Build log

plink-1.07:20100904-002405.log (text/plain), 12.30 KB, created by Diego Elio Pettenò (RETIRED) on 2010-09-04 17:10:56 UTC

 * CPV:  sci-biology/plink-1.07
 * REPO: gentoo
 * USE:  elibc_glibc kernel_linux test userland_GNU x86
>>> Unpacking source...
>>> Unpacking plink-1.07-src.zip to /var/tmp/portage/sci-biology/plink-1.07/work
>>> Source unpacked in /var/tmp/portage/sci-biology/plink-1.07/work
>>> Preparing source in /var/tmp/portage/sci-biology/plink-1.07/work/plink-1.07-src ...
>>> Source prepared.
>>> Configuring source in /var/tmp/portage/sci-biology/plink-1.07/work/plink-1.07-src ...
>>> Source configured.
>>> Compiling source in /var/tmp/portage/sci-biology/plink-1.07/work/plink-1.07-src ...
make -j14 
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c plink.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c options.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c input.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c binput.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c tinput.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c genome.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c helper.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c stats.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c filters.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c locus.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c multi.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c crandom.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c cluster.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c mds.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c output.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c informative.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c assoc.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c epi.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c prephap.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c phase.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c trio.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c tdt.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c sharing.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c genepi.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c sets.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c perm.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c mh.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c genedrop.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c gxe.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c merge.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c hotel.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c multiple.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c haploCC.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c haploTDT.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c poo.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c webcheck.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c qfam.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c linear.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c bmerge.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c parse.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c mishap.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c legacy.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c homozyg.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c segment.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c model.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c logistic.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c glm.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c dcdflib.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c elf.cpp
dcdflib.cpp: In function ‘void E0000(int, int*, double*, double*, long unsigned int*, long unsigned int*, double*, double*, double*, double*, double*, double*, double*)’:
dcdflib.cpp:6025:60: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
dcdflib.cpp: In function ‘double dlanor(double*)’:
dcdflib.cpp:6401:59: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
dcdflib.cpp: In function ‘double dstrem(double*)’:
dcdflib.cpp:6782:66: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c dfam.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c fisher.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c linput.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c sockets.cpp
fisher.cpp: In function ‘void fexact(int*, int*, double*, int*, double*, double*, double*, double*, double*, int*)’:
fisher.cpp:261:61: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp:267:55: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp:273:47: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp: In function ‘void f2xact(int*, int*, double*, int*, double*, double*, double*, double*, double*, double*, int*, int*, int*, int*, int*, int*, int*, int*, double*, int*, int*, double*, double*, double*, int*, int*, double*)’:
fisher.cpp:448:59: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp:450:40: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp:501:59: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp:509:54: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp:563:66: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp:751:57: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp: In function ‘void f5xact(double*, const double*, int*, int*, int*, int*, double*, int*, int*, int*, int*, int*, int*, int*, int*)’:
fisher.cpp:1539:57: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp:1555:52: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp:1597:57: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp: In function ‘int iwork(int, int*, int, int)’:
fisher.cpp:2001:37: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
fisher.cpp: In function ‘void isort(int*, int*)’:
fisher.cpp:2078:44: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c lookup.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c proxy.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c pdriver.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c haploQTL.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c haplohelper.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c haplowindow.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c genogroup.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c nonfounderphasing.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c clumpld.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c genoerr.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c em.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c impute.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c metaem.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c profile.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c nlist.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c whap.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c simul.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c gvar.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c cnv.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c step.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c greport.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c flip.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c qualscores.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c cnvqt.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c cfamily.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c setscreen.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c idhelp.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c tag.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c hapglm.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c lookup2.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c blox.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c zed.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c dosage.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c annot.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c metaanal.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c r.cpp
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c Rconnection.cpp
In file included from r.cpp:29:0:
Rconnection.h: In constructor ‘Rsymbol::Rsymbol(Rmessage*)’:
Rconnection.h:203:12: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
Rconnection.h: In constructor ‘Rsymbol::Rsymbol(unsigned int*, Rmessage*)’:
Rconnection.h:206:12: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -c zfstream.cpp
In file included from Rconnection.cpp:30:0:
Rconnection.h: In constructor ‘Rsymbol::Rsymbol(Rmessage*)’:
Rconnection.h:203:12: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
Rconnection.h: In constructor ‘Rsymbol::Rsymbol(unsigned int*, Rmessage*)’:
Rconnection.h:206:12: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
Rconnection.cpp: At global scope:
Rconnection.cpp:56:20: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
g++ -O2 -pipe -O3 -I. -DUNIX  -DSKIP -DWITH_R_PLUGINS -DWITH_ZLIB -o plink plink.o options.o input.o binput.o tinput.o genome.o helper.o stats.o filters.o locus.o multi.o crandom.o cluster.o mds.o output.o informative.o assoc.o epi.o prephap.o phase.o trio.o tdt.o sharing.o genepi.o sets.o perm.o mh.o genedrop.o gxe.o merge.o hotel.o multiple.o haploCC.o haploTDT.o poo.o webcheck.o qfam.o linear.o bmerge.o parse.o mishap.o legacy.o homozyg.o segment.o model.o logistic.o glm.o dcdflib.o elf.o dfam.o fisher.o linput.o sockets.o lookup.o proxy.o pdriver.o haploQTL.o haplohelper.o haplowindow.o genogroup.o nonfounderphasing.o clumpld.o genoerr.o em.o impute.o metaem.o profile.o nlist.o whap.o simul.o gvar.o cnv.o step.o greport.o flip.o qualscores.o cnvqt.o cfamily.o setscreen.o idhelp.o tag.o hapglm.o lookup2.o blox.o zed.o dosage.o annot.o metaanal.o r.o Rconnection.o zfstream.o -ldl -lcrypt -lz 
>>> Source compiled.
>>> Test phase [none]: sci-biology/plink-1.07

>>> Install plink-1.07 into /var/tmp/portage/sci-biology/plink-1.07/image/ category sci-biology
>>> Completed installing plink-1.07 into /var/tmp/portage/sci-biology/plink-1.07/image/

strip: i686-pc-linux-gnu-strip --strip-unneeded -R .comment
   usr/bin/p-link

 * QA Notice: Files built without respecting LDFLAGS have been detected
 *  Please include the following list of files in your report:
 * /usr/bin/p-link

 * Gentoo contact information ...
herds:
    sci-biology
maintainers:
    [e-mail]