpp ./matrix.hpp
$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/caller_level.o: ./dnatable.hpp ./caller_level.hpp ./trace.hpp ./staden.h
$O/caller_level.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/caller_level.o: ./caller.hpp ./matrix.hpp
$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/caller.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/caller.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/caller_snr.o: ./caller.hpp ./matrix.hpp
$O/caller_snr.o: ./caller_snr.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/caller_snr.o: ./caller.hpp ./matrix.hpp
$O/caller_snr.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/dnatable.o: ./dnatable.hpp
$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/mutationtag.o: ./listitem.hpp
$O/mutationtag.o: ./mutationtag.hpp ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/mutationtag.o: ./listitem.hpp
$O/mutationtag.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./list.hpp ./array.hpp
$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/mutationtag_utils.o: ./mutationtag.hpp ./listitem.hpp
$O/mutationtag_utils.o: ./mutationtag_utils.hpp ./mutlib.h ./staden.h
$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/mutationtag_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutationtag_utils.o: ./list.hpp ./array.hpp
$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/mutscan.o: ./array.hpp ./mutationtag.hpp ./listitem.hpp
$O/mutscan.o: ./list.hpp ./align.hpp ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h
$O/mutscan.o: ./matrix.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/mutscan.o: ./mutscan_parameters.hpp ./parameter.hpp ./mutationtag_utils.hpp
$O/mutscan.o: ./mutscan_preprocess.hpp ./mutscan_analysis.hpp
$O/mutscan.o: ./mutscan.hpp ./mutlib.h
$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/mutscan_analysis.o: ./caller_base.hpp ./matrix.hpp ./trace.hpp ./caller.hpp
$O/mutscan_analysis.o: ./caller_level.hpp ./mutscan_analysis.hpp ./array.hpp
$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./dnatable.hpp
$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/mutscan_analysis.o: ./list.hpp ./mutationtag.hpp ./listitem.hpp
$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/mutscan_analysis.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/mutscan_analysis.o: ./mutscan_preprocess.hpp
$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/mutscan_analysis.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutscan_analysis.o: ./dnatable.hpp
$O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
$O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/mutscan_helper.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/mutscan_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/mutscan.o: ./list.hpp ./align.hpp ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h
$O/mutscan.o: ./listitem.hpp ./mutscan_preprocess.hpp ./mutscan_analysis.hpp
$O/mutscan.o: ./matrix.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/mutscan.o: ./mutationtag_utils.hpp ./array.hpp ./mutationtag.hpp
$O/mutscan.o: ./mutscan.hpp ./mutlib.h ./mutscan_parameters.hpp ./parameter.hpp
$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/mutscan.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./parameter.hpp
$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/mutscan_parameters.o: ./mutscan_parameters.hpp ./mutlib.h ./staden.h
$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/mutscan_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutscan_parameters.o: ./parameter.hpp
$O/mutscan_preprocess.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/mutscan_preprocess.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/mutscan_preprocess.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/mutscan_preprocess.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutscan_preprocess.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/mutscan_preprocess.o: ./mutscan_preprocess.hpp ./mutlib.h ./staden.h
$O/mutscan_preprocess.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/mutscan_preprocess.o: ./trace.hpp
$O/mutscan_preprocess.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/mutscan_preprocess.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutscan_preprocess.o: ./array.hpp ./matrix.hpp
$O/mutscan_validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/mutscan_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/mutscan_validate.o: ./parameter.hpp
$O/mutscan_validate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/mutscan_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutscan_validate.o: ./validate.hpp ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/mutscan_validate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/mutscan_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/mutscan_validate.o: ./mutscan_parameters.hpp
$O/muttag.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/muttag.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/muttag.o: ./muttag.hpp ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/muttag.o: ./listitem.hpp
$O/muttag.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/muttag.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/muttag.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/peakcall.o: ./peakcall.hpp ./listitem.hpp
$O/read_matrix.o: read_matrix.h
$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h read_matrix.h
$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sp_align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/sp_align_lib.o: ./sp_alignment.h ./sp_align_lib.h read_matrix.h
$O/sp_align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sp_align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sp_align_lib.o: ./sp_alignment_structs.h
$O/sp_align_lib.o: read_matrix.h
$O/sp_align_lib.o: ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h ./sp_align_lib.h
$O/sp_align_lib.o: ./staden.h
$O/sp_alignment.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/sp_alignment.o: ./sp_align_lib.h ./sp_hash_lib.h ./sp_alignment.h
$O/sp_alignment.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sp_alignment.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sp_alignment.o: ./sp_alignment_structs.h
$O/sp_alignment.o: read_matrix.h
$O/sp_alignment.o: ./sp_alignment_structs.h ./sp_align_lib.h ./sp_hash_lib.h
$O/sp_alignment.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sp_alignment.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sp_hash_lib.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/sp_hash_lib.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/sp_hash_lib.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/sp_hash_lib.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/sp_hash_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sp_hash_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sp_hash_lib.o: ./sp_align_lib.h
$O/sp_hash_lib.o: ./sp_alignment_structs.h ./sp_hash_lib.h ./sp_alignment.h
$O/sp_hash_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sp_hash_lib.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/sp_hash_lib.o: ./sp_hash_lib.h ./sp_alignment.h ./sp_align_lib.h
$O/sp_hash_lib.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sp_hash_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sp_hash_lib.o: ./sp_alignment_structs.h
$O/sp_matrix.o: ./sp_matrix.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sp_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sp_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sp_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/stringlist.o: ./stringlist.hpp
$O/tagarray.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tagarray.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tagarray.o: ./listitem.hpp
$O/tagarray.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/tagarray.o: ./muttag.hpp ./listitem.hpp
$O/tagarray.o: ./tagarray.hpp ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tagarray.o: ./list.hpp ./muttag.hpp
$O/tagarray.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/trace.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/trace.o: ./array.hpp ./trace.hpp
$O/trace.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/trace.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/trace.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracealign.o: ./array.hpp ./tracealign_cache.hpp ./tracealign_preprocess.hpp
$O/tracealign.o: ./list.hpp ./align.hpp ./sp_alignment_structs.h
$O/tracealign.o: ./listitem.hpp ./peakcall.hpp ./tagarray.hpp ./tracealign.hpp
$O/tracealign.o: ./sp_alignment.h
$O/tracealign.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracealign.o: ./matrix.hpp ./trace.hpp
$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracealign.o: ./muttag.hpp ./mutlib.h
$O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracealign_cache.o: ./tracealign_cache.hpp ./matrix.hpp
$O/tracealign_cache.o: ./tracealign_preprocess.hpp ./trace.hpp ./staden.h
$O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracealign_cache.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracealign_cache.o: ./array.hpp
$O/tracealign_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
$O/tracealign_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/tracealign_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracealign_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracealign_helper.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracealign_helper.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracealign_helper.o: ./tracealign_cache.hpp ./matrix.hpp
$O/tracealign_helper.o: ./tracealign_preprocess.hpp ./array.hpp
$O/tracealign_helper.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracealign_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracealign_helper.o: ./trace.hpp
$O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracealign_interpolate.o: ./array.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
$O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./align.hpp
$O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/tracealign_interpolate.o: ./matrix.hpp
$O/tracealign_interpolate.o: ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h
$O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracealign_interpolate.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracealign_interpolate.o: ./align.hpp
$O/tracealign_interpolate.o: ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h
$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/tracealign.o: ./list.hpp ./align.hpp ./sp_alignment_structs.h
$O/tracealign.o: ./matrix.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracealign.o: ./muttag.hpp ./mutlib.h ./listitem.hpp ./peakcall.hpp
$O/tracealign.o: ./sp_alignment.h
$O/tracealign.o: ./tagarray.hpp ./tracealign.hpp ./array.hpp
$O/tracealign.o: ./tracealign_cache.hpp ./tracealign_preprocess.hpp
$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracealign.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracealign_preprocess.o: ./array.hpp ./basecall.hpp
$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracealign_preprocess.o: ./array.hpp ./basecall.hpp
$O/tracealign_preprocess.o: ./tracealign_preprocess.hpp ./trace.hpp ./staden.h
$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracealign_preprocess.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracealign_preprocess.o: ./tracealign_preprocess.hpp ./trace.hpp ./staden.h
$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracealign_validate.o: ./validate.hpp ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracealign_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracediff_helper.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracediff_helper.o: ./sp_alignment.h ./matrix.hpp ./muttag.hpp ./listitem.hpp
$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracediff_mutations.o: ./list.hpp ./array.hpp ./trace.hpp ./muttag.hpp
$O/tracediff_mutations.o: ./listitem.hpp ./peakcall.hpp
$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracediff_mutations.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracediff_mutations.o: ./tracediff_parameters.hpp ./parameter.hpp
$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/tracediff.o: ./list.hpp ./trace.hpp ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracediff.o: ./muttag.hpp ./mutlib.h ./listitem.hpp ./tagarray.hpp
$O/tracediff.o: ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h ./matrix.hpp
$O/tracediff.o: ./tracealign.hpp ./array.hpp ./align.hpp
$O/tracediff.o: ./tracediff.hpp ./tracediff_parameters.hpp ./parameter.hpp
$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracediff.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracediff_helper.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracediff_helper.o: ./muttag.hpp ./listitem.hpp
$O/tracediff_helper.o: ./sp_alignment_structs.h ./sp_alignment.h ./matrix.hpp
$O/tracediff_helper.o: ./tracealign.hpp ./array.hpp ./align.hpp
$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracediff_helper.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracediff_helper.o: ./trace.hpp
$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracediff_mutations.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracediff_mutations.o: ./trace.hpp ./muttag.hpp ./listitem.hpp ./peakcall.hpp
$O/tracediff_mutations.o: ./tracediff_parameters.hpp ./parameter.hpp
$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracediff_mutations.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracediff_mutations.o: ./list.hpp ./array.hpp
$O/tracediff_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracediff_parameters.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracediff_parameters.o: ./tracediff_parameters.hpp ./mutlib.h ./staden.h
$O/tracediff_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracediff_parameters.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracediff_parameters.o: ./parameter.hpp
$O/tracediff_parameters.o: ./tracediff_parameters.hpp ./mutlib.h ./staden.h
$O/tracediff_validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h ./tracediff_parameters.hpp
$O/tracediff_validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
$O/tracediff_validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/tracediff_validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracediff_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tracediff_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tracediff_validate.o: ./tracediff_parameters.hpp ./parameter.hpp
$O/tracediff_validate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/tracediff_validate.o: ./validate.hpp ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tracediff_validate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tracediff_validate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/trace.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/trace.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/trace.o: ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/trace.o: ./trace.hpp
$O/trace.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/trace.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/trace.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/validate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/validate.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/validate.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/validate.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/validate.o: ./mutlib.h ./staden.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/validate.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/validate.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h

