--- a/mscgen-0.20.ebuild	
+++ a/mscgen-0.20.ebuild	
@@ -38,6 +38,7 @@ src_configure() {
 	fi
 
 	econf \
-		--docdir=/usr/share/doc/${PF} \
+		--docdir=${EPREFIX}/usr/share/doc/${PF} \
+		--prefix=${EPREFIX}/usr \
 		${myconf}
 }