Bug 78375

Summary:	staden 1.5.3 compilation failed
Product:	Gentoo Linux	Reporter:	Didier Link <didier>
Component:	Current packages	Assignee:	Olivier Fisette (RETIRED) <ribosome>
Status:	RESOLVED FIXED
Severity:	normal	CC:	sci
Priority:	High
Version:	unspecified
Hardware:	x86
OS:	Linux
Whiteboard:
Package list:		Runtime testing required:	---

Description Didier Link 2005-01-17 08:29:47 UTC

I try to emerge staden and get this error :

[...]
i686-pc-linux-gnu-gcc  -O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g  -fPIC -Wuninitialized  -L/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries  -o linux-binaries/stash  linux-binaries/stash.o linux-binaries/tclAppInit.o  -ltk_utils   -L/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries -ltk8.4  -L/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries -ltcl8.4  -lm    -L/usr/X11R6/lib -lX11     -ldl
/usr/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.3/../../../../i686-pc-linux-gnu/bin/ld: warning: libmisc.so, needed by /var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `vflen'
/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `myusleep'
/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `Fstr2Cstr'
/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `expandpath'
collect2: ld a retourn

Comment 1 Didier Link 2005-01-17 08:29:47 UTC

I try to emerge staden and get this error :

[...]
i686-pc-linux-gnu-gcc  -O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g  -fPIC -Wuninitialized  -L/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries  -o linux-binaries/stash  linux-binaries/stash.o linux-binaries/tclAppInit.o  -ltk_utils   -L/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries -ltk8.4  -L/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries -ltcl8.4  -lm    -L/usr/X11R6/lib -lX11     -ldl
/usr/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.3/../../../../i686-pc-linux-gnu/bin/ld: warning: libmisc.so, needed by /var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `vflen'
/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `myusleep'
/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `Fstr2Cstr'
/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/lib/linux-binaries/libtk_utils.so: undefined reference to `expandpath'
collect2: ld a retourné 1 code d'état d'exécution
make[3]: *** [linux-binaries/stash] Erreur 1
make[3]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/tk_utils'
make[2]: *** [.links] Erreur 2
make[2]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/tk_utils'
make[1]: *** [tk_utils] Erreur 2
make[1]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src'
make: *** [all] Erreur 2

!!! ERROR: sci-biology/staden-1.5.3 failed.
!!! Function src_compile, Line 143, Exitcode 2
!!! Package compilation failed.
!!! If you need support, post the topmost build error, NOT this status message.



Reproducible: Always
Steps to Reproduce:




Portage 2.0.51-r13 (default-linux/x86/2004.3, gcc-3.4.3,
glibc-2.3.4.20041102-r0, 2.6.9-gentoo-r12 i686)
=================================================================
System uname: 2.6.9-gentoo-r12 i686 AMD Athlon(tm) XP 2800+
Gentoo Base System version 1.6.7
Python:              dev-lang/python-2.3.4 [2.3.4 (#1, Dec 29 2004, 16:34:10)]
dev-lang/python:     2.3.4
sys-devel/autoconf:  2.59-r6, 2.13
sys-devel/automake:  1.8.5-r2, 1.5, 1.4_p6, 1.6.3, 1.7.9, 1.9.4
sys-devel/binutils:  2.15.92.0.2-r2
sys-devel/libtool:   1.5.10-r2
virtual/os-headers:  2.6.8.1-r2
ACCEPT_KEYWORDS="x86 ~x86"
AUTOCLEAN="yes"
CFLAGS="-O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g "
CHOST="i686-pc-linux-gnu"
CONFIG_PROTECT="/etc /usr/kde/2/share/config /usr/kde/3.3/env
/usr/kde/3.3/share/config /usr/kde/3.3/shutdown /usr/kde/3/share/config
/usr/lib/X11/xkb /usr/lib/mozilla/defaults/pref /usr/share/config
/usr/share/texmf/dvipdfm/config/ /usr/share/texmf/dvips/config/
/usr/share/texmf/tex/generic/config/ /usr/share/texmf/tex/platex/config/
/usr/share/texmf/xdvi/ /var/qmail/alias /var/qmail/control"
CONFIG_PROTECT_MASK="/etc/gconf /etc/terminfo /etc/env.d"
CXXFLAGS="-O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g "
DISTDIR="/usr/portage/distfiles"
FEATURES="autoaddcvs autoconfig ccache distlocks nostrip sandbox sfperms"
GENTOO_MIRRORS="http://gentoo.inode.at/
http://212.219.56.152/sites/www.ibiblio.org/gentoo/
ftp://ftp.du.se/pub/os/gentoo http://mirror.gentoo.ru/pub/mirror/gentoo/
ftp://ftp.ntua.gr/pub/linux/gentoo/"
MAKEOPTS="-j2"
PKGDIR="/usr/portage/packages"
PORTAGE_TMPDIR="/var/tmp"
PORTDIR="/usr/portage"
PORTDIR_OVERLAY="/usr/local/portage"
SYNC="rsync://rsync.fr.gentoo.org/gentoo-portage"
USE="3dnow S3TC X X509 Xaw3d aalib acl acpi adns alsa apache2 audiofile avi
berkdb bidi bitmap-fonts bluetooth bonobo c++ cairo caps cddb cdparanoia cdr
chroot clamav codecs crypt cups curl dba dbm dga dlloader dmx dnd dts dv dvb dvd
dvdread encode esd ethereal evo exif expat ext-png ext-zlib f77 faac faad fam
fbcon fbdev ffmpeg flac font-server foomaticdb fortran freetype ftp gcj gcl gd
gd-external gdbm gif gimp gimpprint glade gnome gnutls gphoto2 gpm gs gstreamer
gtk gtk2 gtkhtml hal howl ieee1394 imagemagick imap imlib imlib2 innodb intl
ipv6 j2ee jabber java javadoc javamail javascript jce jikes jpeg junit latex
lcms ldap libg++ libwww lufsusermount mad maildir matroska mikmod mime mmx mmx2
mng motif mozdevelop mozilla mozsvg mp3 mpeg mpeg4 mysql native ncurses nls
no-old-linux nptl nptlonly objc ofx oggvorbis openal opengl openssh oss pam pcre
pdflib perl php plotutils png posix postgres ppds print pthreads python
quicktime readline rtc scanner sdl slang smime speex spell sse ssl struts svg
svga tcltk tcpd tetex theora threads tidy tiff truetype truetype-fonts
type1-fonts ucs4 unicode usb userlocales virus-scan wxwindows x86 xine xinerama
xinetd xml2 xosd xpm xrandr xv xvid xvmc zlib"
Unset:  LDFLAGS