Lines 24-30 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/mutlib/staden.h (-1 / +1 lines)
24		24
25	#include <Misc/misc.h>	25	#include <Misc/misc.h>
26	#include <seq_utils/dna_utils.h>	26	#include <seq_utils/dna_utils.h>
27	#include <io_lib/include/Read.h>	27	#include <io_lib/Read.h>
28		28
29		29
30	#ifdef __cplusplus	30	#ifdef __cplusplus

Lines 22-28 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/mutscan/staden.h (-1 / +1 lines)
22	#endif	22	#endif
23		23
24		24
25	#include <io_lib/include/Read.h>	25	#include <io_lib/Read.h>
26	#include <licence/licence.h>	26	#include <licence/licence.h>
27		27
28		28





# DO NOT DELETE
$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/polyA_clip.o: seqInfo.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seqInfo.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf_extras.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/seqInfo.o: seqInfo.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h





# DO NOT DELETE
$O/dust.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/consen.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h dust.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h $(SRCROOT)/gap4/fort.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/Misc/reg_exp.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h finish_main.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/finish.o: finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h
$O/finish.o: finish_hash.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h
$O/finish.o: finish_pcr.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h
$O/finish.o: finish_utils.h finish_long.h finish_walk.h finish_filter.h
$O/finish.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/template.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
$O/finish_filter.o: dust.h finish.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/finish_filter.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/finish_filter.o: finish_filter.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/finish_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish_hash.o: $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/finish_hash.o: finish_hash.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/finish_long.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/finish_long.o: finish_long.h finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
$O/finish_long.o: finish_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/find_fragments.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h finish.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h $(SRCROOT)/gap4/fort.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/template.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h finish_utils.h finish_long.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/finish_main.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/finish_main.o: finish_walk.h finish_reverse.h finish_filter.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/undo.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h
$O/finish.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h finish_main.h finish_utils.h finish_long.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/Misc/reg_exp.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/finish.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/finish_pcr.o: finish_filter.h finish_utils.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
$O/finish_pcr.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h finish_pcr.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h finish.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/finish_pcr.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/finish_pcr.o: finish_filter.h finish_utils.h
$O/finish_pcr.o: gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h finish_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/finish_reverse.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/finish_reverse.o: finish_reverse.h finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/undo.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/finish_utils.o: finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/finish_utils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/finish_utils.o: finish_utils.h $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h finish_hash.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/seq_utils/search_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/finish_walk.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
$O/finish_walk.o: finish_utils.h finish_filter.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h
$O/finish_walk.o: finish_walk.h finish.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h





$O/consen.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/consen.o: consen.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
# DO NOT DELETE
$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/consen.o: consen.h
$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/qclip.o: seqInfo.h
$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h consen.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seqInfo.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
$O/seqInfo.o: seqInfo.h
$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h

Lines 1-9 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/screen_seq/dependencies (-7 / +3 lines)
1		1
2	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
3	$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/text_utils/licence.h	3	$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
4	$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h	4	$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/text_utils/licence.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
5	$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h	5	$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
6	$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
7	$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
8	$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
9	$O/screen_seq.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h





# DO NOT DELETE
$O/align.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/align_lib_old.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h dna_utils.h read_matrix.h
$O/align_lib.o: align_lib.h
$O/align.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/align.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/align.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/align.o: align_lib_old.h
$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h dna_utils.h read_matrix.h
$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/align_lib.o: align_lib.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/align_lib_old.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/align_lib_old.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/align_lib_old.o: align_lib_old.h
$O/align_ss.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/align_ss.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/align_ss.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/align_ss.o: align_lib_old.h
$O/align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/align_ss2.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/align_ss2.o: align_lib_old.h
$O/align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/align_sv.o: align.h
$O/align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/align_sv.o: align_lib_old.h
$O/align_sv.o: uascii.gbl
$O/base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/base_comp.o: base_comp.h edge.h
$O/base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/base_comp.o: dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/dna_utils.o: dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h dna_utils.h
$O/edge.o: dna_utils.h
$O/edge.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/edge.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/edge.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/edge.o: dna_utils.h
$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h genetic_code.h
$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/text_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/genetic_code.o: dna_utils.h
$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h genetic_code.h
$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/open_reading_frames.o: dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h genetic_code.h
$O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/text_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/open_reading_frames.o: dna_utils.h
$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/read_matrix.o: read_matrix.h
$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/renz_utils.o: renz_utils.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h dna_utils.h
$O/renz_utils.o: renz_utils.h
$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/scramble.o: sequence_formats.h
$O/search_utils.o: search_utils.h
$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h sequence_formats.h
$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h sequence_formats.h





