/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/temp/build.log

build.log (text/plain), 297.21 KB, created by Iddo on 2014-02-05 20:12:49 UTC

 * Package:    sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1
 * Repository: gentoo
 * Maintainer: [e-mail]
 * USE:        X abi_x86_64 amd64 doc elibc_glibc kernel_linux multilib pdf png policykit userland_GNU
 * FEATURES:   preserve-libs sandbox userpriv usersandbox
>>> Unpacking source...
>>> Unpacking EMBOSS-6.3.1.tar.gz to /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work
>>> Unpacking emboss-6.3.1_p4.patch.gz to /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work
>>> Source unpacked in /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work
>>> Preparing source in /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1 ...
 * Applying emboss-6.3.1_p4.patch ...
 [ ok ]
 * Applying 6.3.1_p4-unbundle-libs.patch ...
 [ ok ]
 * Applying emboss-6.3.1_p4-r1_plcol.patch ...
 [ ok ]
 * Running eautoreconf in '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1' ...
 * Running libtoolize --install --copy --force --automake ...
 [ ok ]
 * Running aclocal -I m4 ...
 [ ok ]
 * Running autoconf ...
 [ ok ]
 * Running automake --add-missing --copy ...
 [ ok ]
 * Running elibtoolize in: EMBOSS-6.3.1/
 *   Applying portage/1.2.0 patch ...
 *   Applying sed/1.5.6 patch ...
 *   Applying as-needed/2.4.2 patch ...
 *   Applying target-nm/2.4.2 patch ...
>>> Source prepared.
>>> Configuring source in /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1 ...
 * econf: updating EMBOSS-6.3.1/config.sub with /usr/share/gnuconfig/config.sub
 * econf: updating EMBOSS-6.3.1/config.guess with /usr/share/gnuconfig/config.guess
./configure --prefix=/usr --build=x86_64-pc-linux-gnu --host=x86_64-pc-linux-gnu --mandir=/usr/share/man --infodir=/usr/share/info --datadir=/usr/share --sysconfdir=/etc --localstatedir=/var/lib --libdir=/usr/lib64 --disable-dependency-tracking --with-x --with-pngdriver=/usr --with-docroot=/usr --with-hpdf=/usr --without-mysql --without-postgresql --enable-64 --disable-static --without-java --enable-large --enable-systemlibs --includedir=/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/image//usr/include/emboss
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/missing: Unknown `--is-lightweight' option
Try `/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/missing --help' for more information
configure: WARNING: 'missing' script is too old or missing
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking whether make supports nested variables... yes
checking build system type... x86_64-pc-linux-gnu
checking host system type... x86_64-pc-linux-gnu
checking how to print strings... printf
checking for style of include used by make... GNU
checking for x86_64-pc-linux-gnu-gcc... x86_64-pc-linux-gnu-gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether x86_64-pc-linux-gnu-gcc accepts -g... yes
checking for x86_64-pc-linux-gnu-gcc option to accept ISO C89... none needed
checking whether x86_64-pc-linux-gnu-gcc understands -c and -o together... yes
checking dependency style of x86_64-pc-linux-gnu-gcc... none
checking for a sed that does not truncate output... /bin/sed
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for fgrep... /bin/grep -F
checking for ld used by x86_64-pc-linux-gnu-gcc... /usr/x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld
checking if the linker (/usr/x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld) is GNU ld... yes
checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/x86_64-pc-linux-gnu-nm -B
checking the name lister (/usr/bin/x86_64-pc-linux-gnu-nm -B) interface... BSD nm
checking whether ln -s works... yes
checking the maximum length of command line arguments... 1572864
checking whether the shell understands some XSI constructs... yes
checking whether the shell understands "+="... yes
checking how to convert x86_64-pc-linux-gnu file names to x86_64-pc-linux-gnu format... func_convert_file_noop
checking how to convert x86_64-pc-linux-gnu file names to toolchain format... func_convert_file_noop
checking for /usr/x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld option to reload object files... -r
checking for x86_64-pc-linux-gnu-objdump... x86_64-pc-linux-gnu-objdump
checking how to recognize dependent libraries... pass_all
checking for x86_64-pc-linux-gnu-dlltool... no
checking for dlltool... no
checking how to associate runtime and link libraries... printf %s\n
checking for x86_64-pc-linux-gnu-ar... x86_64-pc-linux-gnu-ar
checking for archiver @FILE support... @
checking for x86_64-pc-linux-gnu-strip... x86_64-pc-linux-gnu-strip
checking for x86_64-pc-linux-gnu-ranlib... x86_64-pc-linux-gnu-ranlib
checking command to parse /usr/bin/x86_64-pc-linux-gnu-nm -B output from x86_64-pc-linux-gnu-gcc object... ok
checking for sysroot... no
checking for x86_64-pc-linux-gnu-mt... no
checking for mt... no
checking if : is a manifest tool... no
checking how to run the C preprocessor... x86_64-pc-linux-gnu-gcc -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking for dlfcn.h... yes
checking for objdir... .libs
checking if x86_64-pc-linux-gnu-gcc supports -fno-rtti -fno-exceptions... no
checking for x86_64-pc-linux-gnu-gcc option to produce PIC... -fPIC -DPIC
checking if x86_64-pc-linux-gnu-gcc PIC flag -fPIC -DPIC works... yes
checking if x86_64-pc-linux-gnu-gcc static flag -static works... yes
checking if x86_64-pc-linux-gnu-gcc supports -c -o file.o... yes
checking if x86_64-pc-linux-gnu-gcc supports -c -o file.o... (cached) yes
checking whether the x86_64-pc-linux-gnu-gcc linker (/usr/x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes
checking whether -lc should be explicitly linked in... no
checking dynamic linker characteristics... GNU/Linux ld.so