Comment 2 Olivier Fisette (RETIRED) gentoo-dev

2005-01-17 16:20:07 UTC

Thanks for reporting. I think I was able to fix this. The changes should hit your Portage mirror in an hour. Please tell me if they solve your problem.

Comment 3 Olivier Fisette (RETIRED) gentoo-dev

2005-01-19 17:40:28 UTC

I have been able to compile on a variety of setups, so I think this is really fixed. Feel free to reopen if you still have problems.

Comment 4 Didier Link 2005-01-21 02:38:42 UTC

Hello,

thanks for the patch but another error follow :

i686-pc-linux-gnu-g++ -O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g  -fPIC -Wuninitialized  -DUSE_NON_CONST -DMUTLIB_EXPORTS -DDYNMAT  -I. -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/Misc -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/mutlib -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/seq_utils   -o linux-binaries/mutationtag_utils.o -c mutationtag_utils.cpp
In file included from ./mutationtag_utils.hpp:22,
                 from mutationtag_utils.cpp:19:
./array.hpp: In member function `double NumericArray<T>::Mean() const':
./array.hpp:319: erreur:

Comment 5 Didier Link 2005-01-21 02:38:42 UTC

Hello,

thanks for the patch but another error follow :

i686-pc-linux-gnu-g++ -O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g  -fPIC -Wuninitialized  -DUSE_NON_CONST -DMUTLIB_EXPORTS -DDYNMAT  -I. -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/Misc -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/mutlib -I/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/seq_utils   -o linux-binaries/mutationtag_utils.o -c mutationtag_utils.cpp
In file included from ./mutationtag_utils.hpp:22,
                 from mutationtag_utils.cpp:19:
./array.hpp: In member function `double NumericArray<T>::Mean() const':
./array.hpp:319: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:319: erreur: (Chaque identificateur non déclaré est rapporté seulement une seule fois pour la fonction dans laquelle il apparaît.)
./array.hpp:321: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:321: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `double NumericArray<T>::Variance(double*) const':
./array.hpp:337: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:341: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:341: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `T NumericArray<T>::Min() const':
./array.hpp:361: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:361: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:363: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `T NumericArray<T>::Max() const':
./array.hpp:379: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:379: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:381: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `void NumericArray<T>::Interpolate(int, int)':
./array.hpp:395: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:399: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `bool DNAArray<CharT>::IsACGT(int) const':
./array.hpp:439: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:440: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::GotoBase(int, char) const':
./array.hpp:470: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:474: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::CountPads(char) const':
./array.hpp:496: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:496: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:498: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::GetAlignedPosition(int, bool, char) const':
./array.hpp:522: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:524: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::GetOriginalPosition(int, bool, char) const':
./array.hpp:549: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:564: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
make[2]: *** [linux-binaries/mutationtag_utils.o] Erreur 1
make[2]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src/mutlib'
make[1]: *** [mutlib] Erreur 2
make[1]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.5.3/work/staden-src-1-5-3/src'
make: *** [all] Erreur 2

!!! ERROR: sci-biology/staden-1.5.3 failed.
!!! Function src_compile, Line 146, Exitcode 2
!!! Package compilation failed.
!!! If you need support, post the topmost build error, NOT this status message.