# DO NOT DELETE
$O/codon_content.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/codon_content.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
$O/codon_content.o: $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h codon_content.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h
$O/codon_content.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/codon_content.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/codon_content.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/compare_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
$O/compare_spans.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h
$O/compare_spans.o: sip_hash.h
$O/compare_spans.o: readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/compare_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/compare_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/dinuc_freqs.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
# DO NOT DELETE
$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/emboss_input_funcs.o: seq_plot_funcs.h seq_raster.h emboss_input_funcs.h
$O/emboss_input_funcs.o: sequence_pair_display.h
$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h spin_globals.h
$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h seq_results.h
$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/emboss_input_funcs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/emboss_input_funcs.o: seq_plot_funcs.h seq_raster.h emboss_input_funcs.h
$O/emboss_input_funcs.o: sequence_pair_display.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h nip_cmds.h sequtils_cmds.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/init.o: tkSeqedNames.h
$O/init.o: tkSeqed.h
$O/init.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/nip_base_comp.o: seq_reg.h
$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/seq_utils/base_comp.h seq_plot_funcs.h
$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h nip_base_comp.h
$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h nip_raster.h
$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h nip_globals.h
$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/nip_base_comp.o: seq_raster.h seq_results.h
$O/nip_base_comp.o: nip_results.h
$O/nip_base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h nip_results.h
$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h seq_results.h
$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/nip_canvas_box.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/nip_canvas_box.o: seq_results.h
$O/nip_canvas_box.o: seq_reg.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/base_comp.h seqed.h nip_base_comp.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h seqed_translate.h tkSeqedUtils.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/open_reading_frames.h dinuc_freqs.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h tkSeqed.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h nip_globals.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h seq_raster.h seq_results.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/nip_cmds.o: tkSeqedNames.h
$O/nip_cmds.o: codon_content.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_cmds.o: nip_structs.h
$O/nip_cmds.o: nip_restriction_enzymes.h sequtils.h nip_string_search.h
$O/nip_cmds.o: nip_results.h nip_raster.h nip_gene_search.h trna_search.h
$O/nip_cmds.o: nip_splice_search.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h nip_canvas_box.h
$O/nip_cmds.o: nip_stop_codon.h nip_trna_search.h splice_search.h
$O/nip_cmds.o: nip_wtmatrix_search.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
$O/nip_cmds.o: seqed_write.h $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h nip_sendto.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/base_comp.h seqed.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h seqed_translate.h tkSeqedUtils.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/open_reading_frames.h dinuc_freqs.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/nip_cmds.o: tkSeqedNames.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h seq_raster.h
$O/nip_cmds.o: trna_search.h nip_stop_codon.h nip_trna_search.h splice_search.h
$O/nip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_cmds.o: nip_structs.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h nip_results.h
$O/nip_gene_search.o: nip_gene_search.h seq_plot_funcs.h
$O/nip_gene_search.o: seq_raster.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/nip_gene_search.o: seq_reg.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h nip_globals.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h nip_raster.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h codon_content.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/nip_gene_search.o: nip_results.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/nip_gene_search.o: seq_raster.h seq_results.h
$O/nip_gene_search.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/nip_gene_search.o: nip_gene_search.h seq_plot_funcs.h
$O/nip_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/nip_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
$O/nip_globals.o: nip_globals.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: nip_restriction_enzymes.h nip_globals.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: seq_results.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h nip_results.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/restriction_enzyme_map.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h nip_canvas_box.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: seq_results.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: nip_restriction_enzymes.h nip_globals.h
$O/nip_restriction_enzymes.o: nip_results.h $(SRCROOT)/tk_utils/restriction_enzyme_map.h
$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h seq_results.h
$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/nip_splice_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/nip_splice_search.o: seq_results.h
$O/nip_splice_search.o: nip_results.h nip_raster.h
$O/nip_splice_search.o: nip_wtmatrix_search.h
$O/nip_splice_search.o: seq_plot_funcs.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/nip_splice_search.o: seq_raster.h
$O/nip_splice_search.o: splice_search.h nip_splice_search.h nip_globals.h
$O/nip_stop_codon.o: nip_raster.h nip_results.h nip_stop_codon.h
$O/nip_stop_codon.o: seq_plot_funcs.h
$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h nip_globals.h
$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h seq_results.h
$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/nip_stop_codon.o: seq_results.h
$O/nip_stop_codon.o: nip_raster.h nip_results.h
$O/nip_stop_codon.o: nip_stop_codon.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h nip_globals.h
$O/nip_stop_codon.o: seq_plot_funcs.h
$O/nip_stop_codon.o: seq_raster.h
$O/nip_stop_codon.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/nip_string_search.o: nip_raster.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/nip_string_search.o: nip_string_search.h seq_plot_funcs.h
$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/nip_string_search.o: seq_raster.h seq_results.h
$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/nip_string_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_string_search.o: nip_raster.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/nip_string_search.o: nip_results.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h nip_globals.h
$O/nip_string_search.o: nip_string_search.h seq_plot_funcs.h
$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/nip_trna_search.o: nip_trna_search.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/nip_trna_search.o: seq_plot_funcs.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/nip_trna_search.o: seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h seq_raster.h
$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h nip_raster.h
$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h nip_globals.h trna_search.h
$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/nip_trna_search.o: nip_results.h
$O/nip_trna_search.o: seq_raster.h seq_results.h
$O/nip_trna_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_trna_search.o: nip_trna_search.h $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h
$O/nip_trna_search.o: seq_plot_funcs.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tclXkeylist.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h nip_globals.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: nip_results.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: seq_raster.h seq_results.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: nip_raster.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h splice_search.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: nip_wtmatrix_search.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/nip_wtmatrix_search.o: seq_plot_funcs.h
$O/probs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
$O/probs.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h probs.h
$O/probs.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/probs.o: sip_hash.h readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/raster_cmds.o: seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/canvas_box.h
$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h raster_structs.h seq_reg.h
$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/raster_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/raster_cmds.o: raster_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/ruler_tick.h
$O/raster_cmds.o: seq_raster.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/readpam.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/readpam.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/readpam.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/readpam.o: readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_raster.h readpam.h
$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/rescan_matches.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/rescan_matches.o: sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/rescan_matches.o: seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/rescan_matches.o: seq_results.h
$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h seq_raster.h seq_results.h
$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/seq_raster.o: seq_results.h
$O/seq_raster.o: seq_raster.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/seq_raster.o: spin_globals.h
$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/seq_reg.o: seq_raster.h
$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seq_reg.o: seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h spin_globals.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_sendto.h spin_globals.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h sequence_pair_display.h seqed.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
$O/seq_reg_cmds.o: tkSeqedNames.h
$O/seq_reg_cmds.o: seq_results.h
$O/seq_reg_cmds.o: seq_raster.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/seq_reg_cmds.o: emboss_input_funcs.h
$O/seq_reg_cmds.o: seq_reg_structs.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
$O/seq_reg_cmds.o: sequtils.h sip_cmds.h nip_cmds.h raster_cmds.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/seq_reg_cmds.o: tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/scramble.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/seq_results.o: seq_raster.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/seq_results.o: codon_content.h seq_results.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/seq_sendto.o: seq_reg.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/seqed.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/seqed.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h seq_results.h
$O/seqed.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seqed.h tkSeqedUtils.h
$O/seqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqed.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqed.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/seqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h seqed_restriction_enzymes.h
$O/seqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h seq_raster.h spin_globals.h
$O/seqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/seqed.o: tkSeqedNames.h
$O/seqed.o: tkSeqed.h
$O/seqedInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
$O/seqedInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h
$O/seqedInterface.o: tkSeqedNames.h
$O/seqedInterface.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqedInterface.o: seqedInterface.h tkSeqed.h
$O/seqedInterface.o: tkSeqedUtils.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h tkSeqed.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: tkSeqedUtils.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: tkSeqedNames.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: seqed_restriction_enzymes.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/seqed_restriction_enzymes.o: tkSeqedUtils.h
$O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqed_search.o: tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/seqed_search.o: tkSeqedUtils.h
$O/seqed_search.o: tkSeqedNames.h
$O/seqed_search.o: tkSeqed.h
$O/seqed_search.o: tkSeqedUtils.h
$O/seqed_search.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqed_translate.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/seqed_translate.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqed_translate.o: tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/seqed_translate.o: tkSeqedUtils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
$O/seqed_translate.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
$O/seqed_translate.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h
$O/seqed_translate.o: tkSeqedNames.h
$O/seqed_translate.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqed_translate.o: seqed_translate.h
$O/seqed_translate.o: tkSeqed.h
$O/seqed_translate.o: tkSeqedUtils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
$O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h seqed_restriction_enzymes.h
$O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
