Je možné selektivně aktualizovat pouze některé kategorie/balíčky a jiné přeskočit pomocí jejich vyloučení z rsync během emerge --sync.

Podle výchozího nastavení se rsync řídí obsahem /etc/portage/rsync_excludes (pokud existuje), který obsahuje kategorie nebo balíčky, které nechcete pomocí rsync aktualizovat.

Avšak toto může vést k problémům se závislostmi, protože některé balíčky mohou záviset na balíčcích nových, ale nesynchronizovaných.

Můžete chtít, aby Portage použil ebuildy, které nejsou oficiálně dostupné ve stromu Portage. Vytvořte nový adresář (např. /usr/local/portage), ve kterém budete ukládat ebuildy třetích stran; použijte stejnou adresářovou strukturu, jako má oficiální strom Portage.

Poté nastavte PORTDIR_OVERLAY v /etc/make.conf tak, aby odkazovala na právě vytvořený adresář. Pokud nyní použijete Portage, bude brát ebuildy z tohoto adresáře do úvahy, aniž by je smazalo nebo přepsalo, až příště spustíte emerge --sync.

V některých případech můžete chtít konfigurovat, instalovat a udržovat software sami, bez automatické asistence Portage, i když jsou balíčky ve stromu Portage dostupné; mezi časté případy patří zdrojové kódy jádra nebo ovladače nvidia. Portage se dá snadno nakonfigurovat tak, aby vědělo, že je daný balíček v systému nainstalován ručně; tento proces se nazývá injecting (český ekvivalent by mohlo být například "vkládání") a Portage jej podporuje díky souboru /etc/portage/profile/package.provided.

Například pokud chcete informovat Portage o tom, že jste si sami nainstalovali vanilla-sources-2.6.11.6, přidejte do /etc/portage/profile/package.provided následující řádku:

sys-kernel/vanilla-sources-2.6.11.6