checking how to hardcode library paths into programs... immediate
checking whether stripping libraries is possible... yes
checking if libtool supports shared libraries... yes
checking whether to build shared libraries... yes
checking whether to build static libraries... no
checking for gawk... (cached) gawk
checking for x86_64-pc-linux-gnu-gcc... (cached) x86_64-pc-linux-gnu-gcc
checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes
checking whether x86_64-pc-linux-gnu-gcc accepts -g... (cached) yes
checking for x86_64-pc-linux-gnu-gcc option to accept ISO C89... (cached) none needed
checking whether x86_64-pc-linux-gnu-gcc understands -c and -o together... (cached) yes
checking dependency style of x86_64-pc-linux-gnu-gcc... (cached) none
checking how to run the C preprocessor... x86_64-pc-linux-gnu-gcc -E
checking for inline... inline
checking for 64bit compilation support... done
checking whether byte ordering is bigendian... no
checking whether ln -s works... yes
checking whether make sets $(MAKE)... (cached) yes
checking for X... libraries , headers 
checking for gethostbyname... yes
checking for connect... yes
checking for remove... yes
checking for shmat... yes
checking for IceConnectionNumber in -lICE... yes
checking for dirent.h that defines DIR... yes
checking for library containing opendir... none required
checking for ANSI C header files... (cached) yes
checking for unistd.h... (cached) yes
checking TargetConfig.h usability... no
checking TargetConfig.h presence... no
checking for TargetConfig.h... no
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking for pid_t... yes
checking for size_t... yes
checking whether struct tm is in sys/time.h or time.h... time.h
checking whether getpgrp requires zero arguments... yes
checking for strftime... yes
checking vfork.h usability... no
checking vfork.h presence... no
checking for vfork.h... no
checking for fork... yes
checking for vfork... yes
checking for working fork... yes
checking for working vfork... (cached) yes
checking for vprintf... yes
checking for _doprnt... no
checking for memmove... yes
checking for socket in -lc... yes
checking for main in -lm... yes
checking if docroot is given... yes
checking if gcc profiling is selected... no
checking if java include directory given... no
checking if java OS include directory given... no
checking whether to look for pdf support... yes
checking for HPDF_New in -lhpdf... yes
PDF support found
checking if png driver is wanted... yes
checking for inflateEnd in -lz... yes
checking for png_destroy_read_struct in -lpng... yes
checking for gdImageCreateFromPng in -lgd... yes
PNG libraries found
checking if any authorisation type is given... no
checking if Linux x86_64... yes
checking for javac... true
checking for ant... true
checking for large file support... done
checking for systemlib usage... checking for x86_64-pc-linux-gnu-pkg-config... /usr/bin/x86_64-pc-linux-gnu-pkg-config
checking pkg-config is at least version 0.9.0... yes
checking for PLPLOT... yes
checking for ZLIB... yes
checking for purify... no
checking for cygwin... no
checking for mprobe... no
checking for savestats... no
checking if any threading type is given... no
checking that generated files are newer than configure... done
configure: creating ./config.status
config.status: creating plplot/Makefile
config.status: creating plplot/lib/Makefile
config.status: creating nucleus/Makefile
config.status: creating ajax/Makefile
config.status: creating ajax/core/ajax-pcre-config.h
config.status: creating ajax/pcre/Makefile
config.status: creating ajax/expat/Makefile
config.status: creating ajax/zlib/Makefile
config.status: creating ajax/core/Makefile
config.status: creating ajax/graphics/Makefile
config.status: creating ajax/ensembl/Makefile
config.status: creating ajax/ajaxdb/Makefile
config.status: creating ajax/acd/Makefile
config.status: creating emboss/Makefile
config.status: creating emboss/acd/Makefile
config.status: creating test/Makefile
config.status: creating test/data/Makefile
config.status: creating test/embl/Makefile
config.status: creating test/genbank/Makefile
config.status: creating test/pir/Makefile
config.status: creating test/swiss/Makefile
config.status: creating test/swnew/Makefile
config.status: creating test/testdb/Makefile
config.status: creating emboss/data/Makefile
config.status: creating emboss/data/AAINDEX/Makefile
config.status: creating emboss/data/CODONS/Makefile
config.status: creating emboss/data/REBASE/Makefile
config.status: creating emboss/data/JASPAR_CORE/Makefile
config.status: creating emboss/data/JASPAR_FAM/Makefile
config.status: creating emboss/data/JASPAR_PHYLOFACTS/Makefile
config.status: creating emboss/data/JASPAR_CNE/Makefile
config.status: creating emboss/data/JASPAR_POLII/Makefile
config.status: creating emboss/data/JASPAR_SPLICE/Makefile
config.status: creating emboss/data/JASPAR_PBM/Makefile
config.status: creating emboss/data/JASPAR_PBM_HLH/Makefile
config.status: creating emboss/data/JASPAR_PBM_HOMEO/Makefile
config.status: creating emboss/data/PRINTS/Makefile
config.status: creating emboss/data/PROSITE/Makefile
config.status: creating doc/Makefile
config.status: creating doc/manuals/Makefile
config.status: creating doc/tutorials/Makefile
config.status: creating doc/programs/Makefile
config.status: creating doc/programs/html/Makefile
config.status: creating doc/programs/text/Makefile
config.status: creating jemboss/Makefile
config.status: creating jemboss/images/Makefile
config.status: creating jemboss/lib/Makefile
config.status: creating jemboss/lib/axis/Makefile
config.status: creating jemboss/resources/Makefile
config.status: creating jemboss/utils/Makefile
config.status: creating Makefile
config.status: executing depfiles commands
config.status: executing libtool commands
>>> Source configured.