$O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqed_write.o: tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/seqed_write.o: seqed_write.h
$O/seqed_write.o: tkSeqedNames.h
$O/seqed_write.o: seqed_write.h
$O/seqed_write.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seqed_write.o: seqed_translate.h tkSeqedUtils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/seqed_write.o: tkSeqed.h
$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/seq_plot_funcs.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/seq_raster.o: seq_raster.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/seq_raster.o: spin_globals.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/seq_raster.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/seq_raster.o: seq_results.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seq_reg_cmds.o: seq_raster.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h seq_reg_structs.h
$O/seq_reg_cmds.o: seq_sendto.h spin_globals.h emboss_input_funcs.h
$O/seq_reg_cmds.o: sequtils.h sip_cmds.h nip_cmds.h raster_cmds.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/seq_reg_cmds.o: tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h sequence_pair_display.h seqed.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
$O/seq_reg_cmds.o: seq_results.h
$O/seq_reg_cmds.o: tkSeqedNames.h
$O/seq_reg_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seq_reg.o: seq_raster.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/seq_reg.o: spin_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/seq_reg.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/seq_results.o: codon_content.h seq_results.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/scramble.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h seq_raster.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/seq_results.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/seq_sendto.o: seq_reg.h
$O/seq_sendto.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h sip_results.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/sequence_pair_display.o: spin_globals.h readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h sequence_pair_display.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sequence_pair_display.o: spin_globals.h readpam.h
$O/sequence_pair_display.o: seq_reg.h
$O/sequence_pair_display.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sequence_pair_display.o: sequence_pair_display.h seq_raster.h seq_results.h
$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/base_comp.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h seq_results.h
$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sequtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h
$O/sim.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sim.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_raster.h
$O/sim.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
$O/sim.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/sim.o: sip_sim.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/sim.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/sim.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/sim.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sim.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/sim.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sim.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sim.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sim.o: seq_results.h
$O/sim.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h sip_align.h
$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/sip_align.o: sip_align.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h sip_globals.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sip_align.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/sip_align.o: seq_raster.h sip_results.h
$O/sip_align.o: readpam.h seq_plot_funcs.h sequence_pair_display.h
$O/sip_align.o: seq_reg.h
$O/sip_align.o: seq_results.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_cmds.o: readpam.h sip_similar_spans.h sip_quick_scan.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h sip_hash.h sip_find_identity.h probs.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sip_cmds.o: sip_globals.h sip_structs.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h sip_results.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h sip_sendto.h sip_sim.h sequtils.h
$O/sip_cmds.o: seq_raster.h seq_results.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h sip_align.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/sip_cmds.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sip_cmds.o: seq_raster.h seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/sip_cmds.o: seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h sip_globals.h sip_structs.h
$O/sip_cmds.o: sip_hash.h sip_find_identity.h probs.h readpam.h
$O/sip_cmds.o: sip_sendto.h sip_sim.h sequtils.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
$O/sip_cmds.o: sip_similar_spans.h sip_quick_scan.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h sip_find_identity.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/sip_find_identity.o: seq_raster.h
$O/sip_find_identity.o: sip_hash.h probs.h sip_results.h
$O/sip_find_identity.o: readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
$O/sip_find_identity.o: seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/sip_find_identity.o: sequence_pair_display.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/sip_find_identity.o: sip_globals.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h seq_plot_funcs.h
$O/sip_find_identity.o: sip_hash.h probs.h sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h seq_results.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/sip_find_identity.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/sip_globals.o: seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sip_globals.o: sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_results.h
$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h seq_raster.h
$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_results.h seq_reg.h
$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_globals.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/sip_globals.o: seq_raster.h
$O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h seq_results.h
$O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h sip_results.h
$O/sip_hash.o: seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
$O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sip_hash.o: seq_raster.h
$O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sip_hash.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sip_hash.o: seq_reg.h
$O/sip_quick_scan.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h compare_spans.h
$O/sip_quick_scan.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sip_quick_scan.o: readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
$O/sip_quick_scan.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/sip_quick_scan.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h
$O/sip_quick_scan.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sip_quick_scan.o: sip_quick_scan.h seq_plot_funcs.h sequence_pair_display.h
$O/sip_quick_scan.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/sip_quick_scan.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/sip_quick_scan.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h seq_results.h
$O/sip_quick_scan.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h sip_globals.h
$O/sip_quick_scan.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/sip_quick_scan.o: seq_raster.h
$O/sip_quick_scan.o: seq_results.h
$O/sip_quick_scan.o: sip_hash.h sip_results.h
$O/sip_quick_scan.o: readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
$O/sip_quick_scan.o: sip_find_identity.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_quick_scan.o: sip_quick_scan.h seq_plot_funcs.h sequence_pair_display.h
$O/sip_results.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sip_results.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h sip_globals.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
$O/sip_results.o: readpam.h
$O/sip_results.o: seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/sip_results.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h probs.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/sip_results.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/sip_results.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sip_results.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/sip_results.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/sip_results.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/sip_results.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sip_results.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/sip_results.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_results.o: sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/sip_results.o: readpam.h
$O/sip_results.o: seq_raster.h seq_results.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sip_similar_spans.o: seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/sip_similar_spans.o: sequence_pair_display.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_similar_spans.o: sip_similar_spans.h seq_plot_funcs.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h sip_globals.h rescan_matches.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h sip_sim.h
$O/sip_sim.o: readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h seq_plot_funcs.h
$O/sip_sim.o: seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
$O/sip_sim.o: sequence_pair_display.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seq_results.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h seq_raster.h sip_results.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h sip_globals.h
$O/sip_sim.o: sim.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h sip_sim.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h seq_results.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h seq_plot_funcs.h sequence_pair_display.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h sip_globals.h readpam.h
$O/sip_sim.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sip_sim.o: sim.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_sim.o: seq_raster.h sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h readpam.h $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h $(SRCROOT)/tk_utils/text_output.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h seq_raster.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/sip_similar_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/sip_similar_spans.o: seq_results.h
$O/sip_similar_spans.o: compare_spans.h sip_hash.h sip_results.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
$O/sip_similar_spans.o: seq_plot_funcs.h sequence_pair_display.h
$O/sip_similar_spans.o: seq_reg.h
$O/sip_similar_spans.o: sip_globals.h rescan_matches.h sip_similar_spans.h
$O/spin_globals.o: spin_globals.h
$O/splice_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h splice_search.h
$O/splice_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
$O/splice_search.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/splice_search.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h $(SRCROOT)/tk_utils/tk_defs.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h tkSeqedNames.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_config.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tkSeqed.o: seqed_restriction_enzymes.h seqed_search.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h seqedInterface.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tk_defs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h tkSeqedUtils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h tkSeqedUtils.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_config.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
$O/tkSeqed.o: tkSeqedNames.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tkSeqed.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tkSeqed.o: tkSeqed.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tkSeqed.o: seqedInterface.h seqed_restriction_enzymes.h seqed_search.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_config.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tk_defs.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/tkSeqedNames.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
$O/tkSeqedNames.o: tkSeqedNames.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tkSeqedUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/tkSeqedUtils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/tkSeqedUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
$O/tkSeqedUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
$O/tkSeqedUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
$O/tkSeqedUtils.o: tkSeqed.h
$O/tkSeqedUtils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/tkSeqedUtils.o: seqed_translate.h
$O/tkSeqedUtils.o: seq_results.h $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
$O/tkSeqedUtils.o: seqed_restriction_enzymes.h seqed_write.h seqed_search.h
$O/tkSeqedUtils.o: tkSeqedNames.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h
$O/tkSeqedUtils.o: tkSeqedUtils.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h
$O/trna_search.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
$O/trna_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
$O/trna_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h codon_content.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h
$O/tkSeqedUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
$O/tkSeqedUtils.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h seq_reg.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkRaster.h
$O/tkSeqedUtils.o: tkSeqedNames.h
$O/trna_search.o: codon_content.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h trna_search.h
$O/trna_search.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
$O/trna_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h
$O/trna_search.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
$O/trna_search.o: trna_search.h
$O/trna_search.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h