You haven't release a staden-1.5.3-r1 for the first fixes ? Strange no ?
Maybe another dependencies that is not updated by emerge ?

thanks !

Didier LINK

Comment 6 Olivier Fisette (RETIRED) gentoo-dev

2005-01-24 15:38:34 UTC

Are you able to compile "staden-1.4.1-r7"? I would like to know if this is 
specific to "1.5.3".

(I did not release the new patch as a revision because it does not change 
anything for those who compiled the package successfully. Such changes do
not warrant a revision according to our policies.)

Comment 7 Didier Link 2005-01-24 16:41:14 UTC

The same with staden-1.4.1-r7, ...

i686-pc-linux-gnu-g++ -O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g  -fPIC -Wuninitialized  -DUSE_NON_CONST -DMUTLIB_EXPORTS -DDYNMAT  -I. -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/Misc -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/mutlib -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/seq_utils -o linux-binaries/mutationtag_utils.o -c mutationtag_utils.cpp
In file included from ./mutationtag_utils.hpp:22,
                 from mutationtag_utils.cpp:19:
./array.hpp: In member function `double NumericArray<T>::Mean() const':
./array.hpp:319: erreur:

Comment 8 Didier Link 2005-01-24 16:41:14 UTC

The same with staden-1.4.1-r7, ...

i686-pc-linux-gnu-g++ -O2 -march=athlon-xp -mtune=athlon-xp -momit-leaf-frame-pointer -g  -fPIC -Wuninitialized  -DUSE_NON_CONST -DMUTLIB_EXPORTS -DDYNMAT  -I. -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/Misc -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/mutlib -I/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/seq_utils -o linux-binaries/mutationtag_utils.o -c mutationtag_utils.cpp
In file included from ./mutationtag_utils.hpp:22,
                 from mutationtag_utils.cpp:19:
./array.hpp: In member function `double NumericArray<T>::Mean() const':
./array.hpp:319: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:319: erreur: (Chaque identificateur non déclaré est rapporté seulement une seule fois pour la fonction dans laquelle il apparaît.)
./array.hpp:321: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:321: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `double NumericArray<T>::Variance(double*) const':
./array.hpp:337: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:341: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:341: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `T NumericArray<T>::Min() const':
./array.hpp:361: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:361: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:363: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `T NumericArray<T>::Max() const':
./array.hpp:379: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:379: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:381: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `void NumericArray<T>::Interpolate(int, int)':
./array.hpp:395: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:399: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `bool DNAArray<CharT>::IsACGT(int) const':
./array.hpp:439: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:440: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::GotoBase(int, char) const':
./array.hpp:470: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:474: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::CountPads(char) const':
./array.hpp:496: erreur: « m_nLowerLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:496: erreur: « m_nUpperLimit » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:498: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::GetAlignedPosition(int, bool, char) const':
./array.hpp:522: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:524: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp: In member function `int DNAArray<CharT>::GetOriginalPosition(int, bool, char) const':
./array.hpp:549: erreur: « m_nLength » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
./array.hpp:564: erreur: « m_pArray » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
make[2]: *** [linux-binaries/mutationtag_utils.o] Erreur 1
make[2]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src/mutlib'
make[1]: *** [mutlib] Erreur 2
make[1]: Leaving directory `/var/tmp/portage/staden-1.4.1-r7/work/staden-src-rel-1-4-1/src'
make: *** [all] Erreur 2

!!! ERROR: sci-biology/staden-1.4.1-r7 failed.
!!! Function src_compile, Line 143, Exitcode 2
!!! Package compilation failed.
!!! If you need support, post the topmost build error, NOT this status message.

Good luck and thanks for support !

Didier LINK

Comment 9 Olivier Fisette (RETIRED) gentoo-dev

2005-01-24 20:24:42 UTC

This looks like a GCC 3.4 oddity. I just commited a new patch which might fix 
it. Could you sync your tree in an hour and give it a try? If that still does 
not work, try updating "sys-devel/gcc" from "3.4.3" to "3.4.3-r1". (That is the 
version from the 3.4 branch that I use.)

Comment 10 Didier Link 2005-01-25 01:57:45 UTC

Yes, you have done the right thing !!!!

Thanks a lot, I can test the programs now ;)

Didier LINK