>>> Compiling source in /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1 ...
make 
Making all in ajax
make[1]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax'
Making all in core
make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core'
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -DAJAX_FIXED_ROOT=\"/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss\" -DAJAX_SYSTEM="\"Linux\"" -DPREFIX=\"/usr\"     -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ajalign.lo ajalign.c
libtool: compile:  x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -DAJAX_FIXED_ROOT=\"/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss\" -DAJAX_SYSTEM=\"Linux\" -DPREFIX=\"/usr\" -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -c ajalign.c  -fPIC -DPIC -o .libs/ajalign.o
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -DAJAX_FIXED_ROOT=\"/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss\" -DAJAX_SYSTEM="\"Linux\"" -DPREFIX=\"/usr\"     -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ajarr.lo ajarr.c
libtool: compile:  x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -DAJAX_FIXED_ROOT=\"/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss\" -DAJAX_SYSTEM=\"Linux\" -DPREFIX=\"/usr\" -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -c ajarr.c  -fPIC -DPIC -o .libs/ajarr.o
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -DAJAX_FIXED_ROOT=\"/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss\" -DAJAX_SYSTEM="\"Linux\"" -DPREFIX=\"/usr\"     -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ajassert.lo ajassert.c
libtool: compile:  x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -DAJAX_FIXED_ROOT=\"/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss\" -DAJAX_SYSTEM=\"Linux\" -DPREFIX=\"/usr\" -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -c ajassert.c  -fPIC -DPIC -o .libs/ajassert.o
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -DAJAX_FIXED_ROOT=\"/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss\" -DAJAX_SYSTEM="\"Linux\"" -DPREFIX=\"/usr\"     -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ajbase.lo ajbase.c
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ajseqbam.c: In function 'ajSeqBamBgzfEof':
ajseqbam.c:1612:10: warning: ignoring return value of 'fread', declared with attribute warn_unused_result [-Wunused-result]
     fread(buf, 1, 28, fp->file);
          ^
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ajsys.c: In function 'ajSysCommandCopyC':
ajsys.c:868:14: warning: ignoring return value of 'write', declared with attribute warn_unused_result [-Wunused-result]
         write(to, buf, n);
              ^
ajsys.c: In function 'ajSysExecOutnameErrC':
ajsys.c:2153:12: warning: ignoring return value of 'dup', declared with attribute warn_unused_result [-Wunused-result]
         dup(fileno(stdout));
            ^
ajsys.c: In function 'ajSysExecOutnameErrAppendC':
ajsys.c:2332:12: warning: ignoring return value of 'dup', declared with attribute warn_unused_result [-Wunused-result]
         dup(fileno(stdout));
            ^
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libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libajax.so" && ln -s "libajax.so.6.0.3" "libajax.so")
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libajax.la" && ln -s "../libajax.la" "libajax.la" )
make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core'
Making all in graphics
make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/graphics'
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I/usr/include/plplot  -DUSE_PLXSFNAM_SHIM -I../../ajax/core  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ajgraph.lo ajgraph.c
libtool: compile:  x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I/usr/include/plplot -DUSE_PLXSFNAM_SHIM -I../../ajax/core -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -c ajgraph.c  -fPIC -DPIC -o .libs/ajgraph.o
ajgraph.c: In function 'GraphSetName':
ajgraph.c:1063:18: warning: assignment makes pointer from integer without a cast [enabled by default]
         fullname = asprintf(fullname,"%s%s", ajStrGetPtr(txt), ext);
                  ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsGetCharsize':
ajgraph.c:2013:2: warning: passing argument 1 of 'c_plgchr' from incompatible pointer type [enabled by default]
  plgchr(defheight,currentscale);
  ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:1004:1: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 c_plgchr( PLFLT *p_def, PLFLT *p_ht );
 ^
ajgraph.c:2013:2: warning: passing argument 2 of 'c_plgchr' from incompatible pointer type [enabled by default]
  plgchr(defheight,currentscale);
  ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:1004:1: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 c_plgchr( PLFLT *p_def, PLFLT *p_ht );
 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsGetParamsPage':
ajgraph.c:2086:2: warning: passing argument 1 of 'c_plgpage' from incompatible pointer type [enabled by default]
  plgpage(xp,yp,xleng,yleng,xoff,yoff);
  ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:1084:1: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 c_plgpage( PLFLT *p_xp, PLFLT *p_yp,
 ^
ajgraph.c:2086:2: warning: passing argument 2 of 'c_plgpage' from incompatible pointer type [enabled by default]
  plgpage(xp,yp,xleng,yleng,xoff,yoff);
  ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:1084:1: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 c_plgpage( PLFLT *p_xp, PLFLT *p_yp,
 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposBox':
ajgraph.c:2618:2: warning: passing argument 2 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default]
  GraphArray(5, xa, ya);
  ^
ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphArray(ajuint numofpoints,
                 ^
ajgraph.c:2618:2: warning: passing argument 3 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default]
  GraphArray(5, xa, ya);
  ^
ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphArray(ajuint numofpoints,
                 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposBoxFill':
ajgraph.c:2674:2: warning: passing argument 2 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default]
  GraphFill(4, xa, ya);
  ^
ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y);
                 ^
ajgraph.c:2674:2: warning: passing argument 3 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default]
  GraphFill(4, xa, ya);
  ^
ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y);
                 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposCircle':
ajgraph.c:2729:5: warning: passing argument 2 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphArray(361, xa,ya);
     ^
ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphArray(ajuint numofpoints,
                 ^
ajgraph.c:2729:5: warning: passing argument 3 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphArray(361, xa,ya);
     ^
ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphArray(ajuint numofpoints,
                 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposDia':
ajgraph.c:2781:5: warning: passing argument 2 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphArray(5, xa, ya);
     ^
ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphArray(ajuint numofpoints,
                 ^
ajgraph.c:2781:5: warning: passing argument 3 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphArray(5, xa, ya);
     ^
ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphArray(ajuint numofpoints,
                 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposDiaFill':
ajgraph.c:2831:5: warning: passing argument 2 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphFill(4, xa, ya);
     ^
ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y);
                 ^
ajgraph.c:2831:5: warning: passing argument 3 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphFill(4, xa, ya);
     ^
ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y);
                 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposRect':
ajgraph.c:2936:2: warning: passing argument 2 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default]
  GraphArray(5, xa, ya);
  ^
ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphArray(ajuint numofpoints,
                 ^
ajgraph.c:2936:2: warning: passing argument 3 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default]
  GraphArray(5, xa, ya);
  ^
ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphArray(ajuint numofpoints,
                 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawposRectFill':
ajgraph.c:2993:2: warning: passing argument 2 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default]
  GraphFill(4, xa, ya);
  ^
ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y);
                 ^
ajgraph.c:2993:2: warning: passing argument 3 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default]
  GraphFill(4, xa, ya);
  ^
ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y);
                 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawsetDots':
ajgraph.c:3351:5: warning: passing argument 1 of 'GraphSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphSymbols(xx, yy, num, 17);
     ^
ajgraph.c:78:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphSymbols(float *xx1, float *yy1, ajuint numofdots,
                 ^
ajgraph.c:3351:5: warning: passing argument 2 of 'GraphSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphSymbols(xx, yy, num, 17);
     ^
ajgraph.c:78:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphSymbols(float *xx1, float *yy1, ajuint numofdots,
                 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawsetPoly':
ajgraph.c:3474:5: warning: passing argument 2 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphArray(num, xx, yy);
     ^
ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphArray(ajuint numofpoints,
                 ^
ajgraph.c:3474:5: warning: passing argument 3 of 'GraphArray' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphArray(num, xx, yy);
     ^
ajgraph.c:39:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphArray(ajuint numofpoints,
                 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawsetPolyFill':
ajgraph.c:3508:5: warning: passing argument 2 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphFill(num, xx, yy);
     ^
ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y);
                 ^
ajgraph.c:3508:5: warning: passing argument 3 of 'GraphFill' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphFill(num, xx, yy);
     ^
ajgraph.c:56:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphFill(ajuint numofpoints, float *x, float *y);
                 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsDrawsetSymbols':
ajgraph.c:3545:5: warning: passing argument 1 of 'GraphSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphSymbols(xx, yy, num, symbol);
     ^
ajgraph.c:78:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphSymbols(float *xx1, float *yy1, ajuint numofdots,
                 ^
ajgraph.c:3545:5: warning: passing argument 2 of 'GraphSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphSymbols(xx, yy, num, symbol);
     ^
ajgraph.c:78:17: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 static void     GraphSymbols(float *xx1, float *yy1, ajuint numofdots,
                 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsCalcCharsize':
ajgraph.c:3661:5: warning: passing argument 1 of 'ajGraphicsGetCharsize' from incompatible pointer type [enabled by default]
     ajGraphicsGetCharsize(&origcharsize,&origcharht);
     ^
ajgraph.c:2002:6: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 void ajGraphicsGetCharsize(float *defheight, float *currentscale)
      ^
ajgraph.c:3661:5: warning: passing argument 2 of 'ajGraphicsGetCharsize' from incompatible pointer type [enabled by default]
     ajGraphicsGetCharsize(&origcharsize,&origcharht);
     ^
ajgraph.c:2002:6: note: expected 'float *' but argument is of type 'PLFLT *'
 void ajGraphicsGetCharsize(float *defheight, float *currentscale)
      ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsCalcCoord':
ajgraph.c:3716:8: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default]
     xy = (float *)AJALLOC( 2*sizeof(float) );
        ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphicsUnused':
ajgraph.c:3937:5: warning: passing argument 2 of 'GraphCheckPoints' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphCheckPoints(0, &f, &f);