Lines 1-7 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/stops/dependencies (-5 / +3 lines)
1		1
2	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
3	$O/stops.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h	3	$O/stops.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
4	$O/stops.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h	4	$O/stops.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
5	$O/stops.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h	5	$O/stops.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
6	$O/stops.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
7	$O/stops.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h

Lines 1-3 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/text_utils/dependencies (-1 / +1 lines)
1		1
2	$O/check_licence.o: licence.h
3	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
		3	$O/check_licence.o: licence.h




	@

TKU_LIBS = \
	$(IOLIB_LIB) \
	$(TK_LIB) \
	$(TCL_LIB) \
	$(MISC_LIB) \
	$(PNG_LIB) \
	$(ZLIB_LIB) \
	$(SOCKET)

$(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS)$(SHLIB_SUFFIX): $(OBJS) $(DEF_FILE)

	-ln -s ../licence/md52.c .
	-ln -s ../licence/md52.h .
	-ln -s ../licence/valid_seq.c .
	-ln -s /usr/lib/tcl8.4/tclAppInit.c .
	# -ln -s ../tk8.4.6/winMain.c .
	touch .links
	$(MAKE) $(MFLAGS)


Lines 22-28 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/tracediff/staden.h (-1 / +1 lines)
22	#endif	22	#endif
23		23
24		24
25	#include <io_lib/include/Read.h>	25	#include <io_lib/Read.h>
26	#include <licence/licence.h>	26	#include <licence/licence.h>
27		27
28		28

Lines 1-9 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/vector_clip/dependencies (-7 / +3 lines)
1		1
2	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
3	$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h $(SRCROOT)/text_utils/licence.h	3	$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
4	$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h	4	$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/text_utils/licence.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
5	$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h	5	$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
6	$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
7	$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
8	$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
9	$O/vector_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h

Return to bug 251617

Lines 128-137 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/mk/global.mk (-9 / +10 lines)
128	XSRC =	128	XSRC =
129	TCLVERS = 8.4	129	TCLVERS = 8.4
130	TKVERS = 8.4	130	TKVERS = 8.4
131	TCLSRC = $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic	131	TCLSRC = /usr/lib/tcl8.4/include/generic/
132	TKSRC = $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic	132	TKSRC = /usr/lib/tk8.4/include/generic/
133	ITCLSRC = $(SRCROOT)/incrTcl-3.3cvs/itcl/generic	133	ITCLSRC = /usr/lib/itcl3.3
134	ITKSRC = $(SRCROOT)/incrTcl-3.3cvs/itk/generic	134	ITKSRC = /usr/lib/itk3.3
135	TTSRC =	135	TTSRC =
136	ITCLVERS = 3.3	136	ITCLVERS = 3.3
137	ITKVERS = 3.3	137	ITKVERS = 3.3
Lines 187-192 Link Here
187	MUT_LIB = $(MUT_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)mutlib$(LIB_EXT) $(MUT_LIB_E)	187	MUT_LIB = $(MUT_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)mutlib$(LIB_EXT) $(MUT_LIB_E)
188	P3_LIB = $(P3_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)primer3$(LIB_EXT) $(P3_LIB_E)	188	P3_LIB = $(P3_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)primer3$(LIB_EXT) $(P3_LIB_E)
189	PNG_LIB = $(PNG_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)png12$(LIB_EXT) $(PNG_LIB_E)	189	PNG_LIB = $(PNG_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)png12$(LIB_EXT) $(PNG_LIB_E)
		190	CURL_LIB = $(CURL_LIB_S) $(LINK_LIBFLAG)curl$(LIB_EXT) $(CURL_LIB_E)
190		191
191		192
192	# Standard chunks to add to the compile line	193	# Standard chunks to add to the compile line
Lines 201-210 Link Here
201	X_INC = $(XSRC:%=-I%)	202	X_INC = $(XSRC:%=-I%)
202	XAW_INC = $(XSRC:%=-I%)	203	XAW_INC = $(XSRC:%=-I%)
203	TT_INC = $(TTSRC:%=-I%)	204	TT_INC = $(TTSRC:%=-I%)
204	IOLIB_INC = -I$(IOLIBSRC)/include	205	IOLIB_INC = -I$(IOLIBSRC)
205	IOUTILS_INC = -I$(IOLIBSRC)/include	206	IOUTILS_INC = -I$(IOLIBSRC)
206	SCF_INC = -I$(IOLIBSRC)/include	207	SCF_INC = -I$(IOLIBSRC)
207	EXP_INC = -I$(IOLIBSRC)/include	208	EXP_INC = -I$(IOLIBSRC)
208	G_INC = -I$(GSRC)	209	G_INC = -I$(GSRC)
209	GAP4_INC = -I$(GAP4SRC)	210	GAP4_INC = -I$(GAP4SRC)
210	NIP4_INC = -I$(NIP4SRC)	211	NIP4_INC = -I$(NIP4SRC)
Lines 290-296 Link Here
290	GETSCFFIELD = $(SRCROOT)/get_scf_field	291	GETSCFFIELD = $(SRCROOT)/get_scf_field
291	INDEXSEQLIBSSRC = $(SRCROOT)/indexseqlibs	292	INDEXSEQLIBSSRC = $(SRCROOT)/indexseqlibs
292	INITEXPSRC = $(SRCROOT)/init_exp	293	INITEXPSRC = $(SRCROOT)/init_exp
293	IOLIBSRC = $(SRCROOT)/io_lib	294	IOLIBSRC = /usr/include/io_lib
294	LOOKUPSRC = $(SRCROOT)/lookup	295	LOOKUPSRC = $(SRCROOT)/lookup
295	MAKESCFSRC = $(SRCROOT)/makeSCF	296	MAKESCFSRC = $(SRCROOT)/makeSCF
296	MISCSRC = $(SRCROOT)/Misc	297	MISCSRC = $(SRCROOT)/Misc

Lines 47-60 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/mklinks (-8 lines)
47	ln -s ../src/mutscan/$i-binaries/mutscan .	47	ln -s ../src/mutscan/$i-binaries/mutscan .
48	ln -s ../src/polyA_clip/$i-binaries/polyA_clip .	48	ln -s ../src/polyA_clip/$i-binaries/polyA_clip .
49	ln -s ../src/qclip/$i-binaries/qclip .	49	ln -s ../src/qclip/$i-binaries/qclip .
50	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/convert_trace .
51	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/extract_seq .
52	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/index_tar .
53	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/makeSCF .
54	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/scf_dump .
55	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/scf_info .
56	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/scf_update .
57	ln -s ../src/io_lib/progs/$i-binaries/trace_dump .
58	ln -s ../src/screen_seq/$i-binaries/screen_seq .	50	ln -s ../src/screen_seq/$i-binaries/screen_seq .
59	ln -s ../src/tk_utils/$i-binaries/stash .	51	ln -s ../src/tk_utils/$i-binaries/stash .
60	ln -s ../src/tracediff/$i-binaries/tracediff .	52	ln -s ../src/tracediff/$i-binaries/tracediff .

Lines 12-18 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/Makefile (-6 lines)
12	include mk/global.mk	12	include mk/global.mk
13		13
14	DIRS = Misc\	14	DIRS = Misc\
15	io_lib\
16	tk_utils\	15	tk_utils\
17	text_utils\	16	text_utils\
18	seq_utils\	17	seq_utils\
Lines 108-118 Link Here
108	# have been manually hacked/bug fixed.	107	# have been manually hacked/bug fixed.
109	distunix:	108	distunix:
110	-mkdir $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries	109	-mkdir $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
111	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libpng* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
112	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libtcl* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
113	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libtk* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
114	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libitcl* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
115	-cp -R lib/$(MACHINE)-binaries/libitk* $(DIST)/lib/$(MACHINE)-binaries
116		110
117		111
118	distwindows:	112	distwindows:

Lines 1-43 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/Misc/dependencies (-18 / +17 lines)
1		1
2	$O/array_arith.o: misc.h	2	# DO NOT DELETE
3	$O/array_arith.o: xalloc.h	3	$O/FtoC.o: os.h
		4	$O/array.o: array.h xerror.h xalloc.h
4	$O/array_arith.o: os.h	5	$O/array_arith.o: os.h
5	$O/array.o: array.h xerror.h	6	$O/array_arith.o: xalloc.h
6	$O/array.o: xalloc.h	7	$O/array_arith.o: misc.h
7	$O/bitmap.o: bitmap.h os.h
8	$O/bitmap.o: xerror.h xalloc.h	8	$O/bitmap.o: xerror.h xalloc.h
9	$O/crash.o: misc.h	9	$O/bitmap.o: bitmap.h os.h
10	$O/crash.o: xalloc.h	10	$O/crash.o: xalloc.h
11	$O/crash.o: os.h	11	$O/crash.o: os.h
12	$O/date.o: misc.h	12	$O/crash.o: misc.h
13	$O/date.o: xalloc.h	13	$O/date.o: xalloc.h
14	$O/date.o: os.h	14	$O/date.o: os.h
15	# DO NOT DELETE	15	$O/date.o: misc.h
16	$O/dstring.o: vlen.h	16	$O/dstring.o: vlen.h
17	$O/dstring.o: ./dstring.h	17	$O/dstring.o: ./dstring.h
18	$O/filenames.o: misc.h
19	$O/filenames.o: xalloc.h	18	$O/filenames.o: xalloc.h
		19	$O/filenames.o: misc.h
20	$O/filenames.o: os.h	20	$O/filenames.o: os.h
21	$O/files.o: misc.h
22	$O/files.o: xalloc.h	21	$O/files.o: xalloc.h
23	$O/files.o: os.h	22	$O/files.o: os.h
24	$O/find.o: misc.h	23	$O/files.o: misc.h
25	$O/find.o: xalloc.h	24	$O/find.o: xalloc.h
26	$O/find.o: os.h	25	$O/find.o: os.h
27	$O/FtoC.o: os.h	26	$O/find.o: misc.h
28	$O/getfile.o: misc.h os.h	27	$O/getfile.o: misc.h os.h
29	$O/getfile.o: xalloc.h getfile.h	28	$O/getfile.o: xalloc.h getfile.h
30	$O/locks.o: locks.h	29	$O/locks.o: locks.h
31	$O/parse_db.o: os.h	30	$O/parse_db.o: xalloc.h parse_db.h
32	$O/parse_db.o: parse_db.h misc.h	31	$O/parse_db.o: misc.h os.h
33	$O/parse_db.o: xalloc.h
34	$O/shell.o: misc.h
35	$O/shell.o: xalloc.h	32	$O/shell.o: xalloc.h
36	$O/shell.o: os.h	33	$O/shell.o: os.h
37	$O/strings.o: misc.h	34	$O/shell.o: misc.h
38	$O/strings.o: xalloc.h	35	$O/strings.o: xalloc.h
39	$O/strings.o: os.h	36	$O/strings.o: os.h
		37	$O/strings.o: misc.h
40	$O/vlen.o: vlen.h	38	$O/vlen.o: vlen.h
41	$O/xalloc.o: error.h	39	$O/xalloc.o: error.h
		40	$O/xerror.o: os.h
42	$O/xerror.o: xalloc.h	41	$O/xerror.o: xalloc.h
43	$O/xerror.o: xerror.h misc.h os.h	42	$O/xerror.o: xerror.h misc.h

Lines 1-12 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/abi/dependencies (-8 / +3 lines)
1		1
2	$O/abiIO.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h
3	$O/abiIO.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
4	$O/abiIO.o: abiIO.h
5	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
6	$O/getABIcomment.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h	3	$O/abiIO.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
7	$O/getABIcomment.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
8	$O/getABIdate.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h
9	$O/getABIdate.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
10	$O/getABISampleName.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/fpoint.h
11	$O/getABISampleName.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	4	$O/getABISampleName.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
12	$O/getABISampleName.o: abiIO.h	5	$O/getABISampleName.o: abiIO.h
		6	$O/getABIcomment.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
		7	$O/getABIdate.o: abiIO.h $(SRCROOT)/Misc/os.h

Lines 1-37 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/copy_reads/dependencies (-25 / +16 lines)
1		1
2	$O/copy_reads_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h	2	# DO NOT DELETE
3	$O/copy_reads_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h	3	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
4	$O/copy_reads_globals.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h	4	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
		5	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
		6	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
		7	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
5	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/active_tags.h $(SRCROOT)/gap4/tagdb.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h	8	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/active_tags.h $(SRCROOT)/gap4/tagdb.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h
6	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/complement.h copy_reads.h $(SRCROOT)/gap4/gap_cli_arg.h	9	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/complement.h copy_reads.h $(SRCROOT)/gap4/gap_cli_arg.h
7	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/consen.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/assemble_direct.h	10	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/consen.h $(SRCROOT)/gap4/hash_lib.h $(SRCROOT)/gap4/assemble_direct.h
8	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h	11	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/fort.h $(SRCROOT)/gap4/tkEditor.h
		12	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
9	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h	13	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
10	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/seqInfo.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h	14	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/seqInfo.h $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h $(SRCROOT)/gap4/edStructs.h
11	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h $(SRCROOT)/gap4/io-reg.h $(SRCROOT)/gap4/primlib.h	15	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
12	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/tman_display.h $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h
13	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/undo.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h	16	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/undo.h $(SRCROOT)/gap4/edUtils.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h
14	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
15	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
16	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkTrace.h
17	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/gap4/tagUtils.h
18	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
19	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/tagDefs.h $(SRCROOT)/gap4/fortran.h
20	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
21	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h	17	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/primer3/src/dpal.h $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h
22	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/primer3/src/primer3.h
23	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h	18	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
24	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/fij.h	19	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h $(SRCROOT)/gap4/fij.h
25	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
26	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
27	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
28	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
29	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h	20	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
30	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h	21	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/postscript.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h
31	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h copy_reads_globals.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h	22	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h
32	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h $(SRCROOT)/tk_utils/sheet.h	23	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h $(SRCROOT)/gap4/tkEdNames.h
33	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_common.h	24	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet_struct.h
		25	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
34	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h	26	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h
35	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	27	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tkSheet.h
36	$O/copy_reads.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h	28	$O/copy_reads.o: copy_reads_globals.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
37	# DO NOT DELETE

Lines 1-15 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/eba/dependencies (-13 / +6 lines)
1		1
2	$O/conf.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
3	$O/conf.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h
4	$O/conf.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h
5	$O/conf.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
6	$O/conf.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h
7	$O/conf.o: conf.h
8	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
9	$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/compress.h conf.h	3	$O/conf.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
10	$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h $(SRCROOT)/io_lib/include/array.h	4	$O/conf.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
11	$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/translate.h	5	$O/conf.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
12	$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/open_trace_file.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	6	$O/conf.o: conf.h
13	$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h	7	$O/qual.o: conf.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
14	$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/Read.h	8	$O/qual.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
15	$O/qual.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf.h