     ^
ajgraph.c:46:17: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 static void     GraphCheckPoints(ajint n, const PLFLT *x, const PLFLT *y);
                 ^
ajgraph.c:3937:5: warning: passing argument 3 of 'GraphCheckPoints' from incompatible pointer type [enabled by default]
     GraphCheckPoints(0, &f, &f);
     ^
ajgraph.c:46:17: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 static void     GraphCheckPoints(ajint n, const PLFLT *x, const PLFLT *y);
                 ^
ajgraph.c: In function 'ajGraphGetParamsPage':
ajgraph.c:5309:2: warning: passing argument 1 of 'c_plgpage' from incompatible pointer type [enabled by default]
  plgpage(xp,yp,xleng,yleng,xoff,yoff);
  ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:1084:1: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 c_plgpage( PLFLT *p_xp, PLFLT *p_yp,
 ^
ajgraph.c:5309:2: warning: passing argument 2 of 'c_plgpage' from incompatible pointer type [enabled by default]
  plgpage(xp,yp,xleng,yleng,xoff,yoff);
  ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:1084:1: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 c_plgpage( PLFLT *p_xp, PLFLT *p_yp,
 ^
ajgraph.c: In function 'GraphArray':
ajgraph.c:8397:2: warning: passing argument 2 of 'c_plline' from incompatible pointer type [enabled by default]
  plline(numofpoints, x,y);
  ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:1274:1: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 c_plline( PLINT n, const PLFLT *x, const PLFLT *y );
 ^
ajgraph.c:8397:2: warning: passing argument 3 of 'c_plline' from incompatible pointer type [enabled by default]
  plline(numofpoints, x,y);
  ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:1274:1: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 c_plline( PLINT n, const PLFLT *x, const PLFLT *y );
 ^
ajgraph.c: In function 'GraphFill':
ajgraph.c:8516:5: warning: passing argument 2 of 'c_plfill' from incompatible pointer type [enabled by default]
     plfill(numofpoints, x, y);
     ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:979:1: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 c_plfill( PLINT n, const PLFLT *x, const PLFLT *y );
 ^
ajgraph.c:8516:5: warning: passing argument 3 of 'c_plfill' from incompatible pointer type [enabled by default]
     plfill(numofpoints, x, y);
     ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:979:1: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 c_plfill( PLINT n, const PLFLT *x, const PLFLT *y );
 ^
ajgraph.c: In function 'GraphOpenXwin':
ajgraph.c:9862:17: warning: passing argument 2 of 'c_plparseopts' from incompatible pointer type [enabled by default]
                 PL_PARSE_NODELETE | PL_PARSE_SKIP);
                 ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:2218:1: note: expected 'const char **' but argument is of type 'char **'
 c_plparseopts( int *p_argc, const char **argv, PLINT mode );
 ^
ajgraph.c: In function 'GraphxyGeneral':
ajgraph.c:10412:42: warning: passing argument 2 of 'ajGraphicsDrawsetSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default]
                                          (graphdata->x), (graphdata->y), 9);
                                          ^
ajgraph.c:3542:6: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 void ajGraphicsDrawsetSymbols(ajuint num, PLFLT *xx, PLFLT *yy,
      ^
ajgraph.c:10412:42: warning: passing argument 3 of 'ajGraphicsDrawsetSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default]
                                          (graphdata->x), (graphdata->y), 9);
                                          ^
ajgraph.c:3542:6: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 void ajGraphicsDrawsetSymbols(ajuint num, PLFLT *xx, PLFLT *yy,
      ^
ajgraph.c:10480:42: warning: passing argument 2 of 'ajGraphicsDrawsetSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default]
                                          (graphdata->x), (graphdata->y), 9);
                                          ^
ajgraph.c:3542:6: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 void ajGraphicsDrawsetSymbols(ajuint num, PLFLT *xx, PLFLT *yy,
      ^
ajgraph.c:10480:42: warning: passing argument 3 of 'ajGraphicsDrawsetSymbols' from incompatible pointer type [enabled by default]
                                          (graphdata->x), (graphdata->y), 9);
                                          ^
ajgraph.c:3542:6: note: expected 'PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 void ajGraphicsDrawsetSymbols(ajuint num, PLFLT *xx, PLFLT *yy,
      ^
ajgraph.c: In function 'GraphSymbols':
ajgraph.c:10726:5: warning: passing argument 2 of 'c_plpoin' from incompatible pointer type [enabled by default]
     plpoin(numofdots,xx1,yy1, symbol);
     ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:1422:1: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 c_plpoin( PLINT n, const PLFLT *x, const PLFLT *y, PLINT code );
 ^
ajgraph.c:10726:5: warning: passing argument 3 of 'c_plpoin' from incompatible pointer type [enabled by default]
     plpoin(numofdots,xx1,yy1, symbol);
     ^
In file included from ajgraph.h:32:0,
                 from ajgraph.c:30:
/usr/include/plplot/plplot.h:1422:1: note: expected 'const PLFLT *' but argument is of type 'float *'
 c_plpoin( PLINT n, const PLFLT *x, const PLFLT *y, PLINT code );
 ^
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I/usr/include/plplot  -DUSE_PLXSFNAM_SHIM -I../../ajax/core  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ajhist.lo ajhist.c
libtool: compile:  x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I/usr/include/plplot -DUSE_PLXSFNAM_SHIM -I../../ajax/core -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -c ajhist.c  -fPIC -DPIC -o .libs/ajhist.o
ajhist.c: In function 'ajHistDisplay':
ajhist.c:429:8: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default]
   data = thys->hists[j]->data;
        ^
ajhist.c:456:8: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default]
   data = thys->hists[j]->data;
        ^
ajhist.c:476:8: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default]
   data = thys->hists[j]->data;
        ^
ajhist.c:493:7: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default]
  data = thys->hists[0]->data;