Lines 1-37 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/g/dependencies (-16 / +12 lines)
1		1
2	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
3	$O/freetree.o: freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-os.h
4	$O/freetree.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h	3	$O/freetree.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
5	$O/freetree.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	4	$O/freetree.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
		5	$O/freetree.o: freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-os.h
		6	$O/g-connect.o: g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h
		7	$O/g-connect.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
6	$O/g-connect.o: g-connect.h g-struct.h freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h	8	$O/g-connect.o: g-connect.h g-struct.h freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
		9	$O/g-connect.o: g-defs.h g-db.h
7	$O/g-connect.o: g-os.h	10	$O/g-connect.o: g-os.h
8	$O/g-connect.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h g-defs.h g-db.h
9	$O/g-connect.o: g-filedefs.h
10	$O/g-connect.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
11	$O/g-db.o: g-defs.h g-files.h g-io.h g-request.h
12	$O/g-db.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-db.h g-struct.h freetree.h g-error.h g-os.h	11	$O/g-db.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-db.h g-struct.h freetree.h g-error.h g-os.h
13	$O/g-db.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	12	$O/g-db.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
14	$O/g-db.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h	13	$O/g-db.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
15	$O/g-db.o: g-filedefs.h	14	$O/g-db.o: g-filedefs.h g-defs.h g-files.h g-io.h g-request.h
16	$O/g-error.o: g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-misc.h	15	$O/g-error.o: g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-misc.h
17	$O/g-files.o: g-struct.h g-filedefs.h g-io.h g-db.h g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	16	$O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
18	$O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h freetree.h g-error.h g-os.h	17	$O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h freetree.h g-error.h g-os.h
19	$O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h	18	$O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
20	$O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	19	$O/g-files.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
21	$O/g-files.o: g-files.h	20	$O/g-files.o: g-files.h g-struct.h g-filedefs.h g-io.h g-db.h g-defs.h
22	$O/g-io.o: g-struct.h freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-os.h
23	$O/g-io.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h g-io.h
24	$O/g-io.o: g-files.h	21	$O/g-io.o: g-files.h
25	$O/g-io.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	22	$O/g-io.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
26	$O/g-io.o: g-filedefs.h	23	$O/g-io.o: g-filedefs.h $(SRCROOT)/Misc/array.h g-io.h
27	$O/g-request.o: g-struct.h g-filedefs.h g-files.h g-defs.h g-db.h g-misc.h	24	$O/g-io.o: g-struct.h freetree.h g-error.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h g-os.h
28	$O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
29	$O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h freetree.h g-error.h g-os.h	25	$O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h freetree.h g-error.h g-os.h
30	$O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h	26	$O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
31	$O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	27	$O/g-request.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
32	$O/g-request.o: g-request.h	28	$O/g-request.o: g-misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
33	$O/g-struct.o: g-struct.h g-filedefs.h g-io.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	29	$O/g-request.o: g-request.h g-struct.h g-filedefs.h g-files.h g-defs.h g-db.h
34	$O/g-struct.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h freetree.h g-error.h g-os.h	30	$O/g-struct.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h freetree.h g-error.h g-os.h
35	$O/g-struct.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h	31	$O/g-struct.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
36	$O/g-struct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	32	$O/g-struct.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
37	$O/g-struct.o: g-files.h	33	$O/g-struct.o: g-files.h g-struct.h g-filedefs.h g-io.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h

Lines 1-51 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/haplo/dependencies (-39 / +29 lines)
1		1
2	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
		3	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
		4	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h
		5	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
		6	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
3	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h	7	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
4	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h	8	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
5	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h	9	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h
6	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h	10	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
7	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h	11	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
8	$O/haplo_cons.o: haplo.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h	12	$O/haplo_cons.o: haplo.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
9	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h	13	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h haplo.h $(SRCROOT)/gap4/notes.h
10	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/gap4/vseqs.h
11	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
12	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h
13	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
14	$O/haplo_cons.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h
15	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h
16	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
17	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
18	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/notes.h $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tk.h
19	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
20	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h haplo.h
21	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
22	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	14	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
23	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h	15	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
24	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h	16	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
25	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h	17	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
		18	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
		19	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/qual.h $(SRCROOT)/gap4/gap_globals.h $(SRCROOT)/tk_utils/tcl_utils.h
		20	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/template.h $(SRCROOT)/gap4/list.h
		21	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
26	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h	22	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
27	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h	23	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h $(SRCROOT)/g/g-os.h
28	$O/haplo_snps.o: $(SRCROOT)/tk8.4.6/generic/tkDecls.h
29	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
30	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
31	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h
32	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	24	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
33	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	25	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
34	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h	26	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
35	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h	27	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
36	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h	28	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
37	$O/haplo_split.o: haplo.h	29	$O/haplo_split.o: haplo.h
38	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h	30	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
39	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h	31	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
40	$O/haplo_split.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h	32	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
41	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h
42	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/gap-dbstruct.h
43	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
44	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/freetree.h $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h
45	$O/haplo_tcl.o: haplo.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
46	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/Misc/bitmap.h
47	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	33	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
48	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclDecls.h	34	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-error.h $(SRCROOT)/g/g-filedefs.h $(SRCROOT)/gap4/io_handle.h
49	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tcl.h	35	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h $(SRCROOT)/g/freetree.h
50	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/tcl8.4.6/generic/tclPlatDecls.h $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h	36	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/gap_cli_arg.h $(SRCROOT)/tk_utils/cli_arg.h $(SRCROOT)/gap4/list_proc.h
51	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/g/g-os.h $(SRCROOT)/gap4/gap-if.h $(SRCROOT)/g/g-struct.h	37	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/io_utils.h
		38	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
		39	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
		40	$O/haplo_tcl.o: $(SRCROOT)/gap4/IO.h $(SRCROOT)/g/g-defs.h
		41	$O/haplo_tcl.o: haplo.h $(SRCROOT)/Misc/dstring.h

Lines 6-14 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/mk/linux.mk (-6 / +7 lines)
6	/* DEFINES += -DLITTLE_ENDIAN */	6	/* DEFINES += -DLITTLE_ENDIAN */
7		7
8	# Use g77 for compiling our fortran	8	# Use g77 for compiling our fortran
9	F77 = g77	9	F77 = gfortran
10	# Ewe:	10	# use for g77
11	F77_DEP = -lg2c	11	# F77_DEP = -lg2c
		12	F77_DEP = -lgfortran
12	LIBSF = $(F77_DEP)	13	LIBSF = $(F77_DEP)
13	# Jura	14	# Jura
14	# F77_DEP = /usr/lib/gcc-lib/i386-glibc21-linux/egcs-2.91.66/libg2c.a	15	# F77_DEP = /usr/lib/gcc-lib/i386-glibc21-linux/egcs-2.91.66/libg2c.a
Lines 31-38 Link Here
31	XBIN = /usr/X11R6/lib	32	XBIN = /usr/X11R6/lib
32	# For AMD64 based systems use XBIN=/usr/X11R6/lib64	33	# For AMD64 based systems use XBIN=/usr/X11R6/lib64
33		34
34	#CLDFLAGS_E += -shared	35	CLDFLAGS_E += -shared
35	#FLDFLAGS_E += -shared	36	FLDFLAGS_E += -shared
36		37
37	# Dynamic linking	38	# Dynamic linking
38	# For AMD64 based systems try -fPIC instead.	39	# For AMD64 based systems try -fPIC instead.
Lines 41-47 Link Here
41	# pic with g77 generates opcodes unknown by the 386 assembler. Odd	42	# pic with g77 generates opcodes unknown by the 386 assembler. Odd
42	# It doesn't appear to be needed (but at a speed cost?).	43	# It doesn't appear to be needed (but at a speed cost?).
43	# For AMD64 based systems try -fPIC instead.	44	# For AMD64 based systems try -fPIC instead.
44	#SHLIB_FFLAGS = -fpic	45	SHLIB_FFLAGS = -fpic
45	SHLIB_LD = cc	46	SHLIB_LD = cc
46	SHLIB_LDFLAGS = -L$(L) $(SHLIB_STRIP) -shared -o	47	SHLIB_LDFLAGS = -L$(L) $(SHLIB_STRIP) -shared -o
47	SHLIB_PREFIX = lib	48	SHLIB_PREFIX = lib