       ^
ajhist.c:558:11: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default]
      data = thys->hists[i]->data;
           ^
ajhist.c:611:11: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default]
      data = thys->hists[i]->data;
           ^
ajhist.c:655:11: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default]
      data = thys->hists[i]->data;
           ^
ajhist.c: In function 'ajHistDataAdd':
ajhist.c:1262:33: warning: assignment from incompatible pointer type [enabled by default]
     thys->hists[indexnum]->data = data;
                                 ^
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=link x86_64-pc-linux-gnu-gcc   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -version-info 6:3:0 -Wl,-O1 -Wl,--as-needed  -o libajaxg.la -rpath /usr/lib64 ajgraph.lo ajhist.lo ../core/libajax.la -lplplotd -lltdl -lm -lcsirocsa -lqsastime -lfreetype  -lm  -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm
libtool: link: x86_64-pc-linux-gnu-gcc -shared  -fPIC -DPIC  .libs/ajgraph.o .libs/ajhist.o   -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs -Wl,--as-needed ../core/.libs/libajax.so -lexpat -lpcre -lplplotd /usr/lib64/libltdl.so -ldl -lcsirocsa -lqsastime -lfreetype -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm  -march=native -O2 -O2 -Wl,-O1   -Wl,-soname -Wl,libajaxg.so.6 -o .libs/libajaxg.so.6.0.3
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libajaxg.so.6" && ln -s "libajaxg.so.6.0.3" "libajaxg.so.6")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libajaxg.so" && ln -s "libajaxg.so.6.0.3" "libajaxg.so")
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libajaxg.la" && ln -s "../libajaxg.la" "libajaxg.la" )
make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/graphics'
Making all in ensembl
make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ensembl'
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I.  -I../../ajax/core  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ensanalysis.lo ensanalysis.c
libtool: compile:  x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I../../ajax/core -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -c ensanalysis.c  -fPIC -DPIC -o .libs/ensanalysis.o
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I.  -I../../ajax/core  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ensassembly.lo ensassembly.c
libtool: compile:  x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I../../ajax/core -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -c ensassembly.c  -fPIC -DPIC -o .libs/ensassembly.o
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I.  -I../../ajax/core  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ensassemblyexception.lo ensassemblyexception.c
libtool: compile:  x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I../../ajax/core -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -c ensassemblyexception.c  -fPIC -DPIC -o .libs/ensassemblyexception.o
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I.  -I../../ajax/core  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ensassemblymapper.lo ensassemblymapper.c
libtool: compile:  x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I../../ajax/core -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -c ensassemblymapper.c  -fPIC -DPIC -o .libs/ensassemblymapper.o
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I.  -I../../ajax/core  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ensattribute.lo ensattribute.c
libtool: compile:  x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I../../ajax/core -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -c ensattribute.c  -fPIC -DPIC -o .libs/ensattribute.o
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I.  -I../../ajax/core  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ensbaseadaptor.lo ensbaseadaptor.c
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libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libensembl.so.6" && ln -s "libensembl.so.6.0.3" "libensembl.so.6")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libensembl.so" && ln -s "libensembl.so.6.0.3" "libensembl.so")
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libensembl.la" && ln -s "../libensembl.la" "libensembl.la" )
make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ensembl'
Making all in ajaxdb
make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ajaxdb'
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/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I.  -I../../ajax/core -I../../ajax/ensembl  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ajseqdb.lo ajseqdb.c
libtool: compile:  x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I../../ajax/core -I../../ajax/ensembl -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -c ajseqdb.c  -fPIC -DPIC -o .libs/ajseqdb.o
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=link x86_64-pc-linux-gnu-gcc   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -version-info 6:3:0 -Wl,-O1 -Wl,--as-needed  -o libajaxdb.la -rpath /usr/lib64 ajmart.lo ajseqdb.lo ../core/libajax.la ../ensembl/libensembl.la -lm  -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm
libtool: link: x86_64-pc-linux-gnu-gcc -shared  -fPIC -DPIC  .libs/ajmart.o .libs/ajseqdb.o   -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ensembl/.libs -L/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs -Wl,--as-needed ../core/.libs/libajax.so ../ensembl/.libs/libensembl.so /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs/libajax.so -lexpat -lpcre -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm  -march=native -O2 -O2 -Wl,-O1   -Wl,-soname -Wl,libajaxdb.so.6 -o .libs/libajaxdb.so.6.0.3
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libajaxdb.so.6" && ln -s "libajaxdb.so.6.0.3" "libajaxdb.so.6")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libajaxdb.so" && ln -s "libajaxdb.so.6.0.3" "libajaxdb.so")
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libajaxdb.la" && ln -s "../libajaxdb.la" "libajaxdb.la" )
make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ajaxdb'
Making all in acd
make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/acd'
/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I/usr/include/plplot  -I../../ajax/core -I../../ajax/graphics -I../../ajax/ensembl -I../../ajax/ajaxdb  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o ajacd.lo ajacd.c
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/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=link x86_64-pc-linux-gnu-gcc   -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -version-info 6:3:0 -Wl,-O1 -Wl,--as-needed  -o libacd.la -rpath /usr/lib64 ajacd.lo ../core/libajax.la ../graphics/libajaxg.la ../ajaxdb/libajaxdb.la -lm  -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm
libtool: link: x86_64-pc-linux-gnu-gcc -shared  -fPIC -DPIC  .libs/ajacd.o   -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/graphics/.libs -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ajaxdb/.libs -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ensembl/.libs -L/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs -L/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ensembl/.libs -Wl,--as-needed ../core/.libs/libajax.so ../graphics/.libs/libajaxg.so -L/usr/lib64 -lplplotd /usr/lib64/libltdl.so -ldl -lcsirocsa -lqsastime -lfreetype ../ajaxdb/.libs/libajaxdb.so /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ensembl/.libs/libensembl.so /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs/libajax.so -lexpat -lpcre -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm  -march=native -O2 -O2 -Wl,-O1   -Wl,-soname -Wl,libacd.so.6 -o .libs/libacd.so.6.0.3
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libacd.so.6" && ln -s "libacd.so.6.0.3" "libacd.so.6")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libacd.so" && ln -s "libacd.so.6.0.3" "libacd.so")
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libacd.la" && ln -s "../libacd.la" "libacd.la" )
make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/acd'
make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax'
make[2]: Nothing to be done for 'all-am'.
make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax'
make[1]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax'
Making all in nucleus
make[1]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/nucleus'
/bin/sh ../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I.  -I./ -I../ajax -I/usr/include/plplot  -I../ajax/core -I../ajax/graphics -I../ajax/ensembl -I../ajax/ajaxdb -I../ajax/acd  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"    -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o embaln.lo embaln.c
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/bin/sh ../libtool  --tag=CC   --mode=compile x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I.  -I./ -I../ajax -I/usr/include/plplot  -I../ajax/core -I../ajax/graphics -I../ajax/ensembl -I../ajax/ajaxdb -I../ajax/acd  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"    -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o embcom.lo embcom.c
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libtool: compile:  x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I./ -I../ajax -I/usr/include/plplot -I../ajax/core -I../ajax/graphics -I../ajax/ensembl -I../ajax/ajaxdb -I../ajax/acd -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64 -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\" -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -c embword.c  -fPIC -DPIC -o .libs/embword.o
/bin/sh ../libtool  --tag=CC   --mode=link x86_64-pc-linux-gnu-gcc    -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -version-info 6:3:0 -Wl,-O1 -Wl,--as-needed  -o libnucleus.la -rpath /usr/lib64 embaln.lo embcom.lo embcons.lo embdata.lo embdbi.lo embdmx.lo embdomain.lo embest.lo embexit.lo embgroup.lo embiep.lo embindex.lo embinit.lo embmat.lo embmisc.lo embmol.lo embnmer.lo embpat.lo embpatlist.lo embprop.lo embpdb.lo embread.lo embsig.lo embshow.lo embword.lo ../ajax/core/libajax.la ../ajax/graphics/libajaxg.la ../ajax/acd/libacd.la -lm  -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm
libtool: link: x86_64-pc-linux-gnu-gcc -shared  -fPIC -DPIC  .libs/embaln.o .libs/embcom.o .libs/embcons.o .libs/embdata.o .libs/embdbi.o .libs/embdmx.o .libs/embdomain.o .libs/embest.o .libs/embexit.o .libs/embgroup.o .libs/embiep.o .libs/embindex.o .libs/embinit.o .libs/embmat.o .libs/embmisc.o .libs/embmol.o .libs/embnmer.o .libs/embpat.o .libs/embpatlist.o .libs/embprop.o .libs/embpdb.o .libs/embread.o .libs/embsig.o .libs/embshow.o .libs/embword.o   -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/graphics/.libs -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/acd/.libs -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ajaxdb/.libs -Wl,-rpath -Wl,/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ensembl/.libs -L/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs -L/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/graphics/.libs -L/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ajaxdb/.libs -L/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ensembl/.libs -Wl,--as-needed ../ajax/core/.libs/libajax.so ../ajax/graphics/.libs/libajaxg.so -L/usr/lib64 ../ajax/acd/.libs/libacd.so /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/graphics/.libs/libajaxg.so -lplplotd /usr/lib64/libltdl.so -ldl -lcsirocsa -lqsastime -lfreetype /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ajaxdb/.libs/libajaxdb.so /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ensembl/.libs/libensembl.so /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs/libajax.so -lexpat -lpcre -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm  -march=native -O2 -O2 -Wl,-O1   -Wl,-soname -Wl,libnucleus.so.6 -o .libs/libnucleus.so.6.0.3
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libnucleus.so.6" && ln -s "libnucleus.so.6.0.3" "libnucleus.so.6")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libnucleus.so" && ln -s "libnucleus.so.6.0.3" "libnucleus.so")
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libnucleus.la" && ln -s "../libnucleus.la" "libnucleus.la" )
make[1]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/nucleus'
Making all in emboss
make[1]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss'
Making all in acd
make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/acd'
make[2]: Nothing to be done for 'all'.