Lines 12-18 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/mk/root.mk (-6 / +2 lines)
12	# gap/osp-bits	12	# gap/osp-bits
13	# gap	13	# gap
14	DIRS = Misc\	14	DIRS = Misc\
15	io_lib\
16	seq_utils\	15	seq_utils\
17	tk_utils\	16	tk_utils\
18	spin\	17	spin\
Lines 55-67 Link Here
55	# in io_lib from (eg) clean to cleanx.	54	# in io_lib from (eg) clean to cleanx.
56	#	55	#
57	clean:	56	clean:
58	cd io_lib; $(MAKE) $(FLAGS) cleanx	57	-echo blah
59	$(MAKE) $(FLAGS) JOB=clean
60		58
61	spotless:	59	spotless:
62	cd io_lib; $(MAKE) $(FLAGS) spotlessx	60	-ech blah
63	$(MAKE) $(FLAGS) JOB=spotless
64	-rm lib/$(O)/so_locations
65		61
66	relink:	62	relink:
67	-rm lib/$(O)/so_locations	63	-rm lib/$(O)/so_locations

Lines 1-12 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/polyA_clip/dependencies (-8 / +6 lines)
1		1
2	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
3	$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h	3	$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
4	$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h	4	$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
5	$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h	5	$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
		6	$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
6	$O/polyA_clip.o: seqInfo.h	7	$O/polyA_clip.o: seqInfo.h
7	$O/polyA_clip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h	8	$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
8	$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h	9	$O/seqInfo.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
9	$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf_extras.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
10	$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
11	$O/seqInfo.o: seqInfo.h
12	$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	10	$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h

Lines 1-17 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/qclip/dependencies (-13 / +8 lines)
1		1
2	$O/consen.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h
3	$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
4	$O/consen.o: consen.h
5	$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
6	# DO NOT DELETE	2	# DO NOT DELETE
7	$O/qclip.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h	3	$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
8	$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h	4	$O/consen.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
9	$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h	5	$O/consen.o: consen.h
10	$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h consen.h	6	$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h
		7	$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
11	$O/qclip.o: seqInfo.h	8	$O/qclip.o: seqInfo.h
12	$O/qclip.o: $(SRCROOT)/tk_utils/licence.h	9	$O/qclip.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h consen.h
13	$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/mFILE.h $(SRCROOT)/io_lib/include/os.h	10	$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
14	$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/io_lib/include/scf_extras.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h	11	$O/seqInfo.o: seqInfo.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
15	$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h $(SRCROOT)/io_lib/include/expFileIO.h
16	$O/seqInfo.o: seqInfo.h
17	$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	12	$O/seqInfo.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h

Lines 1-59 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/seq_utils/dependencies (-38 / +36 lines)
1		1
2	$O/align_lib_old.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h	2	# DO NOT DELETE
3	$O/align_lib_old.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h align_lib_old.h	3	$O/align.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
4	$O/align_lib_old.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
5	$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
6	$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
7	$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h dna_utils.h read_matrix.h
8	$O/align_lib.o: align_lib.h
9	$O/align.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
10	$O/align.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h	4	$O/align.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
		5	$O/align.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
11	$O/align.o: align_lib_old.h	6	$O/align.o: align_lib_old.h
12	$O/align.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	7	$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h dna_utils.h read_matrix.h
13	$O/align_ss2.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h	8	$O/align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
14	$O/align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h	9	$O/align_lib.o: align_lib.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
15	$O/align_ss2.o: align_lib_old.h	10	$O/align_lib_old.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
16	$O/align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	11	$O/align_lib_old.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
		12	$O/align_lib_old.o: align_lib_old.h
		13	$O/align_ss.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
17	$O/align_ss.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h	14	$O/align_ss.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
18	$O/align_ss.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h	15	$O/align_ss.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
19	$O/align_ss.o: align_lib_old.h	16	$O/align_ss.o: align_lib_old.h
20	$O/align_ss.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	17	$O/align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
21	$O/align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h	18	$O/align_ss2.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
22	$O/align_sv.o: align_lib_old.h uascii.gbl	19	$O/align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
23	$O/align_sv.o: align.h $(SRCROOT)/Misc/os.h	20	$O/align_ss2.o: align_lib_old.h
		21	$O/align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
24	$O/align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	22	$O/align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
25	$O/base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	23	$O/align_sv.o: align.h
		24	$O/align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
		25	$O/align_sv.o: align_lib_old.h
		26	$O/align_sv.o: uascii.gbl
		27	$O/base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
26	$O/base_comp.o: base_comp.h edge.h	28	$O/base_comp.o: base_comp.h edge.h
		29	$O/base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
27	$O/base_comp.o: dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h	30	$O/base_comp.o: dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
28	$O/base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	31	$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
29	$O/dna_utils.o: dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
30	$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
31	$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	32	$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
32	$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	33	$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
33	# DO NOT DELETE	34	$O/dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h dna_utils.h
34	$O/edge.o: dna_utils.h
35	$O/edge.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
36	$O/edge.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	35	$O/edge.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
37	$O/edge.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	36	$O/edge.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
38	$O/genetic_code.o: dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h genetic_code.h	37	$O/edge.o: dna_utils.h
		38	$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h genetic_code.h
		39	$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/text_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
		40	$O/genetic_code.o: dna_utils.h
39	$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	41	$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
40	$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/text_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h	42	$O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h genetic_code.h
41	$O/genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
42	$O/open_reading_frames.o: dna_utils.h $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h genetic_code.h
43	$O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	43	$O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
44	$O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	44	$O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
45	$O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/text_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h	45	$O/open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/text_utils/text_output.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h
46	$O/read_matrix.o: read_matrix.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h	46	$O/open_reading_frames.o: dna_utils.h
		47	$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
47	$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	48	$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
48	$O/read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	49	$O/read_matrix.o: read_matrix.h
49	$O/renz_utils.o: dna_utils.h	50	$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/os.h
50	$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h $(SRCROOT)/Misc/misc.h	51	$O/renz_utils.o: renz_utils.h $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
51	$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h	52	$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h dna_utils.h
52	$O/renz_utils.o: renz_utils.h
53	$O/renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
54	$O/scramble.o: sequence_formats.h	53	$O/scramble.o: sequence_formats.h
55	$O/search_utils.o: search_utils.h	54	$O/search_utils.o: search_utils.h
56	$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h	55	$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h $(SRCROOT)/Misc/array.h $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
57	$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h	56	$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h sequence_formats.h
58	$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h	57	$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
59	$O/sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h sequence_formats.h

Lines 72-83 Link Here

(-)staden-src-1-7-0.ori/src/tk_utils/Makefile (-7 / +2 lines)
72	@	72	@
73		73
74	TKU_LIBS = \	74	TKU_LIBS = \
75	$(IOLIB_LIB) \
76	$(TK_LIB) \
77	$(TCL_LIB) \
78	$(MISC_LIB) \	75	$(MISC_LIB) \
79	$(PNG_LIB) \
80	$(ZLIB_LIB) \
81	$(SOCKET)	76	$(SOCKET)
82		77
83	$(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS)$(SHLIB_SUFFIX): $(OBJS) $(DEF_FILE)	78	$(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS)$(SHLIB_SUFFIX): $(OBJS) $(DEF_FILE)
Lines 113-120 Link Here
113	-ln -s ../licence/md52.c .	108	-ln -s ../licence/md52.c .
114	-ln -s ../licence/md52.h .	109	-ln -s ../licence/md52.h .
115	-ln -s ../licence/valid_seq.c .	110	-ln -s ../licence/valid_seq.c .
116	-ln -s ../tcl8.4.6/unix/tclAppInit.c .	111	-ln -s /usr/lib/tcl8.4/tclAppInit.c .
117	-ln -s ../tk8.4.6/winMain.c .	112	# -ln -s ../tk8.4.6/winMain.c .
118	touch .links	113	touch .links
119	$(MAKE) $(MFLAGS)	114	$(MAKE) $(MFLAGS)
120		115