make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/acd'
Making all in data
make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data'
Making all in AAINDEX
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/AAINDEX'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/AAINDEX'
Making all in CODONS
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/CODONS'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/CODONS'
Making all in REBASE
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/REBASE'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/REBASE'
Making all in PRINTS
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/PRINTS'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/PRINTS'
Making all in PROSITE
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/PROSITE'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/PROSITE'
Making all in JASPAR_CORE
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_CORE'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_CORE'
Making all in JASPAR_FAM
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_FAM'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_FAM'
Making all in JASPAR_PHYLOFACTS
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PHYLOFACTS'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PHYLOFACTS'
Making all in JASPAR_CNE
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_CNE'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_CNE'
Making all in JASPAR_POLII
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_POLII'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_POLII'
Making all in JASPAR_SPLICE
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_SPLICE'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_SPLICE'
Making all in JASPAR_PBM
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PBM'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PBM'
Making all in JASPAR_PBM_HLH
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PBM_HLH'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PBM_HLH'
Making all in JASPAR_PBM_HOMEO
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PBM_HOMEO'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data/JASPAR_PBM_HOMEO'
make[3]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data'
make[3]: Nothing to be done for 'all-am'.
make[3]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data'
make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss/data'
make[2]: Entering directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss'
x86_64-pc-linux-gnu-gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"EMBOSS\" -DVERSION=\"6.3.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DGETPGRP_VOID=1 -DHAVE_STRFTIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_LIBM=1 -DPLD_pdf=1 -DPLD_png=1 -I. -I../nucleus -I/usr/include/plplot  -I../ajax/core -I../ajax/graphics -I../ajax/ensembl -I../ajax/ajaxdb -I../ajax/acd  -DAJ_LinuxLF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DAJ_Linux64  -DLENDIAN -DDOC_ROOT=\"/usr\"    -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__  -c -o aaindexextract.o aaindexextract.c
/bin/sh ../libtool  --tag=CC   --mode=link x86_64-pc-linux-gnu-gcc    -march=native -O2 -pipe  -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__   -Wl,-O1 -Wl,--as-needed  -o aaindexextract aaindexextract.o ../nucleus/libnucleus.la ../ajax/acd/libacd.la ../ajax/ajaxdb/libajaxdb.la ../ajax/ensembl/libensembl.la ../ajax/graphics/libajaxg.la ../ajax/core/libajax.la   -lm  -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm
libtool: link: x86_64-pc-linux-gnu-gcc -march=native -O2 -pipe -O2 -DNO_AUTH -D__amd64__ -Wl,-O1 -o .libs/aaindexextract aaindexextract.o  -Wl,--as-needed ../nucleus/.libs/libnucleus.so /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/acd/.libs/libacd.so ../ajax/acd/.libs/libacd.so /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/graphics/.libs/libajaxg.so /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ajaxdb/.libs/libajaxdb.so ../ajax/ajaxdb/.libs/libajaxdb.so /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/ensembl/.libs/libensembl.so ../ajax/ensembl/.libs/libensembl.so ../ajax/graphics/.libs/libajaxg.so /var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/core/.libs/libajax.so -lplplotd /usr/lib64/libltdl.so -ldl -lcsirocsa -lqsastime -lfreetype ../ajax/core/.libs/libajax.so -lexpat -lpcre -lhpdf -lgd -lpng -lz -lm
/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/ajax/graphics/.libs/libajaxg.so: undefined reference to `c_plwid'
collect2: error: ld returned 1 exit status
Makefile:2634: recipe for target 'aaindexextract' failed
make[2]: *** [aaindexextract] Error 1
make[2]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss'
Makefile:3865: recipe for target 'all-recursive' failed
make[1]: *** [all-recursive] Error 1
make[1]: Leaving directory '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1/emboss'
Makefile:425: recipe for target 'all-recursive' failed
make: *** [all-recursive] Error 1
 * ERROR: sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1::gentoo failed (compile phase):
 *   emake failed
 * 
 * If you need support, post the output of `emerge --info '=sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1::gentoo'`,
 * the complete build log and the output of `emerge -pqv '=sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1::gentoo'`.
 * The complete build log is located at '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/temp/build.log'.
 * The ebuild environment file is located at '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/temp/environment'.
 * Working directory: '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1'
 * S: '/var/tmp/portage/sci-biology/emboss-6.3.1_p4-r1/work/EMBOSS-6.3